SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene1121

Length: 3186 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene1121
GCTTGATTTTTTATGTTTACCTGTTGGATTTAGCCCTATATATAGAGAGAGATAGGGATGTATCTGTTGTATCCTAAAGATGTTTCTGATGAATAAAAGTAAAATTGTTTCGACCAAATTAAAGATGGCCAGGGGAGAACTTGTTATGTAGCATGTTATTAACTTGATGTTATACATCCGTAACTGATTTATTATCTGATAATTCATACTGTGAATATAAGCAGCCTCTTGAGATTGGACAACTGTAGAAGCAATCAAATGAGCTAGTATTTGGAGATATGTTCTTATAGCATGCCCTTGATAGGTTATGTGCCTTTTATTACTTGTTATTCTGCAACCAACTTGGCCAACATGCAGGATAATCATCTTATGGTGTTTGCAATGCAATGGCCATGTTATTCATTCATTCCTATCATCTACAGCTAAAAGCTAAAAGTAGGCGCAGGTGTCTTGTGCCTCGTGGAAAAATGGTATGCTCCGAAATGCATTGTCAGCATTGCAACATGAGAAGGTGCATAATTTCATATTTTTAAAGTTTATTGAAGTTTTTGGCATATTCGATGGAAGAAAGTTCTGCACCTTGTGGAAATATCTTATGCTCTTGAAGATGCCTCAACAGCATTATAGTAGAAAGGGGGTGTAATTTCATATATTAATTGTAAAAGGTTATTCAAGTATGTGGCATATTCTAGGGAAGTGAATGGATATTTGTTAGTTGATTTACAATACACGGTTGCTAATCAGATAGGAGTGGATATTGGGTTCTATATTATGCAATGTCAAAAATCTATTGGTTTCTTACATCAGATCATTTTGATGAGTAAATTACTACCAACCAAGTCATTATGCTGAAGCTCAAGGCTATGCTATTTTGGATTGTTTACATATGCTATTATCACACTTGAAACGGTTTTGGAGACATCAGAAGTTTATTTGGTAGGCTCTGATCTTGAGAAATTGTTAGGACCAACCAAGTCATTATGTTGGAGCATAGGGTTATGCTATATGGATTGGTTTATCTGTTATTATCATACTTGAAACATGTTAGGGACTTCACAAATTTATTTGTTAGGTTGTACTCTTGGAAAATTGTTTTCGTGTGGTAAATGCCTGTCCAGTTCTTGAAATTCCCTTCTTGGAATTTTGCTATTCTGTATTGTTTTCCTGTTTCTGAGAGATCATCCTCAAAACAAATCAAATCATTTTTGAGGAAGGATGGGGCTTGGTTGATATGCTGGTAAGCCGAACTCTCACAGTTTCGCCAATGAGGTGAGTGTAGCCACAGCTTTAATCTTTTGGTTTATCGTGAACTGAATGAACTAAGCATTATATGCAACTTGAACTTGTTTCTGAATGCAGTAGTATTGTTCTGTCTTTTAAGTACATGATAGGGTTGCCTCTAGATTTTAATATCTTCTATGTTGAGCGAATGCTTTGTTAATAACATATATAAAAAGCTGATGACATGATGTTTGCCATAATCCTAAAGTTTCTTACATAAGTGGTTTGAACATTCACTGAAAGTTTGTCTAATTAGCATGTCTTTATCTCTCTGACTGTTGATCTATTTCCTTTTGCAGACTCGTTTAAGAGGTCCACCCATGTCTGGTGGTTATGGCCAGCAGGGTTATCGAGCGCCTCGACCTCCACCACAGTGGGGCCCTCCTGGTCCACCTCCAATGCAGCAAGCAGGTTATGGGTATCAGCAACCTGGACCTTACCCAGGTCCACCTCAGCACTATATGTCACAGCCATATGGTGGATATCCCCAGCAAGCCTCAGGTGGCTATGCTACTGGGTGGGATCAAAGGCCACCTGCACCGGCACAGCAACCTCAGCAAAGTGGAGGTTATGATTACTATGGACAGCAGGGCCAGGCAGGTGCAGCTCCGAACAGTGGAAACTATGGTTATGGGCAGCCACAGGCTGGAGGATATGGACAGGTAGGATCATATGGACAGCAGGGTTACTCTCAACAAGGTTATGGACAGGAAGGATATGGGCAACCAGTAAATCCACAGCAAGGATATGAACAGCCAGGTTACAGTAACCCGGCTTATGGTGCCCCAGGAGCTCCACAGTCTGGACCTCCACAAGCAGGTACTCCTCAACAGGATGCTTCACAGGGCTATGGACCACCACAGGTTTCTTCACAGCAAGGATCCACACAAGCACAAGCGCCTCCAGCCCCTTCTCAGCAGGTGTATAGCCAGCAGTCACCTGCTGCATCTGGCTATCCTCAACAGGCAACCCCACAGCCTGGCTTTGGGCAGCAGGCAACATCTCATCCCAGTTATGGGCAGCAGGCAACTTCTCAACCTGGTTATGGGCAGCAGCCAACATCTCAACCCGCTTATGGGCAGCAGCCATTGGCTCAACCAGGATATGGGCAACAAACATCCTCCCAACCTGGATATGGACAACAAGCATCATCCCAGCCTGGATATGCTCAACAGGGCTCAGCCCAGGCAGGTTATGGACAGCCGGGTTCAACCACACAGGAATATGTTCACCCAGGTTCAACTCAACCAGGCTATGGTCAGCAGGATTCAACACAGTCAAGCTATCCACAACAAGGCCTATCACAGACTGGTGGATATCCTCAGCAGCAGTCCTCTACTCAACCTGGTTACATTCAACATGCATCGCATCAGCAGGCCTATGGGGGATCTGCACAGCAGGGATATGGTCAGCCGCCGTACAATGATGCCTATAGCTATAGTCAACCACATGATCAATCGGCCAGTCATGGATATACACAAGCACAACATTACACAACTGAAAGCGAGGCTCCCACTAATTCAAGTGCACAGAGTGGTGGTCAGGTGGGAACTACTAAAACGACATCCCAGGGTTGAAGCTTCTATTTGAAAGGGCTCTGTATTCTATGTGTGTGAGGTGATTGGCGCGGACAGTGACATGCAAGAAGAATATCAAGCATGTGCTTTCTTGACCTTAATGACTTTAAAAAAAATATTTTGTAGGATTAGAAATATAATTTTTATGAGGAAAAGCCACTGCGATATCTTATTTGAGATAATAGCTTAATACTTGTTACATTAATTTGCATGGGAAATGTTTGGGACGGTAATGATGTGTACTGTTTTGATTCATCTTTCTCTTTTTGGGGCGGGTGGTGAAGGAAAGGTGCCTGTTATGCTAATATTCTGTGATATGATTGTGAAG

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene1121

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	e value	Identity
AutoFact	Glutenin_hmw multi-domain protein	-	-	3.0e-33	30%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	0.0	82%
Blast2go	rdd domain containing protein	-	-	0.0	73%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5ACQ9

Fln msg: your sequence is longer than subject: 281 - 161

Fln protein: MNSQVTVTRLMVPQELHSLDLHKQVLLNRMLHRAMDHHRFLHSKDPHKHKRLQPLLSRCIASSHLLHLAILNRQPHSLALGSRQHLIPVMGSRQLLNLVMGSSQHLNPLMGSSHWLNQDMGNKHPPNLDMDNKHHPSLDMLNRAQPRQVMDSRVQPHRNMFTQVQLNQAMVSRIQHSQAIHNKAYHRLVDILSSSPLLNLVTFNMHRISRPMGDLHSRDMVSRRTMMPIAIVNHMINRPVMDIHKHNITQLKARLPLIQVHRVVVRWELLKRHPRVEASI*

Protein Length: 282

Fln nts: GCTTGATTTTTTATGTTTACCTGTTGGATTTAGCCCTATATATAGAGAGAGATAGGGATGTATCTGTTGTATCCTAAAGATGTTTCTGATGAATAAAAGTAAAATTGTTTCGACCAAATTAAAGATGGCCAGGGGAGAACTTGTTATGTAGCATGTTATTAACTTGATGTTATACATCCGTAACTGATTTATTATCTGATAATTCATACTGTGAATATAAGCAGCCTCTTGAGATTGGACAACTGTAGAAGCAATCAAATGAGCTAGTATTTGGAGATATGTTCTTATAGCATGCCCTTGATAGGTTATGTGCCTTTTATTACTTGTTATTCTGCAACCAACTTGGCCAACATGCAGGATAATCATCTTATGGTGTTTGCAATGCAATGGCCATGTTATTCATTCATTCCTATCATCTACAGCTAAAAGCTAAAAGTAGGCGCAGGTGTCTTGTGCCTCGTGGAAAAATGGTATGCTCCGAAATGCATTGTCAGCATTGCAACATGAGAAGGTGCATAATTTCATATTTTTAAAGTTTATTGAAGTTTTTGGCATATTCGATGGAAGAAAGTTCTGCACCTTGTGGAAATATCTTATGCTCTTGAAGATGCCTCAACAGCATTATAGTAGAAAGGGGGTGTAATTTCATATATTAATTGTAAAAGGTTATTCAAGTATGTGGCATATTCTAGGGAAGTGAATGGATATTTGTTAGTTGATTTACAATACACGGTTGCTAATCAGATAGGAGTGGATATTGGGTTCTATATTATGCAATGTCAAAAATCTATTGGTTTCTTACATCAGATCATTTTGATGAGTAAATTACTACCAACCAAGTCATTATGCTGAAGCTCAAGGCTATGCTATTTTGGATTGTTTACATATGCTATTATCACACTTGAAACGGTTTTGGAGACATCAGAAGTTTATTTGGTAGGCTCTGATCTTGAGAAATTGTTAGGACCAACCAAGTCATTATGTTGGAGCATAGGGTTATGCTATATGGATTGGTTTATCTGTTATTATCATACTTGAAACATGTTAGGGACTTCACAAATTTATTTGTTAGGTTGTACTCTTGGAAAATTGTTTTCGTGTGGTAAATGCCTGTCCAGTTCTTGAAATTCCCTTCTTGGAATTTTGCTATTCTGTATTGTTTTCCTGTTTCTGAGAGATCATCCTCAAAACAAATCAAATCATTTTTGAGGAAGGATGGGGCTTGGTTGATATGCTGGTAAGCCGAACTCTCACAGTTTCGCCAATGAGGTGAGTGTAGCCACAGCTTTAATCTTTTGGTTTATCGTGAACTGAATGAACTAAGCATTATATGCAACTTGAACTTGTTTCTGAATGCAGTAGTATTGTTCTGTCTTTTAAGTACATGATAGGGTTGCCTCTAGATTTTAATATCTTCTATGTTGAGCGAATGCTTTGTTAATAACATATATAAAAAGCTGATGACATGATGTTTGCCATAATCCTAAAGTTTCTTACATAAGTGGTTTGAACATTCACTGAAAGTTTGTCTAATTAGCATGTCTTTATCTCTCTGACTGTTGATCTATTTCCTTTTGCAGACTCGTTTAAGAGGTCCACCCATGTCTGGTGGTTATGGCCAGCAGGGTTATCGAGCGCCTCGACCTCCACCACAGTGGGGCCCTCCTGGTCCACCTCCAATGCAGCAAGCAGGTTATGGGTATCAGCAACCTGGACCTTACCCAGGTCCACCTCAGCACTATATGTCACAGCCATATGGTGGATATCCCCAGCAAGCCTCAGGTGGCTATGCTACTGGGTGGGATCAAAGGCCACCTGCACCGGCACAGCAACCTCAGCAAAGTGGAGGTTATGATTACTATGGACAGCAGGGCCAGGCAGGTGCAGCTCCGAACAGTGGAAACTATGGTTATGGGCAGCCACAGGCTGGAGGATATGGACAGGTAGGATCATATGGACAGCAGGGTTACTCTCAACAAGGTTATGGACAGGAAGGATATGGGCAACCAGTAAATCCACAGCAAGGAT_-_ATGAACAGCCAGGTTACAGTAACCCGGCTTATGGTGCCCCAGGAGCTCCACAGTCTGGACCTCCACAAGCAGGTACTCCTCAACAGGATGCTTCACAGGGCTATGGACCACCACAGGTTTCTTCACAGCAAGGATCCACACAAGCACAAGCGCCTCCAGCCCCTTCTCAGCAGGTGTATAGCCAGCAGTCACCTGCTGCATCTGGCTATCCTCAACAGGCAACCCCACAGCCTGGCTTTGGGCAGCAGGCAACATCTCATCCCAGTTATGGGCAGCAGGCAACTTCTCAACCTGGTTATGGGCAGCAGCCAACATCTCAACCCGCTTATGGGCAGCAGCCATTGGCTCAACCAGGATATGGGCAACAAACATCCTCCCAACCTGGATATGGACAACAAGCATCATCCCAGCCTGGATATGCTCAACAGGGCTCAGCCCAGGCAGGTTATGGACAGCCGGGTTCAACCACACAGGAATATGTTCACCCAGGTTCAACTCAACCAGGCTATGGTCAGCAGGATTCAACACAGTCAAGCTATCCACAACAAGGCCTATCACAGACTGGTGGATATCCTCAGCAGCAGTCCTCTACTCAACCTGGTTACATTCAACATGCATCGCATCAGCAGGCCTATGGGGGATCTGCACAGCAGGGATATGGTCAGCCGCCGTACAATGATGCCTATAGCTATAGTCAACCACATGATCAATCGGCCAGTCATGGATATACACAAGCACAACATTACACAACTGAAAGCGAGGCTCCCACTAATTCAAGTGCACAGAGTGGTGGTCAGGTGGGAACTACTAAAACGACATCCCAGGGTTGAAGCTTCTATTTGA___AAGGGCTCTGTATTCTATGTGTGTGAGGTGATTGGCGCGGACAGTGACATGCAAGAAGAATATCAAGCATGTGCTTTCTTGACCTTAATGACTTTAAAAAAAATATTTTGTAGGATTAGAAATATAATTTTTATGAGGAAAAGCCACTGCGATATCTTATTTGAGATAATAGCTTAATACTTGTTACATTAATTTGCATGGGAAATGTTTGGGACGGTAATGATGTGTACTGTTTTGATTCATCTTTCTCTTTTTGGGGCGGGTGGTGAAGGAAAGGTGCCTGTTATGCTAATATTCTGTGATATGATTGTGAAG

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene1121___MGNKHPPNLDMDNKHHPSLDMLNRAQPRQVMDSRVQPHRNMFTQVQLNQAMVSRIQHSQAIHNKAYHRLVDILSSSPLLNLVTFNMHRISRPMGDLHSRDMVSRRTMMPIAIVNHMINRPVMDIHKHNITQLKARLPLIQVHRVVVRWELLKRHPRVEASI
D5ACQ9______________MGNKHPPNLAMDNKHLPSLDMLNRAQLRQGMDSRVPPHRNMFIQVQLSQAMVSRIQHSQAIHSRACHRLVDILRSRPLLNLVTCNMDLPSRPMGDLDSRLMVSSPTVMPIAIANHMISLPVMDIHKHNITRLKMRLLQIQVHRVVVRWELLKRHPRVEASI

SNPs (tot: 15)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
1382	87		12		0.992554
1384	12			87	0.992554
1385	87			12	0.992554
1386		87		12	0.992554
1391	12			87	0.992554
1393	12		87		0.992554
1394			87	12	0.992554
1395		12	87		0.992554
1396	12			87	0.992554
1400	12	87			0.992554
1449		33		66	1.0
1597	33			66	1.0
1642		12		87	0.992554
2808			95	5	0.997749
3023		80		20	0.999996

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain