SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene9750

Length: 2030 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene9750
CAATGGACTCATGGAGGTTGGCAAAAAATTGCTAGTTTCACTTGATGTGTTGGGTATCTTTTGATTGTTAATTGCGTTTATGCTGTAAACATTCAATTCATTTTTATTTTAAAATATAGGCGCAAATATTTTTATTATGGTTATATTCTCTGCAGATAAGTTAGTTGTTTGTTTGCTCCAATGAATGAACATTGACTGTTATATTGTAGAGATTTGAATACGCCAAGGGGACATGGCCCAGTATCAGCCAGATGATTATGAGTATGCAGCGGATGATTATGAAATGGCTGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATGGCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGACGATGATTATGAGGCAATAACTAGACCAACTGATACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGGAAAGATATCCAAGGAATACCCTGGGATAGGCTGAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCGCAAATTCGTGAGGAATTATTTAAGGTGTAGTAAAAAAACTAGGAAAGGAGGCAATTTCTATGAATTCTGCTACAATACAAGAGCAGTGAAGCCAACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAATTTGGTTTGGGCAACATCGAATCACGATGTGTATCTTTTATCAAATTATTCCGTCAAACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTTGCTGGTGCAATTGTACCATCGGAGGTCTATCCAGGAACCTTAGAGCATGGTCTCTCACGGGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCAGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGTAAGTTTTTGGACCGATCTGATGTGAGTTATTGTTCAATGTTAACTTATGATGATAATAGTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACTGCAGTTCTAGTGGAGCAACCCATTTCATGACATCAAGTAATGACCGTGGTGTTCGAGTATTTGACACAGAGAGTTTTGCATTGATTAGGCACTTCTCATTCCGTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGTTGCTCGTTGTTGTTGGGGACAATGCCCAGGGTTTGCTTTCAGACTGTGAAACAGGAAGGACTGTCGCAACTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCACCCAGATGGTCGAGTATTTGCTACTGGGAACCAAGACTCCACATGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACACTAAAACCTCTCTTGAAATTCTCAAGGGCCACTTAGGCGCCATACGTTCTATAAGGTTCTCATCAGATGGGCAATTTATGGCCATGGCTGAGCCAGCTGATTTTGTCCATATATATGATACAACGGATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTTGGGGAGATAGCTGGAATATCATTCAGTCCAGATGCTGAGTCACTTTTTATTGGAGTTGCCGATCGAACATATGGCAGCATGCTTGGATATAACAGACGGCATGCATATTTTTATCTAGATTCTCTAATATGAAGTGTTGCCTGACTGGTGATTTAGAAAGCCAAACCTGGAGTGCTGCATATTCATTCGATTGCATTAATACGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATGTAGAGTAAATATGTACAGCAGATGACCATGTTACGTTCTTTTAATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAAAAGGTAGCCGGTGTCAGTTGAATAGTTGATGACTATAAAAATGGAATGTGCAAAATGTATTGATCAACATAAGTCTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGATGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGGACAGTTGAGAAATGTTCGGAAAAAATGTGCTCAATAATGTGATGGTGACTTTATTGTTCGATGGGAACTAGTGTCTTTGATAATAATAACTGGTTGGTTATGTTGTC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene9750

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	WD-repeat protein, putative	-	-	65%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	84%
Blast2go	protein	-	-	79%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	WD40 repeat	IPR001680	-	79%
Blast2go	WD40/YVTN repeat-like-containing domain	IPR015943	-	79%
Blast2go	WD40-repeat-containing domain	IPR017986	-	79%
Blast2go	WD40 repeat, subgroup	IPR019781	-	79%
Blast2go	WD40 repeat 2	IPR019782	-	79%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: B8LR37

Fln msg: Separated hits, possible frame ERROR between 541 and 561,

Fln protein: MAQYQPDDYEYAADDYEMADYDEDLEDEYGNRGRGDADSESDDDYEAITRPTDTSAAEARRGKDIQGIPWDRLNFTREKYRETRLEQYKNYENLPQIREELFxxxxxxxxKGGNFYEFCYNTRAVKPTIVHFQLRNLVWATSNHDVYLLSNYSVKHWSTISRKETEFLNVAGAIVPSEVYPGTLEHGLSRVQISTMAVKDNLLVAGGFQGELICKFLDRSDVSYCSMLTYDDNSITNAVEIYCSSSGATHFMTSSNDRGVRVFDTESFALIRHFSFRWPVNHTSISPDKKLLVVVGDNAQGLLSDCETGRTVATLEGHSDYSFASAWHPDGRVFATGNQDSTCRLWDVRNTKTSLEILKGHLGAIRSIRFSSDGQFMAMAEPADFVHIYDTTDNYNKSQEIDFFGEIAGISFSPDAESLFIGVADRTYGSMLGYNRRHAYFYLDSLI*

Protein Length: 449

Fln nts: CAATGGACTCATGGAGGTTGGCAAAAAATTGCTAGTTTCACTTGATGTGTTGGGTATCTTTTGATTGTTAATTGCGTTTATGCTGTAAACATTCAATTCATTTTTATTTTAAAATATAGGCGCAAATATTTTTATTATGGTTATATTCTCTGCAGATAAGTTAGTTGTTTGTTTGCTCCAATGAATGAACATTGACTGTTATATTGTAGAGATTTGAATACGCCAAGGGGAC_-_ATGGCCCAGTATCAGCCAGATGATTATGAGTATGCAGCGGATGATTATGAAATGGCTGATTATGATGAAGATTTAGAAGATGAGTATGGCAACCGAGGTAGAGGTGATGCAGATTCAGAGTCAGACGATGATTATGAGGCAATAACTAGACCAACTGATACATCTGCAGCGGAAGCCAGAAGAGGGAAAGATATCCAAGGAATACCCTGGGATAGGCTGAACTTTACAAGGGAGAAATATAGAGAAACTCGGTTAGAGCAGTACAAAAATTATGAGAATCTGCCGCAAATTCGTGAGGAATTATTTAAxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxGAAAGGAGGCAATTTCTATGAATTCTGCTACAATACAAGAGCAGTGAAGCCAACAATTGTACACTTTCAGCTGAGGAATTTGGTTTGGGCAACATCGAATCACGATGTGTATCTTTTATCAAATTATTCCGTCAAACATTGGTCTACAATATCTCGTAAAGAAACTGAATTTCTTAATGTTGCTGGTGCAATTGTACCATCGGAGGTCTATCCAGGAACCTTAGAGCATGGTCTCTCACGGGTCCAGATTAGCACCATGGCTGTGAAGGATAATTTACTAGTTGCAGGTGGATTCCAGGGAGAGCTTATTTGTAAGTTTTTGGACCGATCTGATGTGAGTTATTGTTCAATGTTAACTTATGATGATAATAGTATCACGAATGCAGTGGAGATCTACTGCAGTTCTAGTGGAGCAACCCATTTCATGACATCAAGTAATGACCGTGGTGTTCGAGTATTTGACACAGAGAGTTTTGCATTGATTAGGCACTTCTCATTCCGTTGGCCTGTTAATCATACTTCCATCAGTCCAGATAAAAAGTTGCTCGTTGTTGTTGGGGACAATGCCCAGGGTTTGCTTTCAGACTGTGAAACAGGAAGGACTGTCGCAACTCTTGAAGGCCATTCAGATTACTCCTTTGCTTCTGCATGGCACCCAGATGGTCGAGTATTTGCTACTGGGAACCAAGACTCCACATGCAGGCTGTGGGATGTTAGAAACACTAAAACCTCTCTTGAAATTCTCAAGGGCCACTTAGGCGCCATACGTTCTATAAGGTTCTCATCAGATGGGCAATTTATGGCCATGGCTGAGCCAGCTGATTTTGTCCATATATATGATACAACGGATAACTATAATAAGAGCCAGGAAATTGATTTCTTTGGGGAGATAGCTGGAATATCATTCAGTCCAGATGCTGAGTCACTTTTTATTGGAGTTGCCGATCGAACATATGGCAGCATGCTTGGATATAACAGACGGCATGCATATTTTTATCTAGATTCTCTAATATGA___AGTGTTGCCTGACTGGTGATTTAGAAAGCCAAACCTGGAGTGCTGCATATTCATTCGATTGCATTAATACGGGACCAAAGAACTGAAAGCAGGTTTCCTTGAACATATGCACATATGTAGAGTAAATATGTACAGCAGATGACCATGTTACGTTCTTTTAATTGGACGGCATTATCCTATAGTATGACAAGGCTGTGAGGTGTGACCATTTTCTCATCAAAAGGTAGCCGGTGTCAGTTGAATAGTTGATGACTATAAAAATGGAATGTGCAAAATGTATTGATCAACATAAGTCTTTGGAATTAAATTTGCTCTGAAGAGCAGATGTGCTGGTAATTGCCATTTTTGGACAGTTGAGAAATGTTCGGAAAAAATGTGCTCAATAATGTGATGGTGACTTTATTGTTCGATGGGAACTAGTGTCTTTGATAATAATAACTGGTTGGTTATGTTGTC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene9750___DTSAAEARRGKDIQGIPWDRLNFTREKYRETRLEQYKNYENLPQIREELFKxxxxxxxKGGNFYEFCYNTRAVKPTIVHFQLRNLVWATSNHDVYLLSNYSVKHWSTISRKETEFLNVAGAIVPSEVYPGTLEHGLSRVQISTMAVKDNLLVAGGFQGELICKFLDRSDVSYCSMLTYDDNSITNAVEIYCSSSGATHFMTSSNDRGVRVFDTESFALIRHFSFRWPVNHTSISPDKKLLVVVGDNAQGLLSDCETGRTVATLEGHSDYSFASAWHPDGRVFATGNQDSTCRLWDVRNTKTSLEILKGHLGAIRSIRFSSDGQFMAMAEPADFVHIYDTTDNYNKSQEIDFFGEIAGISFSPDAESLFIGVADRTYGSMLGYNRRHAYFYLDSLI
B8LR37______________DTTAVEARRGKDIQGIPWDRLNFTREKYRETRLQQYKNYENLPRPRRNLDKxxxxxxxRGCSFYDFRHNTRSVKATIVHFQLRNLVWATSNHDVYLVQNYSIMHWSPLKQKGVEVLNVAGHIVPSEKHPGSSSQGLKRVQVSAMSVKDNLVVAGGFQGELVCKYLDKPGVSFCTKISHDENAITNAVEIYNDASGATRLMTSNNDFVVRVFDTEKFTVLERFCFPWSVNHTSVSPDSKLVAVLGDNADCLLADCKTGKTVGTLRGHLDYSFASAWHPDGYILATGNQDTTCRLWDIRKLSSSLAVLKGRMGAIRSIRFSSDGRFMAMAEPADFVHLYDTKQDYTKSQEIDLFGEIAGISFSPDTEAFFVGVADRTYGSLLEFNRRRMNYYLDSIL

SNPs (tot: 20)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
149		66	33		0.997452
230		33	66		0.997452
314		16		83	0.994512
315	16		83		0.994512
375	83		16		0.994512
377	83		16		0.994512
379		83	16		0.994512
387	83	16			0.994512
388		83		16	0.994512
390			83	16	0.994512
878		33		66	0.997452
879			33	66	0.997452
881		33		66	0.997452
889			66	33	0.997452
890	66		33		0.997452
891			33	66	0.997452
896	66	33			0.997452
897	33			66	0.997452
898		33	66		0.997452
900		33	66		0.997452

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain