SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene28930

Length: 1945 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene28930
AAGAATTCTTGGTCTGAGAGAGCACATCTTTACGGGCAGTGTATCATCACTGGCTTGGTTTATGTCAAATCAAGAGACTAGTTTTGTTACCATTGGACAGCGGCTGCTAGCAAACCCACTTAAGGTGCGGTTTCACTATGGCCATCCGGATGTTTTTGATCGCTTGTTTCACATAACAAGAGGAGGGATAAGCAAAGCATCAAAAGTGATCAATTTAAGTGAGGATATTTTTGCTGGGTTTAATTCAACCCTACGCCAAGGAAATGTAACTCATCATGAATACATTCAAGTTGGTAAAGGTCGTGATGTGGGACTCAATCAAATTTCTCTATTTGAGGCAAAGATAGCCAATGGAAATGGTGAACAGACACTTAGTCGGGATATATATCGTCTTGGACATCGCTTTGACTTTTTCCGAATGATGTCATGCTACTTTACTACTGTTGGGTTTTACTTTAGTACTCTGGTAACCGTGCTTACAGTGTATGTGTTCCTATATGGTCGTTTATACCTGGTTCTCAGTGGACTTGAAAACAGTGGTCAGACAAGCAGGTATACTACATAATAAGGGTCTGGAAGCGGCCCTTGCTTCACAGTCCTTTGTGCAGCTTGGAATGTTAATGGCTTTGCCTATGGTAATGGAGATTGGCTTAGAACGGGGATTCCGCAATGCCTTAAGTGATTTTGTAGTCATGCAGCTACAGCTGGCTCCTGTCTTCTTTACTTTCTCTCTCGGGACAAAGACTCATTACTATGGCAGGACTCTTCTTCATGGTGGTGCAGAATATAGAGCTACTGGACGTGGGTTTGTTGTTTTTCATGCAAAGTTTGCAGATAATTATCGCTTCTACTCACGTAGTCACTTTGTCAAAGGAATAGAGTTGTTTATGCTCCTTATCGTGTATAATGTGTTTGGTGAGACGTACAATAACACTGTTGCTTATATCTTGATCACTTTCTCCATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTCTTTGCTCCTTTCCTGTTTAATCCTTCAGGGTTTGAGTGGCAGAAAATTGTAGATGATTGGACAGATTGGAACAAGTGGATTAACAATCGTGGAGGGATTGGAGTACCAGTGAACAAAAGTTGGGAATCTTGGTGGGAAAAGGAGCATGAACACCTTAAGTATACAGGTTTACGTGGACAACTTTGTGAAATTCTTTTATCTCTTAGATTCTTCCTTTACCAATATGGATTGGTTTATCATCTGAATATCACGGGGACACATAAAAGTGTGCTGGTATATGGACTATCATGGCTTGTCATAGTTGTTGTTTTAGCGGTATTGAAGATTGTTTCTATGGGAAGGAGGAGATTTAGCGCAGATTTTCAGCTTGTGTTCCGACTTCTTAAGGGTCTTCTTTTCATTGGATTCATAGCAGTTCTAATTGTTCTGTACCTTGTCTTACACATGACAGTGAGAGACTTGTTTGCATGTATTCTTGCATTCATGCCCACTGGATGGGCCATATTGCAGATTGCACAAACCTGCAAGCCTTTTGTACATCGCATTGGATTTTGGGGCTCTGTTCGGGCTCTTGCACGGGGCTATGAATTCATAATGGGACTCTTGCTTTTTGCACCAGTTGCTGTATTGGCTTGGTTTCCCTTCGTATCAGAATTCCAAACTCGTTTGCTTTTCAATCAGGCCTTCAGTAGGGGTTTGCAGATTTCACGTATTCTTGCTGGTCGAAAGAAAGACTGGTCTTCCAAAAGCAAAGAGTGAATGTGTATTATGCTTCTTTCTCTATAGCTAATGAAAAAAGTTGTAAGAAACAATATGGAAAGGTGTTTGACAATATGTTGATATCCAGTACCAATTTAGCTGCAAGATACAGCAGTCGATCCACCTGTCTTTTATTAGGATGAATGTAGTTAAACATAGCTTCTCCATTGTTAACAAATAATGCAGTTGTATCATAT

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene28930

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	ATGSL12 (glucan synthase-like 12); 1,3-beta-glucan synthase/ transferase, transferring glycosyl groups n=2 Tax=Arabidopsis thaliana RepID=UPI0001A7B147	-	-	71%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	47%
Blast2go	transferring glycosyl	-	-	86%

Source	InterPros	Term	Type	e value	Identity
Blast2go	Glycosyl transferase, family 48	IPR003440	-	0.0	86%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5A848

Fln msg: your sequence is longer than subject: 421 - 248

Fln protein: MCSYMVVYTWFSVDLKTVVRQAGILHNKGLEAALASQSFVQLGMLMALPMVMEIGLERGFRNALSDFVVMQLQLAPVFFTFSLGTKTHYYGRTLLHGGAEYRATGRGFVVFHAKFADNYRFYSRSHFVKGIELFMLLIVYNVFGETYNNTVAYILITFSMWFMVGTWLFAPFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWINNRGGIGVPVNKSWESWWEKEHEHLKYTGLRGQLCEILLSLRFFLYQYGLVYHLNITGTHKSVLVYGLSWLVIVVVLAVLKIVSMGRRRFSADFQLVFRLLKGLLFIGFIAVLIVLYLVLHMTVRDLFACILAFMPTGWAILQIAQTCKPFVHRIGFWGSVRALARGYEFIMGLLLFAPVAVLAWFPFVSEFQTRLLFNQAFSRGLQISRILAGRKKDWSSKSKE*

Protein Length: 422

Fln nts: AAGAATTCTTGGTCTGAGAGAGCACATCTTTACGGGCAGTGTATCATCACTGGCTTGGTTTATGTCAAATCAAGAGACTAGTTTTGTTACCATTGGACAGCGGCTGCTAGCAAACCCACTTAAGGTGCGGTTTCACTATGGCCATCCGGATGTTTTTGATCGCTTGTTTCACATAACAAGAGGAGGGATAAGCAAAGCATCAAAAGTGATCAATTTAAGTGAGGATATTTTTGCTGGGTTTAATTCAACCCTACGCCAAGGAAATGTAACTCATCATGAATACATTCAAGTTGGTAAAGGTCGTGATGTGGGACTCAATCAAATTTCTCTATTTGAGGCAAAGATAGCCAATGGAAATGGTGAACAGACACTTAGTCGGGATATATATCGTCTTGGACATCGCTTTGACTTTTTCCGAATGATGTCATGCTACTTTACTACTGTTGGGTTTTACTTTAGTACTCTGGTAACCGTGCTTACAGTGT_-_ATGTGTTCCTATATGGTCGTTTATACCTGGTTCTCAGTGGACTTGAAAACAGTGGTCAGACAAGCAGGTATACTACATAATAAGGGTCTGGAAGCGGCCCTTGCTTCACAGTCCTTTGTGCAGCTTGGAATGTTAATGGCTTTGCCTATGGTAATGGAGATTGGCTTAGAACGGGGATTCCGCAATGCCTTAAGTGATTTTGTAGTCATGCAGCTACAGCTGGCTCCTGTCTTCTTTACTTTCTCTCTCGGGACAAAGACTCATTACTATGGCAGGACTCTTCTTCATGGTGGTGCAGAATATAGAGCTACTGGACGTGGGTTTGTTGTTTTTCATGCAAAGTTTGCAGATAATTATCGCTTCTACTCACGTAGTCACTTTGTCAAAGGAATAGAGTTGTTTATGCTCCTTATCGTGTATAATGTGTTTGGTGAGACGTACAATAACACTGTTGCTTATATCTTGATCACTTTCTCCATGTGGTTTATGGTTGGGACCTGGCTCTTTGCTCCTTTCCTGTTTAATCCTTCAGGGTTTGAGTGGCAGAAAATTGTAGATGATTGGACAGATTGGAACAAGTGGATTAACAATCGTGGAGGGATTGGAGTACCAGTGAACAAAAGTTGGGAATCTTGGTGGGAAAAGGAGCATGAACACCTTAAGTATACAGGTTTACGTGGACAACTTTGTGAAATTCTTTTATCTCTTAGATTCTTCCTTTACCAATATGGATTGGTTTATCATCTGAATATCACGGGGACACATAAAAGTGTGCTGGTATATGGACTATCATGGCTTGTCATAGTTGTTGTTTTAGCGGTATTGAAGATTGTTTCTATGGGAAGGAGGAGATTTAGCGCAGATTTTCAGCTTGTGTTCCGACTTCTTAAGGGTCTTCTTTTCATTGGATTCATAGCAGTTCTAATTGTTCTGTACCTTGTCTTACACATGACAGTGAGAGACTTGTTTGCATGTATTCTTGCATTCATGCCCACTGGATGGGCCATATTGCAGATTGCACAAACCTGCAAGCCTTTTGTACATCGCATTGGATTTTGGGGCTCTGTTCGGGCTCTTGCACGGGGCTATGAATTCATAATGGGACTCTTGCTTTTTGCACCAGTTGCTGTATTGGCTTGGTTTCCCTTCGTATCAGAATTCCAAACTCGTTTGCTTTTCAATCAGGCCTTCAGTAGGGGTTTGCAGATTTCACGTATTCTTGCTGGTCGAAAGAAAGACTGGTCTTCCAAAAGCAAAGAGTGA___ATGTGTATTATGCTTCTTTCTCTATAGCTAATGAAAAAAGTTGTAAGAAACAATATGGAAAGGTGTTTGACAATATGTTGATATCCAGTACCAATTTAGCTGCAAGATACAGCAGTCGATCCACCTGTCTTTTATTAGGATGAATGTAGTTAAACATAGCTTCTCCATTGTTAACAAATAATGCAGTTGTATCATAT

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene28930___APFLFNPSGFEWQKIVDDWTDWNKWINNRGGIGVPVNXXXXXXXXXXXXXLKYTGLRGQLCEILLSLRFFLYQYGLVYHLNITGTHKSVLVYGLSWXXXXXXXXXXXXXSMGRRRFSADFQLVFRLLKGLLFIGFIAVLIVLYLVLHMTVRDLFACILAFMPTGWAILQIAQTCKPFVHRIGFWGSVRALARGYEFIMGLLLFAPVAVLAWFPFVSEFQTRLLFNQAFSRGLQISRILAGRKKD
D5A848_______________APFLFNPSGFDWLKTVDDFDDFMNWIWYRGGILTKSEQCWEVWWTEEHDHLRNTGLWGIVLEILLDLRFFFFQYGIVYQLGISGGSKSIVVYLLSWIYVVVVLAIYIVILYAHDKYAAKQHIYYRAIQALVISCTILAILLLLQLTKLKLVDLVTSLLAFVPTGWGLILIAQVLKPFLQSSIVWEMVIAVARLYEVTFGIIVMIPMAILSWLPGFQSMQTRILFNEAFSRGLQISRILAGKKSN

SNPs (tot: 8)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
1463	90		10		0.90298
1619		20		80	0.995493
1622	80	20			0.995493
1623			20	80	0.995493
1626	20		80		0.995493
1632		20		80	0.995493
1813	33			66	0.997452
1845		33		66	0.997452

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain