SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene29197

Length: 2140 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene29197
AAGAATTCTTGGTCTGAGAGAGCACATCTTTACGGGCAGTGTATCATCACTGGCTTGGTTTATGTCAAATCAAGAGACTAGTTTTGTTACCATTGGACAGCGGCTGCTAGCAAACCCACTTAAGGTGCGGTTTCACTATGGCCATCCGGATGTTTTTGATCGCTTGTTTCACATAACAAGAGGAGGGATAAGCAAAGCATCAAAAGTGATCAATTTAAGTGAGGATATTTTTGCTGGGTTTAATTCAACCCTACGCCAAGGAAATGTAACTCATCATGAATACATTCAAGTTGGTAAAGGTCGTGATGTGGGACTCAATCAAATTTCTCTATTTGAGGCAAAGATAGCCAATGGAAATGGTGAACAGACACTTAGTCGGGATATATATCGTCTTGGACATCGCTTTGACTTTTTCCGAATGATGTCATGCTACTTTACTACTGTTGGGTTTTACTTTAGTACTCTGGTAACCGTGCTTACAGTGTATGTGTTCCTATATGGTCGTTTATACCTGGTTCTCAGTGGACTTGAAAAACAAGTGGTCAGACAAGCAGGTATACTACATAATAAGGGTCTGGAAGCGGCCCTTGCTTCACAGTCCTTTGTGCAGCTTGGAATGTTAATGGCTTTGCCTATGGTAATGGAGATTGGCTTAGAACGGGGATTCCGCAATGCCTTAAGTGATTTTGTAGTCATGCAGCTACAGCTGGCTCCTGTCTTCTTTACTTTCTCTCTCGGGACAAAGACTCATTACTATGGCAGGACTCTTCTTCATGGTGGTGCAGAATATAGAGCTACTGGACGTGGGTTTGTTGTTTTTCATGCAAAGTTTGCAGATAATTATCGCTTCTACTCACGTAGTCACTTTGTCAAAGGAATAGAGTTGTTTATGCTCCTTATCGTGTATAATGTGTTTGGTGAGACGTACAATAACACTGTTGCTTATATCTTGATCACTTTCTCCATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTCTTTGCTCCTTTCCTGTTTAATCCTTCAGGGTTTGAGTGGCAGAAAATTGTAGATGATTGGACAGATTGGAACAAGTGGATTAACAATCGTGGAGGGATTGGAGTACCAGTGGACAAAAGTTGGGAATCTTGGTGGGAAAAGGAGCATGAACACCTTAAGTATACAGGTTTACGTGGACAACTTTGTGAAATTCTTTTATCTCTTAGATTCTTCCTTTACCAATATGGATTGGTTTATCATCTGAATATCACGGGGACACATAAAAGTGTGCTGGTATATGGACTATCATGGCTTGTCATAGTTGTTGTTTTAGCGGTATTGAAGATTGTTTCTATGGGGAGGAGGAGATTTAGCGCAGATTTTCAGCTTGTGTTCCGACTTCTTAAGGGTCTTCTTTTCATTGGATTCATAGCAGTTCTAATTGTTCTGTACCTTGTCTTACACATGACAGTGAGAGACTTGTTTGCGTGTATTCTTGCATTCATGCCCACTGGATGGGCCATATTGCAGATTGCACAAACCTGCAAGCCTTTTGTACATCGCATTGGATTTTGGGGCTCTGTTCGGGCTCTTGCACGGGGCTATGAATTCATAATGGGACTCTTGCTTTTTGCACCAGTTGCTGTATTGGCTTGGTTTCCCTTCGTATCAGAATTCCAAACTCGTTTGCTTTTCAATCAGGCCTTCAGTAGGGGTTTGCAGATTTCACGTATTCTTGCTGGTCGAAAGAAAGACTGGTCTTCCAAAAGCAAAGAGTGAATGTGTATTATGCTTCTTTCTCTATAGCTAATGAAAAAAGTTGTAAGAAACAATATGGAAAGGTGTTTGACAATATGTTGATATCCAGTACCAATTTAGCTGCAAGATACAGCAGTCGATCCACCTGTCTTTTATTAGGATGAATGTAGTTAAACATAGCTTCTCCATTGTTAATAAATAATGCAGTTGTATCATATTCAAAACCAAAGAATCCCTGGCTGATGACATTATGTGTCCTATCCTAACAGACAAACATTTTGAATATCCATAAATTGACACTTTTTCTTGCAATGCATTGTTTTGAAGGCATGCATTCTGATGGTAGAGCCCTTAATGACTAGCAATATAACAGTATTCTATTTGGGAATATTTCAATTTGTTTTGCATACC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene29197

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	ATGSL12 (glucan synthase-like 12); 1,3-beta-glucan synthase/ transferase, transferring glycosyl groups n=2 Tax=Arabidopsis thaliana RepID=UPI0001A7B147	-	-	75%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	47%
Blast2go	transferring glycosyl	-	-	90%

Source	GOs	Term	Type	e value	Identity
Blast2go	transferase activity	GO:0016740	Molecular Function	0.0	90%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5A848

Fln msg: your sequence is longer than subject: 563 - 248

Fln protein: MSNQETSFVTIGQRLLANPLKVRFHYGHPDVFDRLFHITRGGISKASKVINLSEDIFAGFNSTLRQGNVTHHEYIQVGKGRDVGLNQISLFEAKIANGNGEQTLSRDIYRLGHRFDFFRMMSCYFTTVGFYFSTLVTVLTVYVFLYGRLYLVLSGLEKQVVRQAGILHNKGLEAALASQSFVQLGMLMALPMVMEIGLERGFRNALSDFVVMQLQLAPVFFTFSLGTKTHYYGRTLLHGGAEYRATGRGFVVFHAKFADNYRFYSRSHFVKGIELFMLLIVYNVFGETYNNTVAYILITFSMWFMVGTWLFAPFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWINNRGGIGVPVDKSWESWWEKEHEHLKYTGLRGQLCEILLSLRFFLYQYGLVYHLNITGTHKSVLVYGLSWLVIVVVLAVLKIVSMGRRRFSADFQLVFRLLKGLLFIGFIAVLIVLYLVLHMTVRDLFACILAFMPTGWAILQIAQTCKPFVHRIGFWGSVRALARGYEFIMGLLLFAPVAVLAWFPFVSEFQTRLLFNQAFSRGLQISRILAGRKKDWSSKSKE*

Protein Length: 564

Fln nts: AAGAATTCTTGGTCTGAGAGAGCACATCTTTACGGGCAGTGTATCATCACTGGCTTGGTTT_-_ATGTCAAATCAAGAGACTAGTTTTGTTACCATTGGACAGCGGCTGCTAGCAAACCCACTTAAGGTGCGGTTTCACTATGGCCATCCGGATGTTTTTGATCGCTTGTTTCACATAACAAGAGGAGGGATAAGCAAAGCATCAAAAGTGATCAATTTAAGTGAGGATATTTTTGCTGGGTTTAATTCAACCCTACGCCAAGGAAATGTAACTCATCATGAATACATTCAAGTTGGTAAAGGTCGTGATGTGGGACTCAATCAAATTTCTCTATTTGAGGCAAAGATAGCCAATGGAAATGGTGAACAGACACTTAGTCGGGATATATATCGTCTTGGACATCGCTTTGACTTTTTCCGAATGATGTCATGCTACTTTACTACTGTTGGGTTTTACTTTAGTACTCTGGTAACCGTGCTTACAGTGTATGTGTTCCTATATGGTCGTTTATACCTGGTTCTCAGTGGACTTGAAAAACAAGTGGTCAGACAAGCAGGTATACTACATAATAAGGGTCTGGAAGCGGCCCTTGCTTCACAGTCCTTTGTGCAGCTTGGAATGTTAATGGCTTTGCCTATGGTAATGGAGATTGGCTTAGAACGGGGATTCCGCAATGCCTTAAGTGATTTTGTAGTCATGCAGCTACAGCTGGCTCCTGTCTTCTTTACTTTCTCTCTCGGGACAAAGACTCATTACTATGGCAGGACTCTTCTTCATGGTGGTGCAGAATATAGAGCTACTGGACGTGGGTTTGTTGTTTTTCATGCAAAGTTTGCAGATAATTATCGCTTCTACTCACGTAGTCACTTTGTCAAAGGAATAGAGTTGTTTATGCTCCTTATCGTGTATAATGTGTTTGGTGAGACGTACAATAACACTGTTGCTTATATCTTGATCACTTTCTCCATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTCTTTGCTCCTTTCCTGTTTAATCCTTCAGGGTTTGAGTGGCAGAAAATTGTAGATGATTGGACAGATTGGAACAAGTGGATTAACAATCGTGGAGGGATTGGAGTACCAGTGGACAAAAGTTGGGAATCTTGGTGGGAAAAGGAGCATGAACACCTTAAGTATACAGGTTTACGTGGACAACTTTGTGAAATTCTTTTATCTCTTAGATTCTTCCTTTACCAATATGGATTGGTTTATCATCTGAATATCACGGGGACACATAAAAGTGTGCTGGTATATGGACTATCATGGCTTGTCATAGTTGTTGTTTTAGCGGTATTGAAGATTGTTTCTATGGGGAGGAGGAGATTTAGCGCAGATTTTCAGCTTGTGTTCCGACTTCTTAAGGGTCTTCTTTTCATTGGATTCATAGCAGTTCTAATTGTTCTGTACCTTGTCTTACACATGACAGTGAGAGACTTGTTTGCGTGTATTCTTGCATTCATGCCCACTGGATGGGCCATATTGCAGATTGCACAAACCTGCAAGCCTTTTGTACATCGCATTGGATTTTGGGGCTCTGTTCGGGCTCTTGCACGGGGCTATGAATTCATAATGGGACTCTTGCTTTTTGCACCAGTTGCTGTATTGGCTTGGTTTCCCTTCGTATCAGAATTCCAAACTCGTTTGCTTTTCAATCAGGCCTTCAGTAGGGGTTTGCAGATTTCACGTATTCTTGCTGGTCGAAAGAAAGACTGGTCTTCCAAAAGCAAAGAGTGA___ATGTGTATTATGCTTCTTTCTCTATAGCTAATGAAAAAAGTTGTAAGAAACAATATGGAAAGGTGTTTGACAATATGTTGATATCCAGTACCAATTTAGCTGCAAGATACAGCAGTCGATCCACCTGTCTTTTATTAGGATGAATGTAGTTAAACATAGCTTCTCCATTGTTAATAAATAATGCAGTTGTATCATATTCAAAACCAAAGAATCCCTGGCTGATGACATTATGTGTCCTATCCTAACAGACAAACATTTTGAATATCCATAAATTGACACTTTTTCTTGCAATGCATTGTTTTGAAGGCATGCATTCTGATGGTAGAGCCCTTAATGACTAGCAATATAACAGTATTCTATTTGGGAATATTTCAATTTGTTTTGCATACC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene29197___APFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWINNRGGIGVPVDXXXXXXXXXXXXXLKYTGLRGQLCEILLSLRFFLYQYGLVYHLNITGTHKSVLVYGLSWXXXXXXXXXXXXXSMGRRRFSADFQLVFRLLKGLLFIGFIAVLIVLYLVLHMTVRDLFACILAFMPTGWAILQIAQTCKPFVHRIGFWGSVRALARGYEFIMGLLLFAPVAVLAWFPFVSEFQTRLLFNQAFSRGLQISRILAGRKKD
D5A848_______________APFLFNPSGFDWLKTVDDFDDFMNWIWYRGGILTKSEQCWEVWWTEEHDHLRNTGLWGIVLEILLDLRFFFFQYGIVYQLGISGGSKSIVVYLLSWIYVVVVLAIYIVILYAHDKYAAKQHIYYRAIQALVISCTILAILLLLQLTKLKLVDLVTSLLAFVPTGWGLILIAQVLKPFLQSSIVWEMVIAVARLYEVTFGIIVMIPMAILSWLPGFQSMQTRILFNEAFSRGLQISRILAGKKSN

SNPs (tot: 9)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
310			16	83	0.994512
374		87		12	0.992554
402	87		12		0.992554
592	16		83		0.994513
1265	20		80		0.995493
1675		89		10	0.999919
1809			12	87	0.992554
1811	83	16			0.994512
1812	83	16			0.994512

Back

Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain