SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene7254

Length: 2306 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene7254
CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTGGGATCTCAGACAATTTTTAGTGGGGACGGTTGCTCCTGAGCGTTTGAAGGAAGCGAAACAGTGCGTTATTGGGTGCCAATAGCCCATCAGCACCAATTTGAAGAGGGGACTGACAAAGGCTACAGTTTATCTTTCGTTAATTTGCATACCTAGGCTCAATTAGTTAAGCCTTTATTAAAGATGGTGGAGGGACAGGAAACTGATAAGAACATTGAGATATGGAAGATCAAGAAGTTAATCAAGGCTCTGGAGGCAGCCAGGGGCAATGGCACAAGTATGATTTCTTTGATAATGCCGCCAAGGGACCAAATTTCACGTGTCACTAAAATGCTAGGCGATGAGTTTGGGACGGCATCAAACATTAAGAGTCGAGTCAACCGGCAATCGGTTTTGGGAGCAATAACCTCTGCTCAGCAAAGGTTGAAGCTCTACAGCAGGGTTCCACCTAATGGCTTGGTGCTGTACACAGGAACTATTGTCACAGATGACGGAAAAGAGAAGAAGGTTACTATTGATTTTGAGCCTTTCAAGCCTATTAATGCCTCTCTTTATCTCTGTGATAATAAGTTCCATACAGAGGCACTGAATGAACTTCTCGAGTCTGATGATAAATTTGGTTTTATAGTTATGGATGGTAATGGCACCCTTTTTGGTACTCTGAGTGGTAACACTCGTGAAGTGCTTCACAAGTTTACTGTAGACCTGCCTAAAAAGCATGGAAGGGGAGGGCAGTCAGCCTTGCGGTTTGCACGTCTTCGGATGGAGAAGCGTCACAATTATGTTCGAAAAACAGCCGAGCTGGCAACTCAGTTTTACATTAATCCATCAACGAGTCAACCCAATGTTTCTGGTTTGATTTTGGCTGGATCCGCAGACTTTAAGACAGAGTTGAGTCAATCTGACATGTTTGACCCTAGGCTTCAGGCTAAGATATTGAATGTCGTGGATGTGTCGTATGGAGGGGAGAATGGATTTAATCAAGCAATTGAGCTATCATCTGAGATTCTGTCAAATGTTAAGTTTGTTCAGGAAAAGCGCTTGATTGGTAAATATTTTGATGAAATCAGCCAAGATACAGGCAAGTACGTATTTGGTGTGGAGGATACTTTAAAGGCGCTGGAGATGGGAGCTGTTGAAATCCTAATTGTGTGGGAGAGCTTAGATGTCAGTAGATACACTCTGAAGAATTCTGTTACTGGTGAAATTGTCATTAAGCACTTGAGCAAAGACGGAGAACTTGATCAAAACAATTTCAGGGACCAAGACTCAAAAGCTGAGTTGGAAGTTCAAGACAAAGCATCCTTGTTGGAGTGGTTTGCAAATGAATACAAGAATTTTGGCTGCTCTCTTGAATTTGTGACCAACAAATCACAGGAAGGGTCTCAATTTTGCAGGGGATTTGGTGGTATTGGTGGCCTCCTACGTTATCAGCTGGATATGAGGACTTTTGACGAATTATCCGATGGGGAGGATGTGTATGAAGATTCTGAATAACAATCAATTCATACCTATCCTAAGAATGCCGACCACAGCTCGGCATCAGGCCTTGGGAGTTCAATTGTTTTATTTTCAAGACTAGGCAAATTTGAGGTCGGCATATTCTGTTACACTGGTTCATGTTGGAAACAGGTTTTTTCATTCAAGGATCATGTCATGGTGGGTTTTCTACAAATAATAGAACAGCGCAGAGTAAATGATTCGATATTTTTGGAATGGACAGGCAGGTCATTTAATCAAAGTATTTTCATTGCACAGCTTGCAGGAGCACCTGCTAGCCATATTGGCTTTGGAACGGAGATCGGAATCATTTGCTGTGCTAATGCAAGTTCTGCATAGCCTCGTTTTTATTTCTTACTTTGCATCCAGTACTTATCCAATTACCTAAAAGAAAATAATGAAATAGGTTGGAGCCTGGAGGTTATGGGTAGTATGGGACCAGAAACTCAGGCTCGAGGTTCTAGGGACTAAATAAACTGGTAAATTTCAGCTTTATTTATATTGGTACAGTGCATGAGAATATTCCAAGCAGAGTTACAGAACCGTCGTCTTTGTCATCGGTTGCGACTATGGACTGAAAATTTAGTAAATAATGTTTTTATTTTGCAACACTGAAGCAATATTAGTAGGGATATAAAAAGTTAATATTCTTATTATAATAATATATCGGAATTCTTGGATCTTGACTGTGTGGACTGATGGAACCTTTCTTGTTGGTGTTTCATTGGAAGTCTAATTTGCTAAATGATATAGGATGACATCGATAGTTAATGTGCATCGTACCTG

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene7254

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-1; K03265 peptide chain release factor eRF subunit 1	-	-	86%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	96%
Blast2go	protein	-	-	96%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	Peptide chain release factor eRF1/aRF1	IPR004403	-	96%
Blast2go	eRF1 domain 1/Pelota-like	IPR005140	-	96%
Blast2go	eRF1 domain 2	IPR005141	-	96%
Blast2go	eRF1 domain 3	IPR005142	-	96%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: B8LPP1

Fln msg:

Fln protein: MVEGQETDKNIEIWKIKKLIKALEAARGNGTSMISLIMPPRDQISRVTKMLGDEFGTASNIKSRVNRQSVLGAITSAQQRLKLYSRVPPNGLVLYTGTIVTDDGKEKKVTIDFEPFKPINASLYLCDNKFHTEALNELLESDDKFGFIVMDGNGTLFGTLSGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKTAELATQFYINPSTSQPNVSGLILAGSADFKTELSQSDMFDPRLQAKILNVVDVSYGGENGFNQAIELSSEILSNVKFVQEKRLIGKYFDEISQDTGKYVFGVEDTLKALEMGAVEILIVWESLDVSRYTLKNSVTGEIVIKHLSKDGELDQNNFRDQDSKAELEVQDKASLLEWFANEYKNFGCSLEFVTNKSQEGSQFCRGFGGIGGLLRYQLDMRTFDELSDGEDVYEDSE*

Protein Length: 439

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTGGGATCTCAGACAATTTTTAGTGGGGACGGTTGCTCCTGAGCGTTTGAAGGAAGCGAAACAGTGCGTTATTGGGTGCCAATAGCCCATCAGCACCAATTTGAAGAGGGGACTGACAAAGGCTACAGTTTATCTTTCGTTAATTTGCATACCTAGGCTCAATTAGTTAAGCCTTTATTAAAG_-_ATGGTGGAGGGACAGGAAACTGATAAGAACATTGAGATATGGAAGATCAAGAAGTTAATCAAGGCTCTGGAGGCAGCCAGGGGCAATGGCACAAGTATGATTTCTTTGATAATGCCGCCAAGGGACCAAATTTCACGTGTCACTAAAATGCTAGGCGATGAGTTTGGGACGGCATCAAACATTAAGAGTCGAGTCAACCGGCAATCGGTTTTGGGAGCAATAACCTCTGCTCAGCAAAGGTTGAAGCTCTACAGCAGGGTTCCACCTAATGGCTTGGTGCTGTACACAGGAACTATTGTCACAGATGACGGAAAAGAGAAGAAGGTTACTATTGATTTTGAGCCTTTCAAGCCTATTAATGCCTCTCTTTATCTCTGTGATAATAAGTTCCATACAGAGGCACTGAATGAACTTCTCGAGTCTGATGATAAATTTGGTTTTATAGTTATGGATGGTAATGGCACCCTTTTTGGTACTCTGAGTGGTAACACTCGTGAAGTGCTTCACAAGTTTACTGTAGACCTGCCTAAAAAGCATGGAAGGGGAGGGCAGTCAGCCTTGCGGTTTGCACGTCTTCGGATGGAGAAGCGTCACAATTATGTTCGAAAAACAGCCGAGCTGGCAACTCAGTTTTACATTAATCCATCAACGAGTCAACCCAATGTTTCTGGTTTGATTTTGGCTGGATCCGCAGACTTTAAGACAGAGTTGAGTCAATCTGACATGTTTGACCCTAGGCTTCAGGCTAAGATATTGAATGTCGTGGATGTGTCGTATGGAGGGGAGAATGGATTTAATCAAGCAATTGAGCTATCATCTGAGATTCTGTCAAATGTTAAGTTTGTTCAGGAAAAGCGCTTGATTGGTAAATATTTTGATGAAATCAGCCAAGATACAGGCAAGTACGTATTTGGTGTGGAGGATACTTTAAAGGCGCTGGAGATGGGAGCTGTTGAAATCCTAATTGTGTGGGAGAGCTTAGATGTCAGTAGATACACTCTGAAGAATTCTGTTACTGGTGAAATTGTCATTAAGCACTTGAGCAAAGACGGAGAACTTGATCAAAACAATTTCAGGGACCAAGACTCAAAAGCTGAGTTGGAAGTTCAAGACAAAGCATCCTTGTTGGAGTGGTTTGCAAATGAATACAAGAATTTTGGCTGCTCTCTTGAATTTGTGACCAACAAATCACAGGAAGGGTCTCAATTTTGCAGGGGATTTGGTGGTATTGGTGGCCTCCTACGTTATCAGCTGGATATGAGGACTTTTGACGAATTATCCGATGGGGAGGATGTGTATGAAGATTCTGAATAA___CAATCAATTCATACCTATCCTAAGAATGCCGACCACAGCTCGGCATCAGGCCTTGGGAGTTCAATTGTTTTATTTTCAAGACTAGGCAAATTTGAGGTCGGCATATTCTGTTACACTGGTTCATGTTGGAAACAGGTTTTTTCATTCAAGGATCATGTCATGGTGGGTTTTCTACAAATAATAGAACAGCGCAGAGTAAATGATTCGATATTTTTGGAATGGACAGGCAGGTCATTTAATCAAAGTATTTTCATTGCACAGCTTGCAGGAGCACCTGCTAGCCATATTGGCTTTGGAACGGAGATCGGAATCATTTGCTGTGCTAATGCAAGTTCTGCATAGCCTCGTTTTTATTTCTTACTTTGCATCCAGTACTTATCCAATTACCTAAAAGAAAATAATGAAATAGGTTGGAGCCTGGAGGTTATGGGTAGTATGGGACCAGAAACTCAGGCTCGAGGTTCTAGGGACTAAATAAACTGGTAAATTTCAGCTTTATTTATATTGGTACAGTGCATGAGAATATTCCAAGCAGAGTTACAGAACCGTCGTCTTTGTCATCGGTTGCGACTATGGACTGAAAATTTAGTAAATAATGTTTTTATTTTGCAACACTGAAGCAATATTAGTAGGGATATAAAAAGTTAATATTCTTATTATAATAATATATCGGAATTCTTGGATCTTGACTGTGTGGACTGATGGAACCTTTCTTGTTGGTGTTTCATTGGAAGTCTAATTTGCTAAATGATATAGGATGACATCGATAGTTAATGTGCATCGTACCTG

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene7254___MVEGQETDKNXXXXXXXXXXXXXXXXRGNGTSMISLIMPPRDQISRVTKMLGDEFGTASNIKSRVNRQSVLGAITSAQQRLKLYSRVPPNGLVLYTGTIVTDDGKEKKVTIDFEPFKPINASLYLCDNKFHTEALNELLESDDKFGFIVMDGNGTLFGTLSGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKTAELATQFYINPSTSQPNVSGLILAGSADFKTELSQSDMFDPRLQAKILNVVDVSYGGENGFNQAIELSSEILSNVKFVQEKRLIGKYFDEISQDTGKYVFGVEDTLKALEMGAVEILIVWESLDVSRYTLKNSVTGEIVIKHLSKDGELDQNNFRDQDSKAELEVQDKASLLEWFANEYKNFGCSLEFVTNKSQEGSQFCRGFGGIGGLLRYQLDMRTFDELSDGEDVYEDSE
B8LPP1______________MVEGQETDKNIEIWKIKKLIKALEAARGNGTSMISLIMPPRDQISRVTKMLGDEFGTASNIKSRVNRQSVLGAITSAQQRLKLYSKVPPNGLVLYTGTIVTDDGKEKKVTIDFEPFKPINASLYLCDNKFHTEALNELLESDDKFGFIVMDGNGTLFGTLSGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKTAELATQFYINPATSQPNVSGLILAGSADFKTELSQSDMFDPRLQAKILNVVDVSYGGENGFNQAIELSAEILSNVKFVQEKRLIGKYFDEISQDTGKYVFGVEDTLKALEMGAVEILIVWESLDINRYTLKNSVTGETVLKHLNKDGEVDQNNFRDPSSNAELEVQDKVSLLEWFANEYKNFGCTLEFVTNKSQEGSQFCRGFGGIGGILRYQLDMRTFDELSDGEGVYEDSE

SNPs (tot: 2)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
2251		20	80		0.995493
2276			60	40	1.0

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain