SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene1907

Length: 4399 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

This UniGene was originaly assembled in antisense
ACE File: antisense
Fasta: sense

UniGene Fasta (sense)

>sp_v1.1_unigene1907
GTCGAGCTCTAAACATCTAACATCATTCATTCTTCAAGACCTAATTATTTGATGGGGTGGATCATGCATGCACTATTTGTAGTTACTAGTTAGCCACGTCATCCAATAAAATGAATTTCTTTAATATATCCTTACCGGGTGGAATGCTTTGTTTGTTTAATATTATAAGTTAATCCTGAAGGCCATTTATTTTGCAAGTCGAAGGCCTAATTGTGTTTATTGTTGGGTAGTACTAAGGAATCCCTTTATCAACATAATGAGATCCTGCTGAGTCATTTTTAATAAATGAAATAAAATGTAACGTGAAAAATCTTATTGTATATTTAGCGTTTACTTTGCAGAAAAAATGGCAATATGCCTGGCACTAATTAAGATGAGATCGTTGGTAGTGTTTATGATCCATAAGTGACTAGGTTAGCTTTGAATCTTTATGTAATATTTGATATTAATAATAGTTTTGCAATTAATAACCTTGTGTACTGGTTGGGTTCCTTTGCTTCTTGTGTATATTTATGATGAAATAGTCATAACATTTTATGATCCATATTTAATGAGGGTAGCCATAAATCCTTGTTGGTGTGTTGTATGTAGTGATAACTTTGCAGGTTATAGATAACAAAGTACTCTTGTTTAATTGCAATTGTTTGTAGTCTGATATGAAGTAGAAACAAGAGGTAGAGGTAAAGTAGCATCATGCACTATACAGGTTAGTGCAAATTGTATCAAGGATTAATAAGGAGTGTTTTTTAATGCAGTCAGCTATTTCATGCTTTGAGACCACAAACGTAGCATAGCTGCTAAACTTATACCTGTGAATTTTTTTCGTGGAGTAACTGTCGTTGCAGATTAGTAAAGGATGACTTCCCTAACATCGTATTAAAATTGAACCTTTTGTGCTAAAAAAAGGGTCTCATTGCCTCTCAAAAAGGTACATGGCCATTGCTTAACTTGAAGGTAGTTTAGATATAGTTATTTCCTTGAAAATATTATTTACTAATTTTTTAAATCTTCATTTCTTAGAACATTTAGCTTATATTATGCATGTGATACATTTGCAGATAGTTATATTAGCTGATACATTTGATGCATATACTACATTTAGATTGGTAGTTTTGCAGGTAGTCTTCTATTTATTTTCAGGGATACAATGGTTGCATCAAGGGGCTGTATAAAGGTAAAATGCTACCTGCATATTTCAATTATTTCCCGAGTGTGAATTGACTTTGCATTTAGCATGCATGTATGTCTGAATCTGATCGACTTTTGCTTTGTTTTAGCATGCATTGCGTGTCCAAGTCTGACATCTGTAAATCATGCTTTTTCATCCGACTGTTTTTATTTGGACTTTATAATTCTAGAATCTCATTCTATTTTGTTGAATCTTACAAGCTAGGGAACTGCTTACCACGACTTTTTCCAGGGTCTCTTATTCTTCAATACCATTGGGGCATGGTATTGTAATTTGTAGGTGTGAAAAGCTAGTTTTATAATCTAATTAAGGTCTTCATGTTAGTTAGATTGCATCCTTAAACTTATATGTTTAGTGCGAGGCATATGCCTTGGATTTATTAACTGTTGTAGCTTGGTTCTTGTGAAAGATGTACTTTCGGGACAGCATTGGGCACAGGGCTTTTGAATGATGCAGTTTTTAATGGTATACGCTTTACATATGCATATGACTCTATGAGTAGGCTTCTCATAACATATAGGTGTGCATGGATGATATTATTGAACTAGTTAGTGGATGGATGATATTTTTAAATTAGTTAGTCTTGTTATAGTATAGTTTCTTCTTTAAATATAAAGCATAAAAGTAGGGTATTGTATATAGCCTTGGAGGGTTCCATTCTTCTGTAATGTTGCTATTCCTATTCAAGTTGTATAATTTTAAGGTATCAAGCAGCAGAAGTTCTCAGGTGGTTTTAAGTGACCTGTTCATTGGTAGATTCCTTCCAAATTTCCAAGAAACGGTGATGTCAATAAATAAATTTATAAGTGGATTAACATTGTAGGGAACTAAAGTGGTTGAACGTTGTGTTTCTGTGATTTGGGTTTCATGAAGATGTTTATATTCAAATGATTAGTATGGAAGCAGATAGAATAAGTTGTTTACTGTGCCGATTTTTTATCATCTTCATACCCCACTGAGAAGTGGTGTACGTTTTAACCTGTCCTCTTTTTGAAATCTAGGCGAGCGTACCTTGTGAACTTGACATTTTGTCCCATGTTGGAAACATAACATGCCAGGGCGGAAGTATCTACTGAAAAGCTGGCTAGAGGCTCCATCCATATCAGCGTTCATGATGTTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCATGATGTTTACCTCATGCAGAATTACTCTATCATGCACTGGTCTTCACTAAAACAGAAAGGGGAAGAAGTTCTTAATGTTGCTGGTCAGATCGTTCCATCTGTGAAACATCCCGGTTCATCACCACAATGTCTGACAAGGGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTTATTTGCAAGTATTTGGACAAACCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAGTATCTCATGATGAGAATGGCATCACTAATGCAGTAGAGATATACAATGATGCAAGTGGTGCAACACGACTAATGACTGCAAATAACGACTTGGCAGTACGAGTATTTGACACTGAAAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTCTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACGTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTTGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGCAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGACCGTGGGAACTCTAAGAGGTCATTTGGATTACTCTTTTGCAGCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACGGGAAATCAGGACACCACCTGCAGGCTTTGGGACGTTAGGAAGCTTTCATCTTCCTTAGCTGTCTTAAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTGCATCTATATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGATTGCTGGAATTTCATTCAGCCACGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGGGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGTCGACGAATGAATTACTATCTTGATTCCATCCTCTGAGTTTGGGAAGTTAATGGGAGTGGTGTTTTCTTGAAGTGAAATGGCGTTATTCTGTTGAACCAATTCTTGTATATTAGATATGTAACATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTGCTCAATCAGAGGCTTCAAAACCCAAATTCCAAGGTCAATCGAAGCCCTTTTGTTTATAAATGGTGTTGTGGTGGATACAGCTTTCTGGTTCACGCTGTAGATTTTTTAATGTATGTAACAATTTCAGCGGATATAATGTCTTCCAACTTGTAAACTGGTGCTGTGAAGATTAAAAGTCCTTTGTGCATCTTACAAGCCATTAAAAGAACTTAAATTAAAGGCTATGAGCTTGGAAGTGGTGGAAGAGAAGTCACGATTAGCTACAATGCGTGTATGACAGGTTTAATGAAGAAGATTGAATAAGGAGAGATAGAGGGAAGTACATTTTCACTATTTGAAGCAAGAATTGATGATCGATAGGTCTTCTGCGAAGTTACTGTCTTTTCTTCTCCCCAAGCGTAGTACCCAAAGAGTGCTTTGGGTTGGAACAGTGCTGAGAGATAGAAGGATGTTCTATGGAATGGTCGACTTATGTCGAAACAAATTTCAATAGGATTTTCCTTTTGAAGATTCTGGGAAATGCAAGTTTACTCGAGGGTATAACATGGTTGCTACCCACAATAATGATTTTGTAGTGAAGGAAATGCTTCTTTTCTGAGATTACGAGTAACGATCGTGTCAAGGTATGAAACCACTGAATCTACTAGGCCTGTAAACTCGATGGTATACAAGTTTTCCAGTGTGTTTGCAGCCTTCCCTTGTAATTTTTTGGCTTGCTTGAACCAGATATTTGAAATAAATGTATATTGGAGGGGCACTCGCTATCTGTCAATGAGATTATGAAGCTTTCTATACACATTTGGCTGTTTCTATGAAACCAGATGGATCGATATTTGTTGAAATACAAATGGTTCTGCGTTTGCCAGCTGAATGAACAAGTAGCAATAGTGGGTGGGTATGTCACTGAAGATCACGGCCATGTTCTTGGTCTTTTGGTTGAGGATATATTTGCATGACCCGGAGATTATAAAGTTTGAGTTCTTGTTGTAATGAGAAAATATTAACTTTCTGGAACATACAAATTTGACAACT

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene1907 (antisense)

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	e value	Identity
AutoFact	WD-repeat protein, putative	-	-	0.0	71%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	0.0	92%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Blast2go	WD40 repeat	IPR001680	-	-
Blast2go	WD40 repeat-like-containing domain	IPR011046	-	-
Blast2go	WD40/YVTN repeat-like-containing domain	IPR015943	-	-
Blast2go	WD40-repeat-containing domain	IPR017986	-	-
Blast2go	Domain of unknown function DUF2415	IPR019417	-	-
Blast2go	WD40 repeat, conserved site	IPR019775	-	-
Blast2go	WD40 repeat, subgroup	IPR019781	-	-
Blast2go	WD40 repeat 2	IPR019782	-	-

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Putative Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: B8LR37

Fln msg: Unexpected STOP codon in 5 prime region, your sequence is shorter than subject: 337 - 446

Fln protein: MPGRKYLLKSWLEAPSISAFMMLRNLVWATSKHDVYLMQNYSIMHWSSLKQKGEEVLNVAGQIVPSVKHPGSSPQCLTRVQVSAMSVKDNLVVAGGFQGELICKYLDKPGVSFCTKVSHDENGITNAVEIYNDASGATRLMTANNDLAVRVFDTEKFTVLERFSFPWSVNHTSVSPDGKLVAVLGDNADCLLADCKTGKTVGTLRGHLDYSFAAAWHPDGYILATGNQDTTCRLWDVRKLSSSLAVLKGRMGAIRSIRFSSDGRFMAMAEPADFVHLYDTRQNYTKSQEIDLFGEIAGISFSHDTEAFFVGVADRTYGSLLEFNRRRMNYYLDSIL*

Protein Length: 338

Fln nts: GTCGAGCTCTAAACATCTAACATCATTCATTCTTCAAGACCTAATTATTTGATGGGGTGGATCATGCATGCACTATTTGTAGTTACTAGTTAGCCACGTCATCCAATAAAATGAATTTCTTTAATATATCCTTACCGGGTGGAATGCTTTGTTTGTTTAATATTATAAGTTAATCCTGAAGGCCATTTATTTTGCAAGTCGAAGGCCTAATTGTGTTTATTGTTGGGTAGTACTAAGGAATCCCTTTATCAACATAATGAGATCCTGCTGAGTCATTTTTAATAAATGAAATAAAATGTAACGTGAAAAATCTTATTGTATATTTAGCGTTTACTTTGCAGAAAAAATGGCAATATGCCTGGCACTAATTAAGATGAGATCGTTGGTAGTGTTTATGATCCATAAGTGACTAGGTTAGCTTTGAATCTTTATGTAATATTTGATATTAATAATAGTTTTGCAATTAATAACCTTGTGTACTGGTTGGGTTCCTTTGCTTCTTGTGTATATTTATGATGAAATAGTCATAACATTTTATGATCCATATTTAATGAGGGTAGCCATAAATCCTTGTTGGTGTGTTGTATGTAGTGATAACTTTGCAGGTTATAGATAACAAAGTACTCTTGTTTAATTGCAATTGTTTGTAGTCTGATATGAAGTAGAAACAAGAGGTAGAGGTAAAGTAGCATCATGCACTATACAGGTTAGTGCAAATTGTATCAAGGATTAATAAGGAGTGTTTTTTAATGCAGTCAGCTATTTCATGCTTTGAGACCACAAACGTAGCATAGCTGCTAAACTTATACCTGTGAATTTTTTTCGTGGAGTAACTGTCGTTGCAGATTAGTAAAGGATGACTTCCCTAACATCGTATTAAAATTGAACCTTTTGTGCTAAAAAAAGGGTCTCATTGCCTCTCAAAAAGGTACATGGCCATTGCTTAACTTGAAGGTAGTTTAGATATAGTTATTTCCTTGAAAATATTATTTACTAATTTTTTAAATCTTCATTTCTTAGAACATTTAGCTTATATTATGCATGTGATACATTTGCAGATAGTTATATTAGCTGATACATTTGATGCATATACTACATTTAGATTGGTAGTTTTGCAGGTAGTCTTCTATTTATTTTCAGGGATACAATGGTTGCATCAAGGGGCTGTATAAAGGTAAAATGCTACCTGCATATTTCAATTATTTCCCGAGTGTGAATTGACTTTGCATTTAGCATGCATGTATGTCTGAATCTGATCGACTTTTGCTTTGTTTTAGCATGCATTGCGTGTCCAAGTCTGACATCTGTAAATCATGCTTTTTCATCCGACTGTTTTTATTTGGACTTTATAATTCTAGAATCTCATTCTATTTTGTTGAATCTTACAAGCTAGGGAACTGCTTACCACGACTTTTTCCAGGGTCTCTTATTCTTCAATACCATTGGGGCATGGTATTGTAATTTGTAGGTGTGAAAAGCTAGTTTTATAATCTAATTAAGGTCTTCATGTTAGTTAGATTGCATCCTTAAACTTATATGTTTAGTGCGAGGCATATGCCTTGGATTTATTAACTGTTGTAGCTTGGTTCTTGTGAAAGATGTACTTTCGGGACAGCATTGGGCACAGGGCTTTTGAATGATGCAGTTTTTAATGGTATACGCTTTACATATGCATATGACTCTATGAGTAGGCTTCTCATAACATATAGGTGTGCATGGATGATATTATTGAACTAGTTAGTGGATGGATGATATTTTTAAATTAGTTAGTCTTGTTATAGTATAGTTTCTTCTTTAAATATAAAGCATAAAAGTAGGGTATTGTATATAGCCTTGGAGGGTTCCATTCTTCTGTAATGTTGCTATTCCTATTCAAGTTGTATAATTTTAAGGTATCAAGCAGCAGAAGTTCTCAGGTGGTTTTAAGTGACCTGTTCATTGGTAGATTCCTTCCAAATTTCCAAGAAACGGTGATGTCAATAAATAAATTTATAAGTGGATTAACATTGTAGGGAACTAAAGTGGTTGAACGTTGTGTTTCTGTGATTTGGGTTTCATGAAGATGTTTATATTCAAATGATTAGTATGGAAGCAGATAGAATAAGTTGTTTACTGTGCCGATTTTTTATCATCTTCATACCCCACTGAGAAGTGGTGTACGTTTTAACCTGTCCTCTTTTTGAAATCTAGGCGAGCGTACCTTGTGAACTTGACATTTTGTCCCATGTTGGAAACATAAC_-_ATGCCAGGGCGGAAGTATCTACTGAAAAGCTGGCTAGAGGCTCCATCCATATCAGCGTTCATGATGTTGAGGAATTTAGTGTGGGCAACATCAAAGCATGATGTTTACCTCATGCAGAATTACTCTATCATGCACTGGTCTTCACTAAAACAGAAAGGGGAAGAAGTTCTTAATGTTGCTGGTCAGATCGTTCCATCTGTGAAACATCCCGGTTCATCACCACAATGTCTGACAAGGGTCCAGGTCAGTGCAATGTCTGTGAAGGACAATTTAGTTGTTGCTGGTGGTTTTCAGGGAGAACTTATTTGCAAGTATTTGGACAAACCGGGAGTGAGCTTCTGTACAAAAGTATCTCATGATGAGAATGGCATCACTAATGCAGTAGAGATATACAATGATGCAAGTGGTGCAACACGACTAATGACTGCAAATAACGACTTGGCAGTACGAGTATTTGACACTGAAAAATTTACAGTGCTTGAACGCTTCTCTTTTCCTTGGTCTGTAAATCATACGTCTGTCAGTCCAGACGGTAAACTTGTTGCAGTTCTTGGAGATAATGCAGATTGTTTGCTTGCAGACTGCAAGACTGGAAAGACCGTGGGAACTCTAAGAGGTCATTTGGATTACTCTTTTGCAGCTGCCTGGCATCCAGATGGTTATATTTTGGCTACGGGAAATCAGGACACCACCTGCAGGCTTTGGGACGTTAGGAAGCTTTCATCTTCCTTAGCTGTCTTAAAGGGTCGAATGGGTGCTATAAGATCGATACGGTTTTCATCAGATGGCCGCTTTATGGCCATGGCAGAGCCAGCCGATTTTGTGCATCTATATGATACTAGGCAGAATTATACTAAGAGCCAGGAAATTGATCTTTTTGGGGAGATTGCTGGAATTTCATTCAGCCACGACACTGAAGCATTTTTTGTTGGGGTGGCTGATCGAACGTATGGAAGTCTTCTTGAGTTCAACCGTCGACGAATGAATTACTATCTTGATTCCATCCTCTGAGTTTGGGAAGTTAATGGGAGTGGTGTTTTCTTGAAGTGAAATGGCGTTATTCTGTTGAACCAATTCTTGTATATTAGATATGTAACATGTATGAATGTCCATAGAGCAGAGCTTTGCTCAATCAGAGGCTTCAAAACCCAAATTCCAAGGTCAATCGAAGCCCTTTTGTTTATAAATGGTGTTGTGGTGGATACAGCTTTCTGGTTCACGCTGTAGATTTTTTAATGTATGTAACAATTTCAGCGGATATAATGTCTTCCAACTTGTAAACTGGTGCTGTGAAGATTAAAAGTCCTTTGTGCATCTTACAAGCCATTAAAAGAACTTAAATTAAAGGCTATGAGCTTGGAAGTGGTGGAAGAGAAGTCACGATTAGCTACAATGCGTGTATGACAGGTTTAATGAAGAAGATTGAATAAGGAGAGATAGAGGGAAGTACATTTTCACTATTTGAAGCAAGAATTGATGATCGATAGGTCTTCTGCGAAGTTACTGTCTTTTCTTCTCCCCAAGCGTAGTACCCAAAGAGTGCTTTGGGTTGGAACAGTGCTGAGAGATAGAAGGATGTTCTATGGAATGGTCGACTTATGTCGAAACAAATTTCAATAGGATTTTCCTTTTGAAGATTCTGGGAAATGCAAGTTTACTCGAGGGTATAACATGGTTGCTACCCACAATAATGATTTTGTAGTGAAGGAAATGCTTCTTTTCTGAGATTACGAGTAACGATCGTGTCAAGGTATGAAACCACTGAATCTACTAGGCCTGTAAACTCGATGGTATACAAGTTTTCCAGTGTGTTTGCAGCCTTCCCTTGTAATTTTTTGGCTTGCTTGAACCAGATATTTGAAATAAATGTATATTGGAGGGGCACTCGCTATCTGTCAATGAGATTATGAAGCTTTCTATACACATTTGGCTGTTTCTATGAAACCAGATGGATCGATATTTGTTGAAATACAAATGGTTCTGCGTTTGCCAGCTGAATGAACAAGTAGCAATAGTGGGTGGGTATGTCACTGAAGATCACGGCCATGTTCTTGGTCTTTTGGTTGAGGATATATTTGCATGACCCGGAGATTATAAAGTTTGAGTTCTTGTTGTAATGAGAAAATATTAACTTTCTGGAACATACAAATTTGACAACT

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene1907___LRNLVWATSKHDVYLMQNYSIMHWSSLKQKGEEVLNVAGQIVPSVKHPGSSPQCLTRVQVSAMSVKDNLVVAGGFQGELICKYLDKPGVSFCTKVSHDENGITNAVEIYNDASGATRLMTANNDLAVRVFDTEKFTVLERFSFPWSVNHTSVSPDGKLVAVLGDNADCLLADCKTGKTVGTLRGHLDYSFAAAWHPDGYILATGNQDTTCRLWDVRKLSSSLAVLKGRMGAIRSIRFSSDGRFMAMAEPADFVHLYDTRQNYTKSQEIDLFGEIAGISFSHDTEAFFVGVADRTYGSLLEFNRRRMNYYLDSIL
B8LR37______________LRNLVWATSNHDVYLVQNYSIMHWSPLKQKGVEVLNVAGHIVPSEKHPGSSSQGLKRVQVSAMSVKDNLVVAGGFQGELVCKYLDKPGVSFCTKISHDENAITNAVEIYNDASGATRLMTSNNDFVVRVFDTEKFTVLERFCFPWSVNHTSVSPDSKLVAVLGDNADCLLADCKTGKTVGTLRGHLDYSFASAWHPDGYILATGNQDTTCRLWDIRKLSSSLAVLKGRMGAIRSIRFSSDGRFMAMAEPADFVHLYDTKQDYTKSQEIDLFGEIAGISFSPDTEAFFVGVADRTYGSLLEFNRRRMNYYLDSIL

SNPs (tot: 3)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
3601	80		20		0.995493
3602			80	20	0.995493
3848	20	80			0.995493

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain