SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene6102

Length: 2799 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene6102
ATGGGGACATCAAATGCCAAGGTCATCTTTAACTTAGTCGAAATAATGGCCGGATACGCATGCCGGAGAGCCGCCTTCATGCTGTCGTGTATCGGAGGGAATAGAAGCAGGAGAGTCGGTAGCTGTCGGTTTTTGGGATTTGTGCTTAATTCAGTTGTTGTCGAGCTTTAGTTTCCGGGTTCAGCTACGCCATTTTTCTCATCATCTTGATTTGTTGGGCTAAGCAAAATCTTTGCTAATTGCCAGCTCCTTTAGCAATAAATCGGCTGATGCGAATCGGCAGCTGAATTGCTTTCTCTTGTTGCATAGCCCCACAGCGAGAATTTTCTATTACAGTTGGGAATGTGTAGAGAGCTTTGTCCGGAGCTTGAATTCCGCAACGCTAGATTCAGATTCGTTTTTTCTTGAAGCAAACCTGAAAATTATTGGGGATCTAGTTCAAACATGGGGCCTTCTATTGACCCAACCATGGTTGATCAGATAGGTCCTCTGCATTCATCTCTGGTGAAGATGGGTCTTGCTGGTACATCGCAATATAACTCAGTAGTTTCAATAACGCTGTTTGTCACTCTCCTCTGTGCTTGCATTGTAATTGGGCATCTTTTGGAGGAGAGCAGATGGATGAATGAGTCCATTACAGCACTAATAATTGGTTTGTGCACTGGACTAATATTATTGCTATTTAGCCAAGGAAAAAACTCGCATGTTTTGATATTCAGCGAGGAGGTGTTTTTCATTTATCTTCTTCCGCCCATAATATTTAACGCCGGGTTTCAGGTGAAGAAAAAACAATTTTTCCGCAACTTCATCACTATTATGCTATTTGGAGCAGTTGGTACTTTCATCTCATTTTCCGTTATTTCTGCTGGTGCAATGCTGCTGTTCAAGAAATTTGATATTGGACCCTTCGAAATAGGCGATTACCTTGCCATTGGAACTATTTTCTCTGCAACAGACTCAGTTTGCACTCTTCAGATTCTGAGTCAGGATGAGACACCTTTGCTTTACAGTCTGGTATTTGGTGAAGGTGTTGTGAATGATGCCACATCTGTTGTCCTTTTCAATGCAATTCGTAACTTTGATCTTACTCATATTGATGGCAGCACTGCTCTACAACTGTTTGGTAACTTTGTTTATCTCTTTCTGACAAGCACTGCATTGGGGATTGGAGCTGGGCTTCTAAGTGCATACATCATCAAAGCTTTGTACTTTGGAAGGCACTCTACTGATCGTGAAGTGGCAATTATGATACTCATGTCGTATCTCTCATACATGCTCGCTGAGCTGTTTTACCTGAGTGGGATCTTGACTGTTTTCTTCTGTGGCATTGTTATGTCTCACTACACTTGGCATAATGTGACTGAAAGCTCAAGGATTACCACCAAGCATGCATTTGCAACAATGTCATTTATCGCTGAAACATTTATCTTCCTTTATGTGGGAATGGATGCTCTGGACATTGAAAAATGGAAAATGGTGAAAAGAAGCCCTGGCACGTCTGTTGGCCTCAGCAGTGTCCTCCTGGGTTTGATCTTAGTTGGAAGGGCAGCTTTTGTGTTCCCACTTTCTTTCTTGTCAAATTGCTTAAAGAAGAGTCCAAATTCTAGAATTGGGTTTCGGCAGCAGTTTGTCATATGGTGGGCTGGTCTTATGAGAGGTGCAGTTTCAATGGCCCTTGCTTACCATAAGTTCACAAGTTCTGGTCTTACAAAGTTGACTGAAAACGCAATCATGATCACAAGCACTATCTCAGTGGTCCTTTTCAGCACAGTGGTATTTGGATTGATTACAAAGCCTTTGATTAGACTATTATTGCCTCAAAGCTTGAAGCCAGGACAGGATAATACATCGGATCCATCAAGTCCAAAGGGCTTTCATATCCCACTTCTAGGTAATGGTGAGGTAGGGGACATTGATGCGCGTAGTGTCCGAAGGCCAAGCAGTTTACGCATGCTGCTGGAAGCTCCATCATTTACGGTGCACCATTACTGGCGAAAGTTTGATGATTCATTCATGCGTCCTGTGTTTGGTGGCCGAGGTTTTGTTCCCTTTGTTCCCAGTTCACCAACCGAAGCTAGAAATGGCGACGCATGGGCACGGTAATTCTAACCGAGTGTTGATGATCTGCCAGTTTCTGGTTGAAACTGTATATCTGAATGAGCTGATGACACACAAGTTACAACAAGCATGAGTTTGCTAACTGTGTGTCCTAAGGGCGCTTGAATGAGAATAATTTCTCTCATGGAAATAAATCTTCTTCTATCCTTATCATCGTCAGAATCCAGATAATGTGGTCACTTGCAGGGTCTTACTCTATTTGTATATTACCTATGTTTGAAACTTTGATCGTTTGGCTGATTGGTGTCTCCACAAACAGTATAAATTTTGTTCTCTTGATTCTTACTTCTATCGGAATAGGATATCAAATTTTATTTGCTCTATTTTTCAGACTGCTGACGGGATTAATACTTATCAATGTCCATATTATATTATTCATGGACGTTTTCTTGTCAACTCCAGGAATAATGAAATTTTGAGTAGGTCCTTGACATTTATGGTGCAATGCCATGATGCTTGGTTATAAAATGCAATATTTAACTGCAACTTTGGTAGCGTTGGATGCCTGCAAAAACGTGAGAATTGGCTCCGCTTCTCATCCTTGTCATTTACTATTTTGCCATGTACTGGGGATGGAGTCAAAGCTTTGCACTTCCAGAATATTCCGGTATATTTGTTCAAATGTCTTGTCCAGGTGATTATTTTGATTGAGTTGATTACTGGCAGAAGTTTTCTAGTCTC

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene6102

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	Sodium/hydrogen exchanger n=1 Tax=Picea sitchensis RepID=C0PSW3_PICSI	-	-	86%
FL-Next	sp=Sodium/hydrogen exchanger; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	91%
Blast2go	na+ h+ antiporter	-	-	85%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	Na+/H+ exchanger	IPR004709	-	85%
Blast2go	Cation/H+ exchanger	IPR006153	-	85%
Blast2go	Cation/H+ exchanger, CPA1 family	IPR018422	-	85%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: C0PSW3

Fln msg:

Fln protein: MGPSIDPTMVDQIGPLHSSLVKMGLAGTSQYNSVVSITLFVTLLCACIVIGHLLEESRWMNESITALIIGLCTGLILLLFSQGKNSHVLIFSEEVFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFITIMLFGAVGTFISFSVISAGAMLLFKKFDIGPFEIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQILSQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSVVLFNAIRNFDLTHIDGSTALQLFGNFVYLFLTSTALGIGAGLLSAYIIKALYFGRHSTDREVAIMILMSYLSYMLAELFYLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHAFATMSFIAETFIFLYVGMDALDIEKWKMVKRSPGTSVGLSSVLLGLILVGRAAFVFPLSFLSNCLKKSPNSRIGFRQQFVIWWAGLMRGAVSMALAYHKFTSSGLTKLTENAIMITSTISVVLFSTVVFGLITKPLIRLLLPQSLKPGQDNTSDPSSPKGFHIPLLGNGEVGDIDARSVRRPSSLRMLLEAPSFTVHHYWRKFDDSFMRPVFGGRGFVPFVPSSPTEARNGDAWAR*

Protein Length: 554

Fln nts: ATGGGGACATCAAATGCCAAGGTCATCTTTAACTTAGTCGAAATAATGGCCGGATACGCATGCCGGAGAGCCGCCTTCATGCTGTCGTGTATCGGAGGGAATAGAAGCAGGAGAGTCGGTAGCTGTCGGTTTTTGGGATTTGTGCTTAATTCAGTTGTTGTCGAGCTTTAGTTTCCGGGTTCAGCTACGCCATTTTTCTCATCATCTTGATTTGTTGGGCTAAGCAAAATCTTTGCTAATTGCCAGCTCCTTTAGCAATAAATCGGCTGATGCGAATCGGCAGCTGAATTGCTTTCTCTTGTTGCATAGCCCCACAGCGAGAATTTTCTATTACAGTTGGGAATGTGTAGAGAGCTTTGTCCGGAGCTTGAATTCCGCAACGCTAGATTCAGATTCGTTTTTTCTTGAAGCAAACCTGAAAATTATTGGGGATCTAGTTCAAAC_-_ATGGGGCCTTCTATTGACCCAACCATGGTTGATCAGATAGGTCCTCTGCATTCATCTCTGGTGAAGATGGGTCTTGCTGGTACATCGCAATATAACTCAGTAGTTTCAATAACGCTGTTTGTCACTCTCCTCTGTGCTTGCATTGTAATTGGGCATCTTTTGGAGGAGAGCAGATGGATGAATGAGTCCATTACAGCACTAATAATTGGTTTGTGCACTGGACTAATATTATTGCTATTTAGCCAAGGAAAAAACTCGCATGTTTTGATATTCAGCGAGGAGGTGTTTTTCATTTATCTTCTTCCGCCCATAATATTTAACGCCGGGTTTCAGGTGAAGAAAAAACAATTTTTCCGCAACTTCATCACTATTATGCTATTTGGAGCAGTTGGTACTTTCATCTCATTTTCCGTTATTTCTGCTGGTGCAATGCTGCTGTTCAAGAAATTTGATATTGGACCCTTCGAAATAGGCGATTACCTTGCCATTGGAACTATTTTCTCTGCAACAGACTCAGTTTGCACTCTTCAGATTCTGAGTCAGGATGAGACACCTTTGCTTTACAGTCTGGTATTTGGTGAAGGTGTTGTGAATGATGCCACATCTGTTGTCCTTTTCAATGCAATTCGTAACTTTGATCTTACTCATATTGATGGCAGCACTGCTCTACAACTGTTTGGTAACTTTGTTTATCTCTTTCTGACAAGCACTGCATTGGGGATTGGAGCTGGGCTTCTAAGTGCATACATCATCAAAGCTTTGTACTTTGGAAGGCACTCTACTGATCGTGAAGTGGCAATTATGATACTCATGTCGTATCTCTCATACATGCTCGCTGAGCTGTTTTACCTGAGTGGGATCTTGACTGTTTTCTTCTGTGGCATTGTTATGTCTCACTACACTTGGCATAATGTGACTGAAAGCTCAAGGATTACCACCAAGCATGCATTTGCAACAATGTCATTTATCGCTGAAACATTTATCTTCCTTTATGTGGGAATGGATGCTCTGGACATTGAAAAATGGAAAATGGTGAAAAGAAGCCCTGGCACGTCTGTTGGCCTCAGCAGTGTCCTCCTGGGTTTGATCTTAGTTGGAAGGGCAGCTTTTGTGTTCCCACTTTCTTTCTTGTCAAATTGCTTAAAGAAGAGTCCAAATTCTAGAATTGGGTTTCGGCAGCAGTTTGTCATATGGTGGGCTGGTCTTATGAGAGGTGCAGTTTCAATGGCCCTTGCTTACCATAAGTTCACAAGTTCTGGTCTTACAAAGTTGACTGAAAACGCAATCATGATCACAAGCACTATCTCAGTGGTCCTTTTCAGCACAGTGGTATTTGGATTGATTACAAAGCCTTTGATTAGACTATTATTGCCTCAAAGCTTGAAGCCAGGACAGGATAATACATCGGATCCATCAAGTCCAAAGGGCTTTCATATCCCACTTCTAGGTAATGGTGAGGTAGGGGACATTGATGCGCGTAGTGTCCGAAGGCCAAGCAGTTTACGCATGCTGCTGGAAGCTCCATCATTTACGGTGCACCATTACTGGCGAAAGTTTGATGATTCATTCATGCGTCCTGTGTTTGGTGGCCGAGGTTTTGTTCCCTTTGTTCCCAGTTCACCAACCGAAGCTAGAAATGGCGACGCATGGGCACGGTAA___TTCTAACCGAGTGTTGATGATCTGCCAGTTTCTGGTTGAAACTGTATATCTGAATGAGCTGATGACACACAAGTTACAACAAGCATGAGTTTGCTAACTGTGTGTCCTAAGGGCGCTTGAATGAGAATAATTTCTCTCATGGAAATAAATCTTCTTCTATCCTTATCATCGTCAGAATCCAGATAATGTGGTCACTTGCAGGGTCTTACTCTATTTGTATATTACCTATGTTTGAAACTTTGATCGTTTGGCTGATTGGTGTCTCCACAAACAGTATAAATTTTGTTCTCTTGATTCTTACTTCTATCGGAATAGGATATCAAATTTTATTTGCTCTATTTTTCAGACTGCTGACGGGATTAATACTTATCAATGTCCATATTATATTATTCATGGACGTTTTCTTGTCAACTCCAGGAATAATGAAATTTTGAGTAGGTCCTTGACATTTATGGTGCAATGCCATGATGCTTGGTTATAAAATGCAATATTTAACTGCAACTTTGGTAGCGTTGGATGCCTGCAAAAACGTGAGAATTGGCTCCGCTTCTCATCCTTGTCATTTACTATTTTGCCATGTACTGGGGATGGAGTCAAAGCTTTGCACTTCCAGAATATTCCGGTATATTTGTTCAAATGTCTTGTCCAGGTGATTATTTTGATTGAGTTGATTACTGGCAGAAGTTTTCTAGTCTC

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene6102___MGPSIDPTMVDQIGPLHSSLVKMGLAGTSQYNSVVSITLFVTLLCACIVIGHLLEESRWMNESXXXXXXXXXXXXXXXXFSQGKNSHVLIFSEEVFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFITIMLFGAVGTFISFSVISAGAMLLFKKFDIGPFEIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQILSQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSVVLFNAIRNFDLTHIDGSTALQLFGNFVYLFLTSTALGIGAGLLSAYIIKALYFGRHSTDREVAIMILMSYLSYMLAELFYLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHAFATMSFIAETFIFLYVGMDALDIEKWKMVKRSPGTXXXXXXXXXXXXXXXRAAFVFPLSFLSNCLKKSPNSRIGFRQQFVIWWAGLMRGAVSMALAYHKFTSSGLTKLTENAIMITSTISVVLFSTVVFGLITKPLIRLLLPQSLKPGQDNTSDPSSPKGFHIPLLGNGEVGDIDARSVRRPSSLRMLLEAPSFTVHHYWRKFDDSFMRPVFGGRGFVPFVPSSPTEARNGDAWAR
C0PSW3______________MGASIDPTMVDQMGPLRSFLVRMGLASTSDHSSVVAITLFVTLLCACIVIGHLLEENRWMSESITALIIGLCTGVIVLLFSQGKSSHIMLFSEELFFIYLLPPIIFNAGFQVKKKQFFRNFITIMLFGAVGTFISFSIVSAGAMLLFKKFDIGPFEIGDYLAIGTIFSATDSVCTLQILSQDETPLLYSLVFGEGVVNDATSIVLFNAVHNFDLTHIDGSTALQLFGNFVYLFLTSTALGIGAGLLSAYIIKALYFGRHSTDREVAIMILMSYLSYMLAELFYLSGILTVFFCGIVMSHYTWHNVTESSRITTKHAFATMSFIAETFIFLYVGMDALDIEKWKMAKRSPGTSVGLSGVLLGLILVGRAAFVFPLSFLSNCLKRTPNSRIGFRQQFVIWWAGLMRGAVSMALAYNQFTRSGLTKLPENAIMITSTISVVLFSTVVFGMITKPLIRLLLPQSSKPGQDNTSDPSSPKGLHIPLLGNGEAVDIDGCHVRRPSSLRMLLQAPSFTVHYYWRKFDDAYMRPMFGGRGFVPFVPSSPAGAGNGDAWAR

SNPs (tot: 43)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
709		12		87	0.992554
724	90			10	0.90298
725		10	90		0.90298
728		11	88		0.923564
729			88	11	0.923564
732			11	77	0.968132
733		11		88	0.923564
735			11	88	0.923564
739		11		88	0.923564
740			44	55	1.0
741		11		88	0.923564
1085		11		88	0.999937
1115	87		12		0.999964
1127		14		85	0.999981
1313		20		80	0.999996
1433		75		25	1.0
1500		12		87	0.992554
2032		12	87		0.992554
2033	11			88	0.923564
2167	83		16		0.994512
2215	89	10			0.999919
2217			89	10	0.999919
2219	10	89			0.999919
2220		10	89		0.999919
2226	89	10			0.999919
2229	89			10	0.999919
2230		10	89		0.999919
2232	88	11			0.999937
2420		8	91		0.999807
2422	91			8	0.999807
2423		8		91	0.999807
2424	91		8		0.999807
2426		90	9		0.999872
2428	90	9			0.999872
2429	90	9			0.999872
2432			10	89	0.999919
2433			10	89	0.999919
2434	89	10			0.999919
2436			9	90	0.999842
2440	9			90	0.999842
2443	90	9			0.999842
2782	20		40		1.0
2783	33		66		1.0

Back

Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain