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Software

The supercomputing software is utilized through a command-line terminal, with a queuing system. You can find the manual in the documentation section of Picasso.

In addition to the software listed below, SCBI also provides a license for the IPA software available to users of the Plataforma Andaluza de Bioinformática.

Filtrar por categoría:

Annotation

  • annotsv (3.1)
  • annovar (010216, 141215, 170615, 190224) - Sitio web
  • autofact (3.4) - Documentación
  • beast (1.1.1, 2.4.0) - Documentación
  • beast_old (1.7.5) - Documentación
  • braker (2.1.5)
  • dfast_core (1.2.18)
  • dram (1.4.6)
  • eggnog-mapper (2.1.6, 2.1.12)
  • genote (0.5b1)
  • interproscan (5.44.79, 5.54.87, 5.67-99.0)
  • lion (171220)
  • maker (2.26, 2.28, 2.31.6, 3.01.03, 3.01.03_2, 3.01.03_conda) - Documentación
  • mothur (1.29.2, 1.34.3, 1.39.5, 1.44.3, 1.44.3_sd) - Documentación
  • orthofinder (2.5.2, 2.5.5)
  • phyml (20130513) - Documentación
  • prokka (1.12, 1.14.5)
  • roary (3.13.0)
  • scbi_variants (current)
  • sma3 (v2, v2.1, v2.1_perl, v2.2)
  • snapp (1.1.1, 2.4.0) - Documentación
  • snpeff (4.2, 4.3, 4.4, 5.2c, 5e)
  • trinotate (20130826) - Documentación
  • unifam (1.0.0)
  • vep (95.2)

Chemistry

  • ABCCluster (2.1)
  • acid (2.0.1) - Documentación
  • adf (2014.07, 2016.106) - Documentación
  • aroma (1.0(default), 1.0_modif_xy, b4) - Documentación
  • artaios (2.1)
  • columbus (7.2)
  • cp2k (3.0_ssmp, 8.2_amd, 2021.1, 2022.1, 2023.2, 2024.1) - Documentación
  • crystal (2.0.1mpi, 14_1_0_2, 14_1_0_2mpi, 14_1_0_3, 14_1_0_3mpi, 17_intel, 17_intel_2023, 17_ompi) - Documentación
  • dalton (2018_git_mpi, 2020_gcc11_mpi, 2020_gcc11_mpi_new2023) - Sitio web
  • fhi-aims (150518, 150518_impi, 151012, 151012_vib, 211217) - Documentación
  • gamess (05122014, 30092018) - Documentación
  • gate (8.2, 9.1_gcc7.5.0, 9.2_gcc12)
  • gaussian (09A02, 09C01(default), 09C01_pgi, 16A03, 16A03_21, 16C02_22) - Documentación
  • molcas (7.8, 7.8_omp, 8.0, 8.0gpu, 8.01(default), 8.2, 8.2_gfort, 8.2_modif, 8.2_mpi_modif, 8.4, 8.4_2022, 8.4_amd_intel, 8.4_n, 8.4beta, 8.4beta_intel, 8.6, 8.6_mkl, 8.6_mpi, 8.6_omp, open_22.6_gcc12.2.0, open_22.6_mkl, open_22.10_mkl_intel22, open_24.02_hdf5_blas) - Documentación
  • molden (5.1, 7.1)
  • multiwfn (3.3.6, 3.6) - Documentación
  • MZmine (3.9.0)
  • openbabel (2.3.2) - Documentación
  • orca (4.0.1, 4.1.0, 4.1.1, 4.2.0, 4.2.1, 5.0.1, 5.0.2, 5.0.3, 5.0.4) - Documentación
  • phonopy (1.14.2) - Documentación
  • qchem (4.0.1, 4.1.1, 4.3.2, 4.3.2_ompi, 5.3.0, 5.3.0_test) - Documentación
  • quantumespresso (5.1, 6.5_intel, 6.8_gcc, 6.8_mpi5, 7.1_aocc_OMP, 7.1_gpu, 7.2_mpi4_gcc12) - Documentación
  • siesta (4.1.5, 4.1.5_omp_mpi, 4.1.5_omp_mpi_gcc11, 4.1.5_omp_mpi_gcc11_test, 4.1.5_omp_mpi_withTBtrans) - Documentación
  • sirius (5.8.1, 5.8.5)
  • tinker (6.3.01) - Documentación
  • topmod (09)
  • turbomole (6.0) - Documentación
  • wannier90 (2.0.0) - Documentación

Functional analysis

  • home_bio (0922)
  • humann2 (0.11.2)
  • Ingenuity-Pathway (last) - Documentación

Gene expression

  • controlfreec (11.6)
  • methpipe (3.4.3) - Documentación
  • mirdeep2 (2.0.1.3_2023, 2.0.1.3_v2_2023)
  • proteowizard (3.0) - Documentación - Sitio web
  • R-Bioconductor (3.2.5, 3.5.1, 3.6.0, 4.0.2, 4.1.0, 4.1.0_old, 4.1.0_sin, 4.1.0_vis, 4.1.2_vis, 4.1.2_vis_sin, 4.2.1_vis(default), 4.2.2_vis, 4.3.1_gdal, 4.3.3_conda)
  • srnatoolbox (0.6)

Genetic variations

  • bayescan (2.1)
  • breakdancer (1.1) - Documentación
  • camba (012312)
  • chimerascan (0.4.5a) - Sitio web
  • cnvkit (0.9.9, 0.9.10)
  • deepvariant (1.2.0)
  • delly (0.7.2, 080115)
  • dictys (0.1.0)
  • encore (20121120)
  • fastsimcoal2 (2.5.2) - Sitio web
  • freebayes (1.3.6)
  • gappa (0.8.1)
  • gatk (3.1, 3.5, 3.6.0, 4.1.2.0, 4.2.2.0(default), 4.4.0.0)
  • kissplice (2.2.1) - Documentación
  • lamplink (1.11)
  • lumpy (0.3.1)
  • manta (0.27.1, 1.6.0) - Documentación
  • metasv (0.5.2) - Sitio web
  • mrbayes (3.2.3)
  • multisnv (15042015, 27062015) - Sitio web
  • mutect (20141110)
  • oncotator (20150915) - Documentación
  • phenolyzer (0.1.8)
  • pilon (1.23)
  • pindel (01102018) - Documentación
  • plink (1.05, 1.07, 1.09, 1.90_beta)
  • prada (1.2)
  • repenrich (2_20170822, 20150918) - Sitio web
  • strelka (1.0.14) - Sitio web
  • TEtoolkit (160206)
  • trup (2015_10_13) - Sitio web
  • varcap (3.0) - Documentación
  • varscan (2.3.6, 2.4.3) - Documentación
  • vcflib (20150325)

Genome assembly

  • a5_miseq (20150522) - Documentación
  • abyss (1.3.5, 2.3.5)
  • allpaths-lg (52488)
  • amos (3.1.0)
  • busco (1.1b1, 2.0, 3.0.2, 5.2.2) - Documentación
  • bwa (0.5.9, 0.7.5a, 0.7.8, 0.7.12(default), 0.7.17)
  • cabog (6.1, 7.0(default), 8.3rc2) - Documentación - Sitio web
  • canu (1.6, 1.8, 2.1.1, 2.1.1_modif, 2.2) - Documentación
  • cap3 (101507, 20130806) - Documentación - Sitio web
  • casava (1.8.2) - Sitio web
  • celera (6.1, 7.0(default), 8.3rc2) - Documentación - Sitio web
  • cope (1.1.3, 1.2.5_gcc)
  • cortex (1.0.5.21)
  • discovar (52488)
  • euler (120408)
  • falcon (20160425)
  • finishersc (2.0.29)
  • gam-ngs (20131210)
  • garm (0.7.3)
  • gemBS (140921) - Sitio web
  • hifiasm (0.15.5, 0.16.1, 0.18.5, 0.19.6) - Documentación
  • homer (4.11.1)
  • kalign (2)
  • kmergenie (1.7051, 1.7051_2024)
  • masurca (1.9.5, 3.2.4, 4.0.9)
  • mats (3.0.9) - Sitio web
  • megahit (1.2.9)
  • metassembler (1.5) - Sitio web
  • minia (1.4683)
  • minimap2 (2.9, 2.24)
  • mira (3.2.0, 4.0.2(default), 4.0rc4, 4.9.6) - Documentación - Sitio web
  • mspac (261120)
  • mummer (3.22, 3.23, 4rc1)
  • newbler (2.8)
  • nextDenovo (2.5.2)
  • oases (0.2.08(default), 0.2.08_vel1.2.08)
  • operams (0.8.3)
  • pb_assembly (20210110)
  • pBWA (1.21009) - Sitio web
  • pehaplo (2019) - Documentación
  • phusion2 (20150108) - Documentación
  • platanus (1.2.1, 1.2.4)
  • poolparty (2018) - Sitio web
  • quast (5.0.2_gcc11, 5.2.0)
  • racon (1.5.0)
  • ragtag (2.1.0)
  • ray (1.7.0, 2.3.1)
  • regcloser (2023) - Documentación
  • roche454 (2.8, 2.9(default))
  • samstat (1.5.1(default), 1.09)
  • scarpa (0.22)
  • scipio (1.4)
  • sga (0.9.43, 0.10.14(default), 0.10.14_10k)
  • smrtanalysis (3.0.2)
  • soap3dp (2.3.169)
  • soapdenovo (1.0.5, r223, r240(default), r242) - Documentación
  • soapdenovo_trans (1.03)
  • spades (3.5.0, 3.7.1, 3.10.1, 3.14, 3.15.4)
  • sspace (3.0)
  • stringtie (1.3.1c, 1.3.3b, 2.2.1)
  • sutta (1.0)
  • TGICL (2.1) - Documentación
  • tophat (1.4.1, 2.0.4, 2.0.8b, 2.0.10, 2.0.13, 2.1.0)
  • velvet (1.2.08, 1.2.10) - Documentación
  • verkko (230223, 230306, 230309_git) - Sitio web
  • vmatch (2.3.0) - Documentación
  • wengan (0.2)

Genomics tools

  • agat (0.8.1)
  • agent (2018)
  • alignminer (110) - Documentación - Sitio web
  • antismash (7.0.1) - Documentación
  • arcasHLA (20190903) - Documentación
  • augustus (3.1, 3.2.3, 3.3)
  • b2btools (3.0.6)
  • bactopia (2.0.1, 2.2.0)
  • bamtools (2.4.0) - Sitio web
  • bamutil (20190625)
  • barrnap (0.9)
  • baypass (2.1)
  • bcl2fastq (2.17.1.14, 2.20(default), 2.20_gcc7)
  • bedops (2.4.39, 2.4.40)
  • bedtools (2.20.1, 2.26.0, 2.28.0, 2.30.0) - Documentación
  • bigseqkit (2023)
  • biobambam (2.0.180)
  • biocode (1.0)
  • bracken (2.8)
  • bwtool (2024_03) - Sitio web
  • caecseq (2020) - Documentación - Sitio web
  • cell2location (0.1.3, 0.1.3_gpu)
  • centrifuge (1.0.3, 1.0.4)
  • cgatapps (0.6.5) - Documentación - Sitio web
  • checkm (1.1.3)
  • circexplorer2 (2.3.8)
  • circrna (300421) - Sitio web
  • circtools (1.2.0) - Sitio web
  • ciriquant (1.1.2)
  • clustAGE (0.8) - Documentación
  • colony (2.0.6.5)
  • dada2 (1.26.0)
  • eigensoft (8.0.0)
  • enveomics (1.3.4)
  • epang (0.3.8)
  • exome_depth (1.1.10)
  • expansionhunter (5.0.0)
  • fastlmm (2.07) - Sitio web
  • fgbio (1.4.0)
  • fldpnn (12_2021)
  • genomescope (2.0, paper)
  • genometools (1.3.5, 1.5.9)
  • genotoolbox (20131009)
  • genrich (0.6.1) - Sitio web
  • gffcompare (0.10.1) - Documentación
  • gffread (0.12.7)
  • glimmer-mg (0.3.1)
  • glnexus (1.4.1) - Sitio web
  • grenedalf (0.3.0)
  • gridss (2.13.2)
  • gtdb-tk (1.7.0, 2.4.0)
  • haplomerge2 (20180603)
  • hotspot (4.1.0) - Sitio web
  • idba (1.1.3)
  • infernal (1.1.4)
  • iqtree (1.6.12)
  • jellyfish (2.3.0)
  • jeSuit (2.0.RC)
  • kraken-biom (1.0.1)
  • kraken (2.1.2, 2.1.3)
  • krakentools (1.2)
  • krona (2.4)
  • lfmm (1.4) - Documentación
  • lofreq (2.1.3.1) - Documentación
  • macs2 (2.2.6) - Sitio web
  • macs3 (3.0.0b1) - Sitio web
  • map-rseq (1.2.1)
  • marginpolish (1.3) - Sitio web
  • mauve (2.3.1) - Documentación
  • maxbin (2.2.7)
  • megan (5)
  • meme (5.1.1, 5.5.0)
  • metabat (2.17)
  • metaeuk (2020)
  • metamos (1.2)
  • metawrap (1.3.0_mg)
  • micca (1.6.2, 1.7.2) - Documentación
  • miga (1.2.3.0) - Sitio web
  • migrate-n (3.6.11) - Sitio web
  • mmseqs (20220324)
  • mmseqs2 (14.7)
  • mobidb_lite (3.8.4)
  • mreps (2.5)
  • multiqc (1.6, 1.11, 1.11_test, 1.13a)
  • muscle (2010)
  • nanofilt (2.8)
  • nanoplot (1.2)
  • nanostat (1.5)
  • pacbio (5.1.0) - Documentación
  • papara (2.5)
  • phantompeakqualtools (1.2.2)
  • phast (1.5.6)
  • phylip (3.6) - Documentación
  • phylophlan (3.0.3, 3.1.1)
  • picard (2.7.1(default), 2.18.9, 2.20.2, 2.22.1, 2.27.5, 3.1.1, 20150416, 20150908) - Documentación
  • picnic (10_2023)
  • popoolation2 (1)
  • prank (270417)
  • predicthaplo (0.4)
  • preseq (3.1.1, 3.2.0) - Sitio web
  • prodigal (2.6.3_gcc11)
  • purge_haplotigs (1.1.2)
  • pyani (0.2.10, 0.2.12)
  • pyphillin (20220118)
  • pysam (0.20.0) - Sitio web
  • qap (1.2.1)
  • qiime (1.9.1)
  • qiime2 (2017.6, 2018.2, 2018.2_ori, 2019.7, 2021.4, 2021.8, 2021.11, 2023.2, 2023.5.0, 2023.5.0_withRESCRIPt, 2023.5.1) - Documentación
  • quasitools (0.7.0)
  • quiver (2.2.2) - Documentación
  • qure (0.99971)
  • radar (0.2.2) - Sitio web
  • rasflow (2020)
  • raxml-ng (1.1.0)
  • raxml (8.2.12)
  • REDItools (2.0)
  • repeatmasker (4.1.0, 4.1.4, 4.1.5)
  • repeatmodeler (2.0.4, 2.0.4_new)
  • repeatoire (20131009)
  • rmats-turbo (4.2.0)
  • rmblast (2.9.0, 2.14.0)
  • sambamba (0.6.6, 0.8.1, 1.0.1)
  • samblaster (0.1.26)
  • seqbuster (3.1)
  • seqcluster (20150226)
  • sequeltools (1.3.4)
  • shorah (0.82)
  • sicer2 (1.0.3) - Sitio web
  • SNAP (oct2022)
  • snape-pooled (2013)
  • snippy (040419)
  • snptest (2.5.6)
  • sortmerna (4.3.6)
  • sparcc (050319)
  • spine (150319) - Documentación
  • squeezemeta (1.3, 1.6.1post1, 1.6.2port3, 1.6.3)
  • star-fusion (1.0.0, 1.10.0) - Documentación
  • star (2.4.0j, 2.5.1b, 2.5.3a, 2.7.6b, 2.7.9a, 2.7.11b) - Documentación
  • structure (2.3.4) - Documentación - Sitio web
  • syri (1.6.3)
  • tombo (1.5)
  • trf (4.09.1, 4.09.1_gcc12)
  • trimal (1.4.1)
  • tRNAscan (2.0.12)
  • viquas (1.3)
  • virsorter (2.2.4, 2.2.4_2024)
  • virusdetect (1.7) - Documentación
  • wgd (1.2) - Sitio web
  • yamp (0.9.5.3)

Image processing

  • blender (2.74)
  • fiji (1.48i)
  • fsl (5.0.10)
  • icy (1.4.3.5)
  • imafish_ml (20160311)
  • imagej (1.47)
  • imagemagick (6.9.0-4)
  • instant-ngp (170522)
  • jasper (2.0.14)
  • libtiff (4.0.6) - Documentación
  • meshroom (2021.1)
  • pov (3.7)
  • tesseractocr (5.3.4, 5.3.4_sd)
  • webp (0.4.0)
  • wnd-charm (160713) - Documentación

Libs

  • anaconda (11-2020, 39.4.9.2, 2021.05, 2022.10, version)
  • antlr (2.7.7) - Sitio web
  • armadillo (6.700.6, 7.960.2, 12.8.1_intel21_ompi5, 12.8.1_mpi5_gcc13)
  • beagle (2.1)
  • berkely-db (4.3.29, 6.2.23)
  • bison (3.0.2)
  • blis (3.1_aocc, 3.1_gcc11) - Documentación - Sitio web
  • boost (1.36, 1.44, 1.55, 1.64, 1.64.0, 1.80)
  • byacc (1.9)
  • bzip2 (1.0.6)
  • cuda (4, 5, 6)
  • eigen (3.2.8) - Documentación
  • fftw (2.1.5_intel_mpi, 3.3.3, 3.3.3_intel, 3.3.4, 3.3.7_intel_mpi, 3.3.7_mpi4_gcc7, 3.3.9, 3.3.9_openmpi3, 3.3.10_intel22, 3.3.10_intel_mpi4, 3.3.10_mpi5_gcc13, 3.3.10_mpi5_gcc13_share, 3.3.10_mpi5_gcc13_sp, 3.3.10_ompi4_gcc7.5, 3.3.10_ompi4_gcc9.5, 3.3.10_ompi4_gcc11, 3.3.10_ompi4_gcc13)
  • filezilla (3.29.0)
  • flex (2.5.3)
  • foam-extend (1.6, 3.1, 3.1_con1.6.5)
  • freefem (3.51, 3.51_mpi, 3.54_mpi, 3.55_mpi) - Sitio web
  • freetype (2.5.3)
  • gap (4.12.1, 4r5)
  • geant4 (10.5, 10.5_gcc7.2_2023, 10.5_gcc12_2023, 10.7.2_gcc7.5.0, 11.1.2_gcc12) - Documentación
  • gem5 (220422)
  • glew (1.12.0)
  • glib (2.0)
  • globalarrays (5.8.1, 5.8.2_gcc13, 5.8.2_intel22)
  • glpk_old (4.65)
  • gmp (6.1.2, 6.1.2_gcc_4.9.1)
  • gperf (2.8.1) - Sitio web
  • gsl (1.16, 2.1, 2.1_intel)
  • h5pyp (1.10.6.1a0)
  • hdf5 (1.8.12(default), 1.8.12_gcc, 1.8.12_gcc4, 1.8.12_gcc4_mpi, 1.8.12_intel_f_mpi, 1.10.1_intel, 1.10.5_gcc7.5.0_mpi1, 1.10.5_mpich, 1.10.5_mpich_gcc4, 1.10.5_mpich_gcc7, 1.12.0, 1.12.0_gcc11, 1.12.0_intelmpi, 1.12.1_api16_gcc7.5.0_ompi3, 1.12.1_api16_gcc7.5.0_ompi4, 1.12.1_exa, 1.12.1_exa_cmake, 1.12.1_gcc7.5.0_mpi1, 1.12.1_gcc7.5.0_mpi3, 1.12.1_gcc7.5.0_mpi3_n, 1.12.1_gcc7.5.0_mpi4, 1.12.1_gcc11, 1.12.1_intel21, 1.12.2_intel22, 1.12.2_intel_mpi4, 1.12.2_intel_mpich, 1.14.2_gcc7.5.0, 1.14.2_gcc7.5.0_mpi4.1.2, 1.14.3_gcc7.5.0_mpi1.8.1, 1.14.3_gcc13_mpi5, 1.14.3_intel21_ompi5, 1.14.3_intel24, 1.14.4_gcc9.5.0, 1.14.4_gcc13_mpi5, 1.14.4_intel24.1)
  • htslib (1.14, 1.16, 1.16_exa)
  • lapack (3.2.1, 3.4.2(default), 3.5.0, 3.6.0, 3.8.0, 3.9.1, 3.10.0_gcc7.5.0, 3.10.0_gcc11, 3.11.0_gcc12, 3.11.0_gcc13, 3.11.0_intel21_ompi5, mal_3.8.0)
  • lavavu (171130) - Documentación
  • libatlas (3.10.1)
  • libcurl (7.50.3)
  • libdb (4.6)
  • libgdal (2.1.3)
  • libgit2 (161220)
  • libpcre (8.38, 8.41)
  • libpng (15)
  • libxml2 (2.7.8) - Sitio web
  • libyaml (0.1.4)
  • libzmq (4.3.4)
  • maven (3.2.1, 3.8.1)
  • metis (5.1.0_gcc7.5.0, 5.1.0_gcc11, 5.1.0_intel2013, 5.1.0_intel2021, 5.1.0_mpi4.1.4_gcc12) - Documentación
  • motif (2.3.4) - Sitio web
  • mpfr (3.1.5)
  • netCDF (1.12.1_pnet_intel, 4.7.0_intel, 4.7.2_gcc4, 4.8.0_gcc7, 4.8.0_gcc7.5.0_mpi, 4.8.0_gcc11, 4.8.0_intelmpi, 4.8.1_exa, 4.8.1_gcc7.5.0_ompi3_hdf51.12.1Api16, 4.8.1_gcc11, 4.9.0_c_fortran_gcc12.2.0_mpi4.1.4, 4.9.2_c_fortran_gcc7.5.0, 4.9.2_c_fortran_gcc13_mpi5_new, 4.9.2_c_fortran_intel214_mpiicc, 4.9.2_c_fortran_intel214_mpiicc_new) - Sitio web
  • numactl (2.0.16) - Sitio web
  • openblas (0.3.21, 0.3.21_n, 0.3.26, 0.3.26_omp)
  • opencv (2)
  • opendap (2.0) - Sitio web
  • openfoam (2.2.0, 2.2.0_unpatched, 2.3.0_swak4Foam_2023, 2.3.1, v2306_mpi5) - Sitio web
  • openfoam_extend (3.2_gcc, 3.2_gcc.bkp) - Sitio web
  • openssl (1.0.2d, 1.0.2f(default), 1.1.0e) - Documentación
  • petsc (3.1.8, 3.1.8mpich, 3.7.7, 3.8) - Documentación
  • platypus (1.0.4)
  • pnetCDF (1.12.1, 1.13.0) - Sitio web
  • proj4 (4.9.3, 8.2.1, 9.3.0) - Documentación
  • pytorch (0.4.1, 1.11.0, 2.0.0a1767026, 2.2.0)
  • qt (4.8.5, 5.11.1, 5.11.2) - Documentación
  • root (6.16, 6.24.06_gcc7.2_no_geant_2023, 6.24.06_gcc7.5.0, 6.24.06_gcc7.5_no_geant_2023, 6.26.10_gcc12, 6.26.10_gcc12_no_Geant_2023) - Documentación
  • scalapack (2.0.2(default), 2.0.2_gcc, 2.0.2_intel, 2.1.0_gcc7.5.0, 2.1.0_gcc11, 2.1.0_gcc11_n, 2.2.0_gcc12)
  • sparsehash (2.0.2, 2.0.3)
  • SuiteSparse (4.5.4_gcc_4.9.1) - Sitio web
  • swig (3.0.8)
  • tau (2.30.1)
  • tensorflow (0.9, 1.12, 1.15.5, 2.0.0, 2.3.0, 2.3.0_pytorch_171, 2.3.0_wandb_last, 2.4.0, 2.5.0, 2.5.0_libs, 2.8.0, 2.9.1, 2.10.0, 2.11.0, 2.13.0)
  • wx (3.0.3)
  • xdmf (git_110416) - Documentación
  • zlib (1.2.8, 1.2.11)

Molecular simulation

  • amber (12, 12mpi, 16, cuda)
  • ambertools (21, 21mpi) - Sitio web
  • CHARMM (c47b1) - Documentación
  • cpmd (3.13.2, 3.15.3, 4.3)
  • gromacs (4.6.5_intel_2024, 4.6.5_intel_sr_2024, 2016.4_intel_2024, 2022.2, 2022.3_impi, 2023.3, 2023.3_gpu, 2023.3_mkl)
  • lammps (1feb14, 2aug23_up3(default), 17apr2024_FR, 17apr2024_omp_netcdf)
  • mdynamix (5.2.6)
  • namd (2.8plumed, 2.9, 2.13b1, nb_2017_07_24)
  • rosetta (2017.26, 2022.315) - Documentación
  • vasp (4.6, 5.2, 5.3.3(default), 5.3.3_vtst, 5.3.5_vtst, 5.4.1, 5.4.1.05Feb16, 5.4.1gnu, 5.4.4_2023, 5.4.4_2024_vtst, 6.3.0-amd_2023)

Mpi

  • impi (4.1.0.024)
  • mpich (3.3.1_gcc4, 3.3.1_gcc7, 3.3.1_gcc9, 4.0.3_intel) - Documentación
  • openmpi_aocc (4.1.1)
  • openmpi_gcc (1.6.5_gcc7.5.0, 1.8.1_gcc7.5.0, 1.8.1_gcc7.5.0_2024, 1.10.6_gcc7.5.0, 3.1.6_gcc7.5.0, 3.1.6_gcc12.2.0_ucx, 4.1.1_exa, 4.1.1_gcc7.5.0, 4.1.1_gcc11.1.0, 4.1.2_gcc7.5.0, 4.1.4_gcc9.5.0_cuda, 4.1.4_gcc12.2.0_ucx, 4.1.5_gcc9.5.0_2024, 4.1.5_gcc9.5.0_cuda, 4.1.5_gcc13.2.0, 5.0.2_gcc7.5.0, 5.0.2_gcc13.2.0(default))
  • openmpi_intel (1.6.1, 4.1.1, 5.0.2)
  • ucx (1.13.1, 1.14.1)

Music tools

  • ffmpeg (2013.05.15)
  • flac (1.2.1)
  • id3 (0.15)
  • lilypond (2.16.2)
  • sox (14.4.1)
  • timidity (2.14.0)
  • uuid-runtime (2.17.2-9)

Oceanography

Physics

Programming languages

  • aocc (3.2.0)
  • aocl (4.0_with_aocc_4.0, 4.0_with_gcc_11.2)
  • autoconf (2.72_gcc13)
  • automake (1.16.5_gcc13)
  • bioperl (1.4, 1.6.1(default), 1.7.7)
  • chapel (1.6.0, 1.6.181212, 1.10.0)
  • cmake (2.8.8, 3.5.1, 3.13.1, 3.21.4, 3.29.3)
  • cplex (12.6.3cm, 20.1.0, 20.1.0_21, 20.1.0_21n)
  • cvxopt (1.2.3) - Documentación
  • degeneshunter (0.98, 0.99.13)
  • gams (24.2.2) - Documentación
  • gcc (4.4.7, 4.5.4, 4.6.2, 4.9.1, 4.9.4, 5.5.0, 7.2.0, 9.2.0, 9.5.0, 11.1.0, 12.2.0, 13.1.0, 13.2.0)
  • glpk (4.65)
  • go (1.11.1, 1.14(default))
  • gprof2dot (20191130) - Documentación
  • intel (2013.1.117, 2021.2, 2021.4(default), 2021.4_sinmpi, 2022.3, 2023.1, 2024.0.1, 2024.1)
  • java (1.6.0_18, adoptium_11.0.21.9, jdk-7u40, jdk-8u121, jdk-17.0.1, jdk-17.0.9, jre-7u21, jre-7u40, jre-8u60, jre-8u211, jre-8u301(default))
  • julia (1.7.2)
  • llvm (3.9.1)
  • mathematica (11.2, 12.3)
  • matlab (R2007b, R2011b, R2012b, R2013b, R2014a, R2014b, R2015b(default), R2015b_jvm, R2015b_runtime, R2017b, R2019b, R2019b_runtime, R2020b, R2022b, R2022b_mcc, R2022b_python, R2023b, R2023b_java, R2023b_n)
  • nasm (2.15.05)
  • nodejs (6.11.3)
  • nvhpc (20.9, 20.9_nompi)
  • octave (4.0.1, 5.1.0)
  • perl (5.8.9, 5.14.2, 5.28.2, 5.36.0)
  • pgi (13.6)
  • python (2.7.18, 3.8.8, 3.8.10, 3.9.1, 3.9.13, 3.11.4(default))
  • R (3.2.5, 3.5.1, 3.6.0, 4.0.2, 4.1.0, 4.1.0_old, 4.1.0_sin, 4.1.0_vis, 4.1.2_vis, 4.1.2_vis_sin, 4.2.1_vis(default), 4.2.2_vis, 4.3.1_gdal, 4.3.3_conda)
  • ruby (1.9.3p327(default), 1.9.3p327_with_R, 2.2.2p95, 2.3.4, 2.3.8, 2.4.1, 2.7.2)
  • rust (1.67.1)
  • sage (8.0) - Documentación
  • singular (4.2.1)
  • uprof (3.4.502)

Quantum

  • cirq (0.11.0, 1.1.0_with_qiskit_qibo_dwave)
  • cuQuantum (22.07) - Documentación
  • dwave (3.3.0, 6.3.0_with_qiskit_qibo_cirq)
  • qcgpu (0.1.1) - Sitio web
  • qibo (0.1.12, 0.1.13_with_qiskit_cirq_dwave)
  • qiskit (0.8.2, 0.37.1, 0.37.2_gpu, 0.38.0, 0.39.0_mpi, 0.39.1_gpu, 0.43.0_gpu_mpi, 0.43.0_with_qibo_cirq_dwave)

Read mapping

  • bismark (0.19.0, 0.23.1) - Documentación
  • bowtie (1.0, 1.3.1, 2.1.0, 2.2.4, 2.2.9, 2.4.4, 2.5.1, v1.1.2, v1_0.12.8, v2_2.0.0-beta7)
  • gem3 (3.6)
  • gmap (2021_aug, v7)
  • gsnap (2021_aug, v7)
  • hisat (2.0.1b, 2.0.5, 2.1.0, 2.2.1) - Documentación
  • mafft (7.475) - Sitio web
  • stampy (1.0.32) - Documentación

Sequences matching

  • blast (2.2.20)
  • blast_plus (2.2.26+, 2.2.27+, 2.2.27+_std, 2.2.28+, 2.2.29+, 2.2.29_pipes, 2.2.30+, 2.10.1+, 2.12.0+, 2.13.0+, 2.14.0, 2.15.0+(default), 2.15.0_precomp)
  • blat (v34)
  • bwa_mem (2.2.1)
  • clustal (1.2.0_omega, 2.1)
  • diamond (0.9.22, 2.0.13, 2.0.15, 2.1.8)
  • dragmap (1.3.0)
  • exonerate (2.2.0)
  • gpu_blast (2.2.28+)
  • hmmer (3.1b1, 3.1b2, 3.2.1_gcc12, 3.3.2)
  • lastz (1.04.22)
  • platypusvc (0.8.1)
  • satsuma2 (2020)
  • scbi_distributed_blast (0.0.5)

Sequences preprocessing

  • angsd (140515) - Sitio web
  • bbmap (36.11, 37.68, 38.50b, 38.92)
  • cdhit (4.5.4, 4.8.1)
  • cellranger-arc (2.0.1)
  • cellranger (7.0.0, 8.0.0)
  • cutadapt (3.4, 4.4)
  • deeptools (3.5.1)
  • fastp (0.22.0, 0.23.4) - Documentación
  • fastq-mcf (1.1.2)
  • fastqc (0.10.1, 0.11.4, 0.11.9)
  • full_lengther_next (0.0.8, 0.5.6, 1.0.1, last(default)) - Documentación - Sitio web
  • hydra (0.5.3)
  • ngs_qc (2.3)
  • phred (0.020425.c)
  • ribodetector (0.3.0) - Documentación
  • seqkit (0.10.1, 2.2.0) - Documentación
  • seqtrimbb (2.1.3, 2.1.8)
  • seqtrimnext (2.0.60, 2.0.68(default), last) - Documentación - Sitio web
  • tracy (0.7.5) - Sitio web
  • TrimGalore (0.6.10)
  • trimmomatic (0.32, 0.35(default), 0.36, 0.39) - Documentación

Transcriptome assembly

  • cufflinks (2.0.2, 2.1.1, 2.2.1)
  • price (0.17.2)
  • rsem (1.1.21, 1.2.7, 1.2.12, 1.3.3)
  • trinity (2.10.0, 2.10.0.bkp, 2.13.2, 2.14.0, 2.15.1, r2012.10.05, r2013.08.14, r2013.11.10, r2014.04.13p1, r2016.03.17_v2.2.0, r2017.02.05_v2.4.0)

Transcriptomics tools

  • alphafold (2.3.1)
  • annocript (0.2)
  • capmirseq (20140618)
  • circompara (20190910)
  • compsra (1.0.3)
  • HTSeq (0.13.5, 1.99.2, 2.0.2) - Documentación
  • imrep (20190910)
  • kallisto (0.43.0, 0.50.0)
  • methyldackel (0.6.1)
  • miarma (1.5)
  • mireader (v2)
  • msisensorpro (1.2.0)
  • nanocount (0.2.5)
  • neofuse (1.1.1) - Documentación
  • pita (07)
  • salmon (1.2.1, 1.4.0, 1.10.2) - Documentación
  • squid (1.3)
  • starchip (20190910)
  • subread (2.0.0, 2.0.3, 2.0.6) - Documentación
  • tetools (2.0.3, 020218) - Documentación
  • tiddit (3.3.2)
  • transdecoder (20140704)
  • UClncR (1.0.1, 1.1.1) - Documentación
  • viennaRna (2.2.10)

Utils

  • aps (0.1, 0.2, 0.9(default), 1.0)
  • art (04022013)
  • aspera (3.9.6)
  • autoflow (0.8.7, dev, last(default), old)
  • bamaddrg (9baba65)
  • bcftools (1.4, 1.16(default), 1.16_exa) - Documentación
  • chromonomer (1.10)
  • circos (0.67-7)
  • dimemas (5.4.2)
  • dna2pep (1.1)
  • dot (2.49.2)
  • emboss (6.6.0, 6.6.0_n)
  • evef (1.0, 1.1, 2.0, 2.1, 3.0)
  • extrae (3.8.0)
  • fqbin (0.9)
  • ghostscript (8.64)
  • git_lfs (20190923) - Documentación
  • gnuplot (4.4.2, 4.6.5, 5.4.2)
  • graphviz (2.49.2)
  • inelastica (1.3.7)
  • latex (3.14, 3.14_sing, texlive2024)
  • lep_anchor (20200310)
  • lep_map3 (20200115)
  • libgd (2.1.1)
  • memtester (4.6.0)
  • miniconda (3, 3_py10)
  • mysql (5.6.23)
  • ncbi_cpp_toolkit (12.0.0, 21.0.0)
  • nextflow (20.10, 23.10)
  • pandoc (2.2.1, 2.11, 2.17.0.1)
  • parallel (20150322)
  • paraver (4.8.2)
  • parse_nano (v01)
  • picrust (1.1.3, 1.1.4, 2.0.3, 2.5)
  • portrait (1.1)
  • prosplign (1.0.0)
  • pydrive2 (0.14.0)
  • qualimap (2.2, 2.2.1, 2.3)
  • rdkit (20140902, 20150301)
  • res (1.0)
  • resmap (1.1.4)
  • rtg-core (3.6)
  • sam2counts (20131126, 20131126_old)
  • samtools (0.1.16, 0.1.19, 1.3, 1.3.1, 1.12, 1.13(default), 1.16, 1.16_exa) - Documentación
  • singularity-compose (0.1.19) - Documentación
  • singularity (3.5.3, 3.7.2)
  • solexaqa (3.1.4)
  • spark (3.0.0_h3.2)
  • splign (1.39.8)
  • sra_toolkit (2.8.1, 2.10.5, 3.0.2) - Sitio web
  • stata (17)
  • sysbench (1.0.20)
  • tabix (0.2.6)
  • vce (6.0.2)
  • vcftools (0.1.11, 20160205)
  • vtc (0.9.2)
  • wombat (20140828, 20171103, 20200225(default))

Visualization

Optimizers

  • ampl (20200501, 20200501_user_lic, 20210425, 20220424, 20230423, 20231031_nueva_lic)
  • coin-or (1.7.4)
  • gurobi (9.0.1, 9.5.1, 10.0.3) - Documentación
  • hypre (2.11.2_mpi1_gcc7.5.0, 2.11.2_mpi4_gcc7.5.0, 2.22.0, 2.22.0_mpi1_gcc7.5.0, 2.22.0_ompi3_gcc7.5.0)
  • ipopt (3.12.8)
  • pyomo (6.4.2) - Documentación

Supercomputing and Bioinnovation Center

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Parque Tecnológico de Andalucía
29590 Málaga, Spain

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