SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene10397

Length: 2253 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene10397
AAGAGCTCTTGTCAAGGATAATCCTCAAATTTCTATGAAGCTGATTAATGTGAAACAGCGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAAAATTTGTAAAAGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTAGCAAATGTAAGCTGTGCTTGTCCTTCTAGCTATTCACAAGAATGGGAGGTGAGAACAGATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGAAGAGCTACAAAAGCTAGTGTATCCAATAAATGCTGTTGAAAAATTGTGTAACCTTTTGCATAAAGATTTCTTACAGCCCAATCATCTACAAGGTGTATTAGTAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCGCGATTGGAAGACAGCAGGAGGAAGATTTTATCCTTTGAGCCACAAGGCCCAATAGCTGCTGCTTTAGTGCATGAATCTATGGGTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTGCATCAAAAACATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGAACCTCCCTTACGGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGACGAGTCCCCAGCGGTGCAGGTTGCGACATTGAGTGCTATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACAGTTTTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTTATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGAACCATTGCTGAGGCTGAACGCGGTATGGGCCTTAAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAAGGAAGGTGATGGAAGAGCTCACTGTAGCCACCTTGATAAGCTTAATTCATGATCCTGAAGAGGTGGTCCAAGAGCAAGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTGTATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAACAAATTTTTGTTGAAGATGGACTAATTCTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACAAGTTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTTGCAGCAGGGAATGAGTTCCACAAGGATGAAGTCATGCATTTTGTTGTAGCATCTTTGCAAGAAGCGTGTATTCCTTTCAATAGATTTTTGCAGGACATGAACAACCCTCAACTTCGTGTGGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTAAGCTATCCTGATAGCCCTGGTGTTCTTTATCGTATAGACAGACTCATAAATGCAGGATTCATGGTACACCTTCAAAATATGACCGATGATCCCTGCTTGGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCAATGGAGCAATTTATGGCTGCAGAAATATCATTGTAGCACCAGGTTTCCCTGTAAAGATTGAACCCAAGCTCTTTTGACATCTTGTTTGGGACTCATGTACCAACAGACGTGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAAGTTGTTTGAAGAGATTATTATTGCGACATAACTGCATTAAGGCTTTGTTGGTATTTAACGACAATGGTAGAATCCCTGGTAATTTCACGAGGCAAGCTTCTCAGTGGGATTTTCCATTCCTTTATCCGACATGGGATTTATATGGATATTGAAATTTCAACTGGGGAACTTTATTTCTACAGATATGGAGCCTCCATGTGGTAGTTTGTAGCAACACGAGGATTTATAAGACACCTGTGTCTTAAAGGAATCTTTTCTTTTGTACGAGAGAATGTTGTTATAATTTGTCGACCTCATGAACGATGGAAACGAAACCGAAAGAGACTTTCCTCTTATCATCTCATAGCACTATCAAGATTGAATTATTGAGTGTAACAGGCTGTAATGATGCCTTGGCGTTCGACGTTGGAAAGGCTTCTACACAACCATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGCCTCAGATGGTGGAAAGTATCTTCTTTTATGAGACAAATAGGCACAACACCAGACATTCAACAGTGCAACATGTGTGTGCCTTACTAATTTGTTGTAGTTGAGAACATAGCTATTGGGTACCCGGGGAGAAGGGAGTCCAAAGTACTCAATTGGATTTAATTACGGGCAGCTTACCCTATGTAACTGCCCACTGATCTGATGTATGGCAACGCACTCCCCTGACAGCTTGTCATGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAATATCTCTTGATAATTCCAGTTTTGAACTTTGAAAATGTTTTATGCATAATTAATTAAAACCGTTTTGAAATTGC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene10397

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	armadillo/beta-catenin repeat family protein	-	-	41%
FL-Next	sp=Importin subunit alpha-1; Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress).	-	-	22%
Blast2go	armadillo beta-catenin repeat family protein	-	-	63%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	Armadillo	IPR000225	-	63%
Blast2go	Armadillo-like helical	IPR011989	-	63%
Blast2go	Armadillo-type fold	IPR016024	-	63%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: C-terminus

Fln database: sp_plants

Fln subject: Q96321

Fln msg: your sequence is shorter than subject: 452 - 532

Fln protein: RALVKDNPQISMKLINVKQRRDLGCHSKFVKDKSPRTRLLACMCLANVSCACPSSYSQEWEVRTDMLPILVKLLDEPGQVGEEAPSVLADLVANNEELQKLVYPINAVEKLCNLLHKDFLQPNHLQGVLVALSELGSRLEDSRRKILSFEPQGPIAAALVHESMGVRIAACTCIKNISRSVKNLRTSLTDEGVVFPLFKLLDDESPAVQVATLSAISNVVLDFTPHKTVFFKCGGVMQLIQLAKSMEPLLRLNAVWALRNLLYLADMSVKRKVMEELTVATLISLIHDPEEVVQEQALAFVRNLVYGSVESVQQIFVEDGLILRAVVQQLQVATGPEVCTQGLYVLCNVAAGNEFHKDEVMHFVVASLQEACIPFNRFLQDMNNPQLRVAAVWCIMNLSYPDSPGVLYRIDRLINAGFMVHLQNMTDDPCLDVKDRVKTAMEQFMAAEISL*

Protein Length: 453

Fln nts: AAGAGCTCTTGTCAAGGATAATCCTCAAATTTCTATGAAGCTGATTAATGTGAAACAGCGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAAAATTTGTAAAAGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTAGCAAATGTAAGCTGTGCTTGTCCTTCTAGCTATTCACAAGAATGGGAGGTGAGAACAGATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGAAGAGCTACAAAAGCTAGTGTATCCAATAAATGCTGTTGAAAAATTGTGTAACCTTTTGCATAAAGATTTCTTACAGCCCAATCATCTACAAGGTGTATTAGTAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCGCGATTGGAAGACAGCAGGAGGAAGATTTTATCCTTTGAGCCACAAGGCCCAATAGCTGCTGCTTTAGTGCATGAATCTATGGGTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTGCATCAAAAACATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGAACCTCCCTTACGGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGACGAGTCCCCAGCGGTGCAGGTTGCGACATTGAGTGCTATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACAGTTTTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTTATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGAACCATTGCTGAGGCTGAACGCGGTATGGGCCTTAAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAAGGAAGGTGATGGAAGAGCTCACTGTAGCCACCTTGATAAGCTTAATTCATGATCCTGAAGAGGTGGTCCAAGAGCAAGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTGTATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAACAAATTTTTGTTGAAGATGGACTAATTCTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACAAGTTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTTGCAGCAGGGAATGAGTTCCACAAGGATGAAGTCATGCATTTTGTTGTAGCATCTTTGCAAGAAGCGTGTATTCCTTTCAATAGATTTTTGCAGGACATGAACAACCCTCAACTTCGTGTGGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTAAGCTATCCTGATAGCCCTGGTGTTCTTTATCGTATAGACAGACTCATAAATGCAGGATTCATGGTACACCTTCAAAATATGACCGATGATCCCTGCTTGGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCAATGGAGCAATTTATGGCTGCAGAAATATCATTGTAG___CACCAGGTTTCCCTGTAAAGATTGAACCCAAGCTCTTTTGACATCTTGTTTGGGACTCATGTACCAACAGACGTGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAAGTTGTTTGAAGAGATTATTATTGCGACATAACTGCATTAAGGCTTTGTTGGTATTTAACGACAATGGTAGAATCCCTGGTAATTTCACGAGGCAAGCTTCTCAGTGGGATTTTCCATTCCTTTATCCGACATGGGATTTATATGGATATTGAAATTTCAACTGGGGAACTTTATTTCTACAGATATGGAGCCTCCATGTGGTAGTTTGTAGCAACACGAGGATTTATAAGACACCTGTGTCTTAAAGGAATCTTTTCTTTTGTACGAGAGAATGTTGTTATAATTTGTCGACCTCATGAACGATGGAAACGAAACCGAAAGAGACTTTCCTCTTATCATCTCATAGCACTATCAAGATTGAATTATTGAGTGTAACAGGCTGTAATGATGCCTTGGCGTTCGACGTTGGAAAGGCTTCTACACAACCATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGCCTCAGATGGTGGAAAGTATCTTCTTTTATGAGACAAATAGGCACAACACCAGACATTCAACAGTGCAACATGTGTGTGCCTTACTAATTTGTTGTAGTTGAGAACATAGCTATTGGGTACCCGGGGAGAAGGGAGTCCAAAGTACTCAATTGGATTTAATTACGGGCAGCTTACCCTATGTAACTGCCCACTGATCTGATGTATGGCAACGCACTCCCCTGACAGCTTGTCATGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAATATCTCTTGATAATTCCAGTTTTGAACTTTGAAAATGTTTTATGCATAATTAATTAAAACCGTTTTGAAATTGC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene10397___KDKSPRTRLLACMCLANVSCACPSSYSQEWEVRTD--MLPILVKLLDEPGQ-VGEEAPSVLADLVANNEELQKLVYPINAVEKLCNLLHKDFLQPNHLQGVLVALSELGSRLEDSRRKILSFEPQGPIAAALVH-ESMGVRIAACTCIKNISRSVKNLRTSLTDEGVVFPLFKLLDDESPAVQVATLSAISNVVLDFTPHKTVFFKCGGVMQLIQ-LAKSMEPLLRLNAVWALRNLLYLADMSVKRKVMEELTVATLISLIHDPEEVVQEQALAFVRNLVYGSVESVQQIFVEDGLILRAVVQQLQVATGPEVCTQGLYVLCNVAAGNEFHKD
Q96321_______________KEDYPAIQFEAAWALTNIA----SGTSDHTKVVIDHNAVPIFVQLLASPSDDVREQAVWALGNVAGDSPRCRDLVLGCGALLPLLNQLN-EHAKLSMLRNATWTLSNFCRGKPQPHFD--QVKPALPALERLIHSDDEEVLTDACWALSYLSDGTNDKIQTVIQAGVVPKLVELLLHHSPSVLIPALRTVGNIVTGDDIQTQCVINSGALPCLANLLTQNHKKSIKKEACWTISNIT-AGNKDQIQTVVEANLISPLVSLLQNAEFDIKKEAAWAISNATSGGSHDQIKYLVEQGCI--KPLCDLLVCPDPRIITVCLEGLENILKVGEAEKN

SNPs (tot: 14)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
138	60		40		1.0
556		25		75	0.996473
639	75		25		0.996473
670	66			33	0.997452
671	33			66	0.997452
746	50			50	1.0
1698	80		20		0.995493
1700	80		20		0.995493
1799		87		12	0.992554
1818	10	90			0.90298
1820	90		10		0.90298
1821			10	90	0.90298
1822		90	10		0.90298
2112		81		18	0.999994

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain