SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene7271

Length: 2112 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene7271
CGTCGTGACCTTGGTTTTCACTTCAGTTTTTAGATTCTCTCTGGAACGAACCGTATAATCGACTGTATAATATTACAGGAAAATATGTTATCAGAGCATTTAAGGAAAATTACTTGTAATTAGATGCATCTTCGCATTTAAGGAAAATTACTGGTAATTAGCTGCTTTTTTTCAACTTCGTGACGTTGTCTGTCATCTAAACTTCTTCACCTAATTGCACCACATTCCTGGCAGTATTGTAATTAACTGCTTATCCAAGGTGTCGAACTTCACGAAGCGTATGACCAAAATTTAGCATGGGATGAAATAGTTGATGTGCATCTGGCCAGATTGTCATTTTAAATCTGCATTCATGGATCTGGCGGTTGTAGATAACATACAATGATTTTCCTCTAATGTTTTATCCGTTTGTGTGTCCAGAAACAGAGTTAGCCGCCCGTAGCCTGCAAAAATGCTTATAACAGTGAAGAGTTCACAAATGGTGCGTCCCGCCGCACCGACTCCACAGAGGGATCTTTGGAACTCAAATGTAGACCTTGTGGTTCCGAGAATACATACCGCCAGTGTGTATTTCTATAGGCCCACTGGCAGCCCCGATTTCTTTTCAATGAACATTCTCAGGGATGCGCTTAGTAAACTGCTGGTGCCATTTTATCCCATGGCAGGGAGACTAAAAAGAGACCCAGATGGACGTATCGAAATCAACTGTAACGGTGAGGGTGTCCTGCTTGTTGAAGCTATAACAGATTCTGTCATTGATGATTTCGGGGATTTTGCGCCCACCATGGAGCTCAAACAACTCATTCCTAAAGTCAATTACTCAGAAGACATTTCTTCCTATCCTCTGCTCGTCCTTCAGGTAACCTTTTTCAAATGTGGAGGGGTGTCATTAGGTGTGGGGATGCAGCACCATGTGGCTGATGGTTATGCAGGTATACACTTCATCAATACCTGGTCTGATGTAGCCCGTGGGCTAGACATTACTCTGCCACCCTTCATCGACAGAACTCTTTTACGAGCCAGAAATCCTCCAACCCCGAAGTTTCAGCACATAGAGTACCAACAACCTCCACCATTGAAGGACACGAGTGGAATAATGAATGGTGAAAAAAATGGTTTCTCAGTTGCTATTTTTAAACTCACAAAAGAACAATTGGAGATCCTCAAGGGCAAAGCCAGAGAGAATGGAAATAACATAGCATACAGCAGCTATGAAATGCTCTCAGGACACATTTGGAGATGTGCCTGTAAAGCTAGAAATCTTGCTGAAGATCAAGAAACCAAATTGTATATTGCTACGGATGGTCGTAACCGGCTCAGACCATCCATTCCCCCTGGTTATTTTGGGAATGTTATTTTTACAACTACTCCCATGGCCGTTGCAGGGGACATTATATCAAAGCCTACATATTATGCTGCGAGTGTAATTCATGAAGCTTTGGGCCGGATGGATGATGAATACTTGCGTTCTGCTTTAGACTATTTGGAATTGCAGCCTGATTTGACTGCTCTAGTCAGAGGTTCTCATACTTTCAGGTGTCCAAATATTGGTATCACAAGCTGGTCTCGGTTGCCTATTCATGATGCAGACTTTGGGTGGGGAAGACCCATATTCATGGGACCTGGAGGTATTGCCTATGAAGGTCTTGCTTTCGTTTTGCCCAGTTCTGCCAATGATGGAAGTTTGTCAGTTGCATTGGGCTTGCAACCAGATCATATGGCTCGTTTTGCCAAAATGTTGTATGAAATCTAGATTTGACTTCTGTATAGGATTCAGGAACTAGAAATCGAAAAACCAGATTACATTATTTGTTTGGAACTGTAATTAGATTGAAGTACAACAATTTTGCCTTCTGTGAAAATTGAATCTGCTCAAAAATAAGATAAACAAACATGGAGAATTGTACTCGGGATCAAAATAAAAGATGACGCGAACTTGTTATTATCATCTTGATGTTGAAGTTGGAATCCGTTTAACCTGCTACTTCTCTATGATGTCAATGCATCTTGCCCCGGAATGATGCTTTAAGCTTTTCTTTGTACTCAGATTACAGAACTTTTGGCAAGTTCTTTTTCCCATACAGTATATATGCATGAACAATCTATAGAACC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene7271

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	Hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyltransferase n=2 Tax=Pinaceae RepID=A6Y879_PINRA	-	-	98%
FL-Next	tr=Hydroxycinnamoyl-CoA:shikimate hydroxycinnamoyltransferase; Pinus radiata (Monterey pine) (Pinus insignis).	-	-	98%
Blast2go	hydroxycinnamoyl- shikimate quinate hydroxycinnamoyltransferase	-	-	86%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: A6Y879

Fln msg:

Fln protein: MLITVKSSQMVRPAAPTPQRDLWNSNVDLVVPRIHTASVYFYRPTGSPDFFSMNILRDALSKLLVPFYPMAGRLKRDPDGRIEINCNGEGVLLVEAITDSVIDDFGDFAPTMELKQLIPKVNYSEDISSYPLLVLQVTFFKCGGVSLGVGMQHHVADGYAGIHFINTWSDVARGLDITLPPFIDRTLLRARNPPTPKFQHIEYQQPPPLKDTSGIMNGEKNGFSVAIFKLTKEQLEILKGKARENGNNIAYSSYEMLSGHIWRCACKARNLAEDQETKLYIATDGRNRLRPSIPPGYFGNVIFTTTPMAVAGDIISKPTYYAASVIHEALGRMDDEYLRSALDYLELQPDLTALVRGSHTFRCPNIGITSWSRLPIHDADFGWGRPIFMGPGGIAYEGLAFVLPSSANDGSLSVALGLQPDHMARFAKMLYEI*

Protein Length: 435

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGTTTTCACTTCAGTTTTTAGATTCTCTCTGGAACGAACCGTATAATCGACTGTATAATATTACAGGAAAATATGTTATCAGAGCATTTAAGGAAAATTACTTGTAATTAGATGCATCTTCGCATTTAAGGAAAATTACTGGTAATTAGCTGCTTTTTTTCAACTTCGTGACGTTGTCTGTCATCTAAACTTCTTCACCTAATTGCACCACATTCCTGGCAGTATTGTAATTAACTGCTTATCCAAGGTGTCGAACTTCACGAAGCGTATGACCAAAATTTAGCATGGGATGAAATAGTTGATGTGCATCTGGCCAGATTGTCATTTTAAATCTGCATTCATGGATCTGGCGGTTGTAGATAACATACAATGATTTTCCTCTAATGTTTTATCCGTTTGTGTGTCCAGAAACAGAGTTAGCCGCCCGTAGCCTGCAAAA_-_ATGCTTATAACAGTGAAGAGTTCACAAATGGTGCGTCCCGCCGCACCGACTCCACAGAGGGATCTTTGGAACTCAAATGTAGACCTTGTGGTTCCGAGAATACATACCGCCAGTGTGTATTTCTATAGGCCCACTGGCAGCCCCGATTTCTTTTCAATGAACATTCTCAGGGATGCGCTTAGTAAACTGCTGGTGCCATTTTATCCCATGGCAGGGAGACTAAAAAGAGACCCAGATGGACGTATCGAAATCAACTGTAACGGTGAGGGTGTCCTGCTTGTTGAAGCTATAACAGATTCTGTCATTGATGATTTCGGGGATTTTGCGCCCACCATGGAGCTCAAACAACTCATTCCTAAAGTCAATTACTCAGAAGACATTTCTTCCTATCCTCTGCTCGTCCTTCAGGTAACCTTTTTCAAATGTGGAGGGGTGTCATTAGGTGTGGGGATGCAGCACCATGTGGCTGATGGTTATGCAGGTATACACTTCATCAATACCTGGTCTGATGTAGCCCGTGGGCTAGACATTACTCTGCCACCCTTCATCGACAGAACTCTTTTACGAGCCAGAAATCCTCCAACCCCGAAGTTTCAGCACATAGAGTACCAACAACCTCCACCATTGAAGGACACGAGTGGAATAATGAATGGTGAAAAAAATGGTTTCTCAGTTGCTATTTTTAAACTCACAAAAGAACAATTGGAGATCCTCAAGGGCAAAGCCAGAGAGAATGGAAATAACATAGCATACAGCAGCTATGAAATGCTCTCAGGACACATTTGGAGATGTGCCTGTAAAGCTAGAAATCTTGCTGAAGATCAAGAAACCAAATTGTATATTGCTACGGATGGTCGTAACCGGCTCAGACCATCCATTCCCCCTGGTTATTTTGGGAATGTTATTTTTACAACTACTCCCATGGCCGTTGCAGGGGACATTATATCAAAGCCTACATATTATGCTGCGAGTGTAATTCATGAAGCTTTGGGCCGGATGGATGATGAATACTTGCGTTCTGCTTTAGACTATTTGGAATTGCAGCCTGATTTGACTGCTCTAGTCAGAGGTTCTCATACTTTCAGGTGTCCAAATATTGGTATCACAAGCTGGTCTCGGTTGCCTATTCATGATGCAGACTTTGGGTGGGGAAGACCCATATTCATGGGACCTGGAGGTATTGCCTATGAAGGTCTTGCTTTCGTTTTGCCCAGTTCTGCCAATGATGGAAGTTTGTCAGTTGCATTGGGCTTGCAACCAGATCATATGGCTCGTTTTGCCAAAATGTTGTATGAAATCTAG___ATTTGACTTCTGTATAGGATTCAGGAACTAGAAATCGAAAAACCAGATTACATTATTTGTTTGGAACTGTAATTAGATTGAAGTACAACAATTTTGCCTTCTGTGAAAATTGAATCTGCTCAAAAATAAGATAAACAAACATGGAGAATTGTACTCGGGATCAAAATAAAAGATGACGCGAACTTGTTATTATCATCTTGATGTTGAAGTTGGAATCCGTTTAACCTGCTACTTCTCTATGATGTCAATGCATCTTGCCCCGGAATGATGCTTTAAGCTTTTCTTTGTACTCAGATTACAGAACTTTTGGCAAGTTCTTTTTCCCATACAGTATATATGCATGAACAATCTATAGAACC

Fln Alignment:

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A6Y879______________MLITVKNSQMVRPAAPTPQRDLWNSNVDLVVPRIHTASVYFYRPTGSPDFFSMNILRDALSKLLVPFYPMAGRLKRDPDGRIEINCNGEGVLLVEAITDSVIDDFGDFAPTMELKQLIPKVNYSEDISSYPLLVLQVTFFKCGGVSLGVGMQHHVADGYAGIHFINTWSDVARGLDITLPPFIDRTLLRARNPPTPKFQHIEYQQPPPLKDTSGIMNGEKTDISVAIFKLTKEQLEILKGKARENGNNIAYSSYEMLSGHIWRCACKARNLAEDQETKLYIATDGRNRLRPSIPPGYFGNVIFTTTPMAVTGDIISKPTYYAASVIHEALGRMDDEYLRSALDYLELQPDLTALVRGAHTFRCPNIGITSWSRLPIHDADFGWGRPIFMGPGGIAYEGLAFVLPSSVNDGSLSVALGLQPDHMVRFAKM

SNPs (tot: 4)

Position	A %	C %	T %	Probability
478	57	14		1.0
479	14	85		0.993533
1398	77		22	0.999999
1654		33	66	0.997452

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain