SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene7979

Length: 2045 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene7979
CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCATCCTTCGTCTCCAAACCCTGGACGGAAGTCTGGTCTATAAAAGGCGTCGTGACCTTGGCTATGGGGGCCATAGATCGATATCCGAGCTCCTGCATACCTTCTAACGGAGGGCTATTCTTCGTCCGCGTTGTGTCTGAGACCCAGAAAGAAAAAAAGGTGAGGTTTTGAAACAGATTTCGCCCCCCGTTTGTTCTTCTAAGATTTCTCTGGATAAGCTGGATTTTTTGAGGGTTTGTGTGGTATTGGCGAGAATAGATTGAGAATAAACAAATCCAAGAGATCGTTCGAGGGTTTTCTGGGGGCTTATAGTGGAACTGTTGAAACGTTTGACGGGTTCTCTACGAAAATTGTCTAGGGAGATATACAGGGTTTTCTGGGTTTCGAGGGATTAGCCGGGTTTTGAGGTGTTTGCACATGATTTGTTGGTGGGAGACGGAGAACATTGCTTTGTTAAATTGGTCAGCGGGTTTGCAGCTGAATCCGAGGCTGTTGCATCCTTAAAAGTGTTTTACCTTTGTGGTTTGGACCTTAGGGTTTGAACTCTTTAAAGAAACTCTCAAAATCAGCCTTAAACAATAACATACAAGATGTCCATTCTACCCCAAAGTGATTCCCTCATAATAAGGGAAGTTTGGGCAGATAATCTGGAGGAGGAGTTTGCTCTGATTCGGGAAATTGTGGACGATTACCCTTATATTGCCATGGATACTGAGTTTCCTGGTATAGTGGTAAGACCTGTGGGCAATTTTAAGACTGCTTCAGAGTTCCACTATTACACTCTAAAGTCTAATGTTGATATACTTAACCTTATTCAATTGGGTCTCACTTTCTCAGACGAGGATGGGAACCTGCCTCGCTGCGGTACAGATAAGTACTGCATATGGCAATTCAATTTCCGGGAATTCAATCTTGATAAAGATATGTATGCCATTGATTCTATTGAGCTTCTGCAACAGAGTGGTATTGATTTCAAGAAGAACAATGAGAATGGAATTGATGCACAAGTATTCGGTGAGCTGCTAATGTCATCCGGCATTGTTTTGAATGACACTGTGCACTGGGTCACCTTCCATAGTGGCTATGATTTCGGGTACATGCTGAAGCTTCTAACGTGCCAGCAGTTGCCTCCAACACCTGCAGGCTTCTTCAGCTTGATTAACATGTATTTTCCCACAGTGTATGATATCAAGCACTTGATGAAGTTTTGCAACAGTCTGCACGGTGGATTGAACAAGCTGGCTGAATTATTGGATGTGAAGAGAATTGGCGTGTGCCATCAAGCTGGTTCGGATAGCCTGTTAACATCCTGTGCATTTAGGAAATTGAGAGAGGGGTTTTTCAATGGCTCCACTGAGAAATATGCAGGTGTGTTATATGGTTTAGCTTTTGACAATGGCCAGAGTGTTCATTGAGGTTTTGAGATCAGAGAGAAATGCCATAGACTCTCATCTCTTTGTACACTTTTTTGGGCAAATCTGCCGCTTAACTTATTAATATAAGGTGGGTTAAATAATTATTATGAACATGGCTTCCATATTTGTCATTGCCATTGAGTGTGATATGCTCTATCTATGTGTTTATGTGTCTGTGTTTCATTCTGCAGTTTCGTGATTTATATCCTTGCATAAACACGAATTCTAATTCAATGAAGTCTGTGCAGTGCTGTATATCTTGAACATTTTTTTAGATGGTAGCTAATCCTTTTTATTGAATGGAGAAATTGCAAAACTCTTATATGAGTATGCATTACATTACATTGAATGAAATGAAATGAAATTCATGTTGATGCCTATGAATGACCAAAATAGGTAAATGGTAATTGAATGAATGGTGATTAACAACAAGAGTGTCTGAAGCACCTTCAAAAACAAGTGATCAAAATTCAACACCAAGATTATAGTCTAGATAGTGTAGTAGGTAATCCTGCAGCCAGAGGAATTGATTGAGTTATTGAATTGAAAGAATTGAGTTGTATTATACAGCTCAGGTGAACGAGATGCATCACATCTGCATTTGTAAAC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene7979

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	ccr4-associated factor, putative (EC:3.1.13.4); K12581 CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8	-	-	80%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	98%
Blast2go	ccr4-associated factor	-	-	89%

Source	InterPros	Term	Type	e value	Identity
Blast2go	Ribonuclease CAF1	IPR006941	-	0.0	89%
Blast2go	Ribonuclease H-like domain	IPR012337	-	0.0	89%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: A9NUT9

Fln msg:

Fln protein: MSILPQSDSLIIREVWADNLEEEFALIREIVDDYPYIAMDTEFPGIVVRPVGNFKTASEFHYYTLKSNVDILNLIQLGLTFSDEDGNLPRCGTDKYCIWQFNFREFNLDKDMYAIDSIELLQQSGIDFKKNNENGIDAQVFGELLMSSGIVLNDTVHWVTFHSGYDFGYMLKLLTCQQLPPTPAGFFSLINMYFPTVYDIKHLMKFCNSLHGGLNKLAELLDVKRIGVCHQAGSDSLLTSCAFRKLREGFFNGSTEKYAGVLYGLAFDNGQSVH*

Protein Length: 276

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCATCCTTCGTCTCCAAACCCTGGACGGAAGTCTGGTCTATAAAAGGCGTCGTGACCTTGGCTATGGGGGCCATAGATCGATATCCGAGCTCCTGCATACCTTCTAACGGAGGGCTATTCTTCGTCCGCGTTGTGTCTGAGACCCAGAAAGAAAAAAAGGTGAGGTTTTGAAACAGATTTCGCCCCCCGTTTGTTCTTCTAAGATTTCTCTGGATAAGCTGGATTTTTTGAGGGTTTGTGTGGTATTGGCGAGAATAGATTGAGAATAAACAAATCCAAGAGATCGTTCGAGGGTTTTCTGGGGGCTTATAGTGGAACTGTTGAAACGTTTGACGGGTTCTCTACGAAAATTGTCTAGGGAGATATACAGGGTTTTCTGGGTTTCGAGGGATTAGCCGGGTTTTGAGGTGTTTGCACATGATTTGTTGGTGGGAGACGGAGAACATTGCTTTGTTAAATTGGTCAGCGGGTTTGCAGCTGAATCCGAGGCTGTTGCATCCTTAAAAGTGTTTTACCTTTGTGGTTTGGACCTTAGGGTTTGAACTCTTTAAAGAAACTCTCAAAATCAGCCTTAAACAATAACATACAAG_-_ATGTCCATTCTACCCCAAAGTGATTCCCTCATAATAAGGGAAGTTTGGGCAGATAATCTGGAGGAGGAGTTTGCTCTGATTCGGGAAATTGTGGACGATTACCCTTATATTGCCATGGATACTGAGTTTCCTGGTATAGTGGTAAGACCTGTGGGCAATTTTAAGACTGCTTCAGAGTTCCACTATTACACTCTAAAGTCTAATGTTGATATACTTAACCTTATTCAATTGGGTCTCACTTTCTCAGACGAGGATGGGAACCTGCCTCGCTGCGGTACAGATAAGTACTGCATATGGCAATTCAATTTCCGGGAATTCAATCTTGATAAAGATATGTATGCCATTGATTCTATTGAGCTTCTGCAACAGAGTGGTATTGATTTCAAGAAGAACAATGAGAATGGAATTGATGCACAAGTATTCGGTGAGCTGCTAATGTCATCCGGCATTGTTTTGAATGACACTGTGCACTGGGTCACCTTCCATAGTGGCTATGATTTCGGGTACATGCTGAAGCTTCTAACGTGCCAGCAGTTGCCTCCAACACCTGCAGGCTTCTTCAGCTTGATTAACATGTATTTTCCCACAGTGTATGATATCAAGCACTTGATGAAGTTTTGCAACAGTCTGCACGGTGGATTGAACAAGCTGGCTGAATTATTGGATGTGAAGAGAATTGGCGTGTGCCATCAAGCTGGTTCGGATAGCCTGTTAACATCCTGTGCATTTAGGAAATTGAGAGAGGGGTTTTTCAATGGCTCCACTGAGAAATATGCAGGTGTGTTATATGGTTTAGCTTTTGACAATGGCCAGAGTGTTCATTGA___GGTTTTGAGATCAGAGAGAAATGCCATAGACTCTCATCTCTTTGTACACTTTTTTGGGCAAATCTGCCGCTTAACTTATTAATATAAGGTGGGTTAAATAATTATTATGAACATGGCTTCCATATTTGTCATTGCCATTGAGTGTGATATGCTCTATCTATGTGTTTATGTGTCTGTGTTTCATTCTGCAGTTTCGTGATTTATATCCTTGCATAAACACGAATTCTAATTCAATGAAGTCTGTGCAGTGCTGTATATCTTGAACATTTTTTTAGATGGTAGCTAATCCTTTTTATTGAATGGAGAAATTGCAAAACTCTTATATGAGTATGCATTACATTACATTGAATGAAATGAAATGAAATTCATGTTGATGCCTATGAATGACCAAAATAGGTAAATGGTAATTGAATGAATGGTGATTAACAACAAGAGTGTCTGAAGCACCTTCAAAAACAAGTGATCAAAATTCAACACCAAGATTATAGTCTAGATAGTGTAGTAGGTAATCCTGCAGCCAGAGGAATTGATTGAGTTATTGAATTGAAAGAATTGAGTTGTATTATACAGCTCAGGTGAACGAGATGCATCACATCTGCATTTGTAAAC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene7979___MSILPQSDSLIIREVWADNLEEEFALIREIVDDYPYIAMDTEFPGIVVRPVGNFKTASEFHYYTLKSNVDILNLIQLGLTFSDEDGNLPRCGTDKYCIWQFNFREFNLDKDMYAIDSIELLQQSGIDFKKNNENGIDAQVFGELLMSSGIVLNDTVHWVTFHSGYDFGYMLKLLTCQQLPPTPAGFFSLINMYFPTVYDIKHLMKFCNSLHGGLNKLAELLDVKRIGVCHQAGSDSLLTSCAFRKLREGFFNGSTEKYAGVLYGLAFDNGQSVH
A9NUT9______________MSILPQSDSLIIREVWADNLMEEFALIREIVDDYPYIAMDTEFPGIVVRPVGNFKTASEFHYYTLKSNVDILNLIQLGLTFSDEDGNLPRCGTDKYCIWQFNFREFNLDKDMYAIDSIELLQQSGIDFKKNNEDGIDAQVFGELLMSSGIVLNDTVHWVTFHSGYDFGYMLKLLTCQQLPPTPAGFFNLINMYFPTVYDIKHLMKFCNSLHGGLNKLAELLDVKRIGVCHQAGSDSLLTSCAFRKLREGFFNGSTEKYAGVLYGLAFDNGQSVH

SNPs (tot: 7)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
204		66	33		0.997452
1247		81		18	0.999994
1544		20		80	0.995493
1545		20	80		0.995493
1547	66		33		0.997452
1548		66	33		0.997452
1852	75		25		0.996473

SSRs (tot: 1)

Start position	End position	Sequence	Length
1784	1801	AATGA AATGA AATGA AAT	18

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain