SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene9107

Length: 2600 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene9107
GAAGTACATCCTTCAACCAATTAGCGAAGTCATAATCGTGACGAGATGTTTCTCTTGGCCTTCAAAGCGGCTGCAATTTGAGCCATCCCATGTTATAAATTCTCAGAAAATGCTTAAACAGTCCTGTCTGATTTCAAATTTCTAGGTAGTGTTTGTTTCCCCTTTCTGGGGCTTCTGGATGTCCGAAAGCTCGATGGGCCGGTTCAATCCGGCCACTTAGTGCTTCCAGTAAGGTTAAACCATCTTCAATAATGGGCTGAATGAGACTGAAATCAAGCGTTTGAGTATTTCGGATATCGATTGAGGACTCGCAGAAGCTAATCTGGATAGGTAATCCCCTTGGAATATTTTGCTGAATTGGTCAGTCTCGAGGGTGATAAAGAAATTGTGCCATGGAGGACTCAGTTGTGCCTACTCACATGGTTCCTACACATTCTATGTTATTCAAGCTCGGCCTTGGTGAATCCTCTATTGTTTCCATCACATTGTTTGTAACTCTACTCTGTATTTGTATTATAATTGGTCACCTACTGGAGGAGAATAAATGGATGAACGAGTCTATTACATCCCTTGTTATTGGTATATTTGCTGGAGTGATTGTGTTGCTAATTAGCAAGGGAAAAAGTTCTCATATTCTGGTATTCAACGAAGAACTCTTCTTTATCTATCTCCTTCCACCGATAATATTCAATGCCGGATTTCAGGTGAAGAAGAAACAATTTTTTCGCAACTTTGCCACCATTCTCTTATTTGGTGCAGTTGGTACCTTTATATCTTTTATCATTGTATCGCTAGGTGCAGTCTTTATCCTACGGAAATTTGATGTTGGTTCTTTGGACATAGGGGATTACCTAGCCATTGGGACAATCTTCTCTGCCACAGATTCTGTTTGCACTCTTCAGGTTCTTAACCAGGATGAGACACCCTTGCTTTATAGTCTAGTGTTTGGGGAGGGTGTTGTCAACGATGCCACATCTATTGTGCTTTTTAATGCGGTTCATAACTTTGATCTCAGCAACATGGATGCAATTACAGCGCTTAAATTAACTGGCAAACCACTCTATTTGCTTTTAACGAGTACTGCATTGGGAATTGTGGCTGGTCTTCTGAGTGCCTACATCATCAAAAAACTGTATTTTGGAAGACATTCTACTGATAGGGAGGTTGCAATTATGATTCTCATGGCATATCTGTCATACATGCTCGCCGAGCTATTCAACCTAAGTGGGATTCTTACGGTTTTCTTCTGTGGGATTGTTATGTCACATTATACATGGCACAATGTTACTGAAAGCTCAAGGATTACAACCAAGCATACATTTGCAACGATGTCTTTTATTTCTGAAATATTTATCTTCCTCTATGTGGGCATGGATGCATTGGACATTGAAAAGTGGAAAATGGTAAAGGCCAGCCCTGGCACATCTATTGGCATCAGCGGTGTTCTGCTGTGCTTGGTTATACTCGGAAGAGCAGCTTTCGTGTTCCCAATTTCATGGTTGTCTAATTACGCCAAATCACCAAATAGTAAAATTGAGTTTAAACAGCAGTTCATTATTTGGTGGTCTGGTCTTATGAGAGGTGCAGTTTCAATGGCACTTGCTTACAACCAATTCACAACGTCAGGCACAACAAAGTTGCGAGATCACGCAATTATGATTACAAGTACCATAATCGTGGTTGTCTTTAGCACACTGGTATTTGGCTTCCTTACAAAGCCTTTGATTAGATTTCTAATGTTTCGGAATCCAAAGCCAAGAGAAAACGATGACCTAGAGGCATCCTGTTCAAAGGATTTACGAATCCAATTCCTTGACAAAGATGATAGGGATGAAACAGAAAACCACAACGTTCCACGGATAAACAGCTTACGTATGCTTTTTCGAGAGCCTACATCTACAGTGCATGAGTTGTGGCGCAGATTTGATGATTCATACATGCGTCCTGTGTTTGGTGGCCGAGGTTTTGTTCCGGTCGTTCCTGGATCACCAACTGAAGCCAGGGATATCCGTAGCCTTGTCTGACTACCAACCAACCATAAGGAGATATTGCCTACAATTAACCTCTCGTCAAATCCTTGAATTGAATGCCGTCAGTCTCTACATCTCAATACTATAATATGATTGCAGGGCCTATTGCATTTATAATGTCTCTAGATTGTATGCTAGCTAGTTGCCTTAGTTCAATGAGTATGATTCATTTAAGCTCTTAAAAGAAATTTGGGGATAATTTGGTGGCCGCGTCCAGGATTTTGATGTCTAAATTTCTTCCTTCACACTTCGTGTAAAGTAGGATTTTACTGTCAAGCTTGAGGGGTTAGGTTATTGTAAAGAATCTGAGCTGACGATGTTGAACTTGTGTAAATCTAGTTATAGTTTGGGATTTCATTAAGAGTGAAGGAAACTTTTCTAATAGGAGTTGCAGAGTATCCACTAACATTGAGTAGTCGTTTGATTTTCTCTTGCAACGGAATGCTCTGGCAATGGAGTTACAACAATAGTGATATTATCCTTTGTATTCGGAATTTGTATATTAAAACTGTTTTGGAGGGATGACCAGTTTTCATTATCTGTTTGCCCATATAACATTCATTTGATATC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene9107

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	Sodium/hydrogen exchanger n=1 Tax=Picea sitchensis RepID=C0PSW3_PICSI	-	-	69%
FL-Next	sp=Sodium/hydrogen exchanger; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	72%
Blast2go	na+ h+ antiporter	-	-	81%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	Na+/H+ exchanger	IPR004709	-	81%
Blast2go	Cation/H+ exchanger	IPR006153	-	81%
Blast2go	Cation/H+ exchanger, CPA1 family	IPR018422	-	81%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: C0PSW3

Fln msg:

Fln protein: MEDSVVPTHMVPTHSMLFKLGLGESSIVSITLFVTLLCICIIIGHLLEENKWMNESITSLVIGIFAGVIVLLISKGKSSHILVFNEELFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFATILLFGAVGTFISFIIVSLGAVFILRKFDVGSLDIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQVLNQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSIVLFNAVHNFDLSNMDAITALKLTGKPLYLLLTSTALGIVAGLLSAYIIKKLYFGRHSTDREVAIMILMAYLSYMLAELFNLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHTFATMSFISEIFIFLYVGMDALDIEKWKMVKASPGTSIGISGVLLCLVILGRAAFVFPISWLSNYAKSPNSKIEFKQQFIIWWSGLMRGAVSMALAYNQFTTSGTTKLRDHAIMITSTIIVVVFSTLVFGFLTKPLIRFLMFRNPKPRENDDLEASCSKDLRIQFLDKDDRDETENHNVPRINSLRMLFREPTSTVHELWRRFDDSYMRPVFGGRGFVPVVPGSPTEARDIRSLV*

Protein Length: 545

Fln nts: GAAGTACATCCTTCAACCAATTAGCGAAGTCATAATCGTGACGAGATGTTTCTCTTGGCCTTCAAAGCGGCTGCAATTTGAGCCATCCCATGTTATAAATTCTCAGAAAATGCTTAAACAGTCCTGTCTGATTTCAAATTTCTAGGTAGTGTTTGTTTCCCCTTTCTGGGGCTTCTGGATGTCCGAAAGCTCGATGGGCCGGTTCAATCCGGCCACTTAGTGCTTCCAGTAAGGTTAAACCATCTTCAATAATGGGCTGAATGAGACTGAAATCAAGCGTTTGAGTATTTCGGATATCGATTGAGGACTCGCAGAAGCTAATCTGGATAGGTAATCCCCTTGGAATATTTTGCTGAATTGGTCAGTCTCGAGGGTGATAAAGAAATTGTGCC_-_ATGGAGGACTCAGTTGTGCCTACTCACATGGTTCCTACACATTCTATGTTATTCAAGCTCGGCCTTGGTGAATCCTCTATTGTTTCCATCACATTGTTTGTAACTCTACTCTGTATTTGTATTATAATTGGTCACCTACTGGAGGAGAATAAATGGATGAACGAGTCTATTACATCCCTTGTTATTGGTATATTTGCTGGAGTGATTGTGTTGCTAATTAGCAAGGGAAAAAGTTCTCATATTCTGGTATTCAACGAAGAACTCTTCTTTATCTATCTCCTTCCACCGATAATATTCAATGCCGGATTTCAGGTGAAGAAGAAACAATTTTTTCGCAACTTTGCCACCATTCTCTTATTTGGTGCAGTTGGTACCTTTATATCTTTTATCATTGTATCGCTAGGTGCAGTCTTTATCCTACGGAAATTTGATGTTGGTTCTTTGGACATAGGGGATTACCTAGCCATTGGGACAATCTTCTCTGCCACAGATTCTGTTTGCACTCTTCAGGTTCTTAACCAGGATGAGACACCCTTGCTTTATAGTCTAGTGTTTGGGGAGGGTGTTGTCAACGATGCCACATCTATTGTGCTTTTTAATGCGGTTCATAACTTTGATCTCAGCAACATGGATGCAATTACAGCGCTTAAATTAACTGGCAAACCACTCTATTTGCTTTTAACGAGTACTGCATTGGGAATTGTGGCTGGTCTTCTGAGTGCCTACATCATCAAAAAACTGTATTTTGGAAGACATTCTACTGATAGGGAGGTTGCAATTATGATTCTCATGGCATATCTGTCATACATGCTCGCCGAGCTATTCAACCTAAGTGGGATTCTTACGGTTTTCTTCTGTGGGATTGTTATGTCACATTATACATGGCACAATGTTACTGAAAGCTCAAGGATTACAACCAAGCATACATTTGCAACGATGTCTTTTATTTCTGAAATATTTATCTTCCTCTATGTGGGCATGGATGCATTGGACATTGAAAAGTGGAAAATGGTAAAGGCCAGCCCTGGCACATCTATTGGCATCAGCGGTGTTCTGCTGTGCTTGGTTATACTCGGAAGAGCAGCTTTCGTGTTCCCAATTTCATGGTTGTCTAATTACGCCAAATCACCAAATAGTAAAATTGAGTTTAAACAGCAGTTCATTATTTGGTGGTCTGGTCTTATGAGAGGTGCAGTTTCAATGGCACTTGCTTACAACCAATTCACAACGTCAGGCACAACAAAGTTGCGAGATCACGCAATTATGATTACAAGTACCATAATCGTGGTTGTCTTTAGCACACTGGTATTTGGCTTCCTTACAAAGCCTTTGATTAGATTTCTAATGTTTCGGAATCCAAAGCCAAGAGAAAACGATGACCTAGAGGCATCCTGTTCAAAGGATTTACGAATCCAATTCCTTGACAAAGATGATAGGGATGAAACAGAAAACCACAACGTTCCACGGATAAACAGCTTACGTATGCTTTTTCGAGAGCCTACATCTACAGTGCATGAGTTGTGGCGCAGATTTGATGATTCATACATGCGTCCTGTGTTTGGTGGCCGAGGTTTTGTTCCGGTCGTTCCTGGATCACCAACTGAAGCCAGGGATATCCGTAGCCTTGTCTGA___CTACCAACCAACCATAAGGAGATATTGCCTACAATTAACCTCTCGTCAAATCCTTGAATTGAATGCCGTCAGTCTCTACATCTCAATACTATAATATGATTGCAGGGCCTATTGCATTTATAATGTCTCTAGATTGTATGCTAGCTAGTTGCCTTAGTTCAATGAGTATGATTCATTTAAGCTCTTAAAAGAAATTTGGGGATAATTTGGTGGCCGCGTCCAGGATTTTGATGTCTAAATTTCTTCCTTCACACTTCGTGTAAAGTAGGATTTTACTGTCAAGCTTGAGGGGTTAGGTTATTGTAAAGAATCTGAGCTGACGATGTTGAACTTGTGTAAATCTAGTTATAGTTTGGGATTTCATTAAGAGTGAAGGAAACTTTTCTAATAGGAGTTGCAGAGTATCCACTAACATTGAGTAGTCGTTTGATTTTCTCTTGCAACGGAATGCTCTGGCAATGGAGTTACAACAATAGTGATATTATCCTTTGTATTCGGAATTTGTATATTAAAACTGTTTTGGAGGGATGACCAGTTTTCATTATCTGTTTGCCCATATAACATTCATTTGATATC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene9107___DSVVPTHMVPTHSMLFKLGLGE----SSIVSITLFVTXXXXXXXXXXXXEENKWMNESITSLVIGIFAGVIVLLISKGKSSHILVFNEELFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFATILLFGAVGTFISFIIVSLGAVFILRKFDVGSLDIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQVLNQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSIVLFNAVHNFDLSNMDAITAXXXXXXXXXXXXXSTALGIVAGLLSAYIIKKLYFGRHSTDREVAIMILMAYLSYMLAELFNLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHTFATMSFISEIFIFLYVGMDALDIEKWKMVKASPGTSIGISGVLLCLVILGRAAFVFPISWLSNYAK-SPNSKIEFKQQFIIWWSGLMRGAVSMALAYNQFTTSGTTKLRDHAIMITSTIIVVVFSTLVFGFLTKPLIRFLMFRNPKPRENDDLEASCSKDLRIQFLDKDDRDETENHNVPRINSLRMLFREPTSTVHELWRRFDDSYM
C0PSW3______________DPTMVDQMGPLRSFLVRMGLASTSDHSSVVAITLFVTLLCACIVIGHLLEENRWMSESITALIIGLCTGVIVLLFSQGKSSHIMLFSEELFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFITIMLFGAVGTFISFSIVSAGAMLLFKKFDIGPFEIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQILSQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSIVLFNAVHNFDLTHIDGSTALQLFGNFVYLFLTSTALGIGAGLLSAYIIKALYFGRHSTDREVAIMILMSYLSYMLAELFYLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHAFATMSFIAETFIFLYVGMDALDIEKWKMAKRSPGTSVGLSGVLLGLILVGRAAFVFPLSFLSNCLKRTPNSRIGFRQQFVIWWAGLMRGAVSMALAYNQFTRSGLTKLPENAIMITSTISVVLFSTVVFGMITKPLIRLLLPQSSKPGQDNTSDPSSPKGLHIPLLGNGEAVDIDGCHVRRPSSLRMLLQAPSFTVHYYWRKFDDAYM

SNPs (tot: 18)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
592	16	83			0.994512
596	83		16		0.994512
631		83		16	0.994512
632			16	83	0.994512
2040	80			20	0.995493
2041		80	20		0.995493
2042		60	20		0.99255
2057	80		20		0.995493
2126	80	20			0.999996
2127	80		20		0.999996
2129	80	20			0.999996
2136		80	20		0.999996
2137	80	20			0.999996
2138			80	20	0.999996
2140			80	20	0.999996
2144	72	27			1.0
2145	18		9	72	0.999994
2465		16		83	0.999991

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain