SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v1.1

UniGene Name: sp_v1.1_unigene509

Length: 4696 nt

Origin of reads: Biogeco_1 Biogeco_2 Uagpf Uma

UniGene Fasta

>sp_v1.1_unigene509
CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAACGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTTATTTTACTCTGAGTTCCCTCACTTTTGGTTTCCCCTCCTCGATTCAGCAGGAGCAGCTCACGAAGTTGGCGGTCGGATCGCGGCTGGAGCACGGGCTCAAAACCTCCGCCGGTTTTGGAGAGGTATTTATCCTACATTTTGCACAATTCCCCAATTTTATCGCCTATTCTGGCTCACTGAGGTTTACTGTAAAAAGGTTGTGAATGGTGCTTGTATCTATATGTACGATATCCATTCCCGGCAGACTTATCATACATTATTTCTTGGAAACCCTGAGGATTTCTTTGTCGGGGCATTTATGGCCGTGTAACGGTTGAGAGGAGGTTCAAGGGCTTGTACTGCTTACAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGACGGGGTGGGGTATGAACGCTCTTGGAAACCCTGAGAATTTCTTTGTCGGGGCATTTATAGCCGTGTAACGGTTGAGAAGAGGTTCGAGGGCTTGTAATGCTTGCAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGATGGGGTGGGGTATGAACGCGTGTATGGTTGCAGAGGAGGTTAGGGTTCGGAGCGATGATCCCGCGCAAATGTCGCGTTTCATGTTCAGATCAGCCAGAGAGCTTGAATGCAGGCAGTGGAACCCTAATATCGATTCCGGGGTTTTGAATTATTCAAAGTTATACGAAAATGATGGTTTTGCTGCCGGGCCAGTTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCGGTTTTGCGGAATTTGATGGGCGGCTTGTCGGGCCCAGTCAGGAACGGCAGAGCTCGGATGGTGCATCGAATTGTGTTGAGGCAGCCACTCGTTTGTCCCACAGCGCTTCTGATTTTGATTTTGCGACCCGTGATGGCTTTAACATTGAAAGTAGTGTCGAAGGGAGTAGCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGAGAATGAATTTCGAAGTATGCCTTCTGGGGCTAGCAGTTCTGGGAGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGATGGTTTGCTTCAAGGGATATCGACAATGGACTATTGGCATACTCCATTGCAGTTTCAGTTTTTGTCTCACACTAGATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGGAACTGGATACTCCGCCTGTACATTCGCGAATGGGGGATGCATATGAGTGCGCAGAACCTTTAACGGAGGCTGAAATAGGTAGTTTTGCTTATAACACACAGATCCGGCTTGAAGAATCATCATCCACTTCATCTAGGATGGCAATGCCACATGTCAATGTTCCCGATATGATACAACACAAGCGAGCTAAGGTGCACTGGTCAGGTCATGTTGCTGCAACTGCTCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCCACTTTCATGTCAAAAATTTTCAAACAGAGGAAACAGTCAAATGACACCTTCAAATTCATCAGCTGGTGACAATAATGGTGGAGAAACTAATGACTCTAGCAGTGGGGATGATGATGATGATGAAGATGGAGATGAAGGTAACTTGGAAAACAAGGAAGATCATGAAGTTAAAATGGACCTCACAGATGATTTACTGCATATGGTATTTACCTTCCTAGACCATTCAGATTTGTGTCGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCTAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATTACCCGGCAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCTGTGGAGTTAAATGTTCGTGGTACTCCCCGTGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAGTGCACTCTCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCCGAGGGCCTTTAAGTGAAAGTTTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTAAGCATTGCTGAAGCATCTCTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCAAACATGATTCGTTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATCTCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTTTGTCCCTTAGACGCTCATGCATGGCTTCTGCCACTTTGCAATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCAGATGCAGGCGTTCGTGTTGTGGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGGACATGTCTAATTGCTCTTATGTTAGTGACGAAACACTTCGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTCTGCCCAAATATCTCTCTGGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACGGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCACACTGTTTTATGCTTGAGGCACTACAGCTTGATTGTTGCTGGCTACTGACATCGGTTAATTTGGAGCTGCCCCGCCTCCAAAATATAAGTCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGTCCAGTTCTGTCTTCAATTAATGTCTCAAACTGTGCTATACTTAACAGGATTGATATTACTTCAAGTGCACTACAGAAGTTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACAATGGCTCTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACTCTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTCACATCTGTTGAACTTTATCAGTACATCTTTGCGCACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAATCTTCAATTAGCATGTCCAAATCTTCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGATCATCTTGAGGGAGCATCTTTTTGCCCTGTTGGACTTCAATCACTTAATCTCGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCACCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCAACAATAAATTGCCCTCGGCTGTTGTCCCTGGATGCATCTTTTTGCAGCCAACTTCAGGATGATTGCTTGGTAGCTACAACAGCTTCCTGCCCCATGATTCAGTCATTAATTTTGATGTCTTGCCCGTCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTGGATTTATCGTACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTACGCGATTAAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGATACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGAAGTCTCAGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCACGTGAGTTTAAATGGCTGTACGAATATGCATGATCTTGATTGGGGGTTGGAGACTGCTGAGCTTTACAACCATATGGGCATGGGCAATGCTGTTACTGTGCAAATGGAACACACAGAAATACATGGCAAAAAAGAATTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAATCCCAGACCGTTTACTTCAGAACCTCAACTGTGTGGGCTGCCCTAATATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGATTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCGCTCAACCTTTCTCTGTCATCCAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCGTTGAATTTGAGTAATTGCTCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAGGAAGTTGAATCTGCCATTCAGTCTTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTTTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTGCTAAGTTGCGTACGATATCTCCAGTGCTCAAACGCCTTTTCAGCAGTGTGTCAGTCTAGATTCTGGGCTATGACTGTGAACCATATGAACTTTCTATTGTGAGAGTTTATCTACTATTTTGATGGTACCATATTTCGATAGTACAGTAGGAGATTTGAATCATCCATTTGTAATAGATTCCGTGTTAATTCCCTGATATATCACTCTCATAACCATGCCATTATGCACTGTCGTTGGATTTGCAAATACCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCAGATTGCATCTAACTTACAAGACTGGTATAATTATTTTATTGTTTTGAGTCTGCCCTTTTCGCTGGACACCCATGTCTAGATTAGTAGGGTTCTTTAATTGGTTTTCTCACAAAACGATTGTATTAAGTTTAGTGCCTTGTCCTTGTAATATTTTATGACAACATAGATGTGATTTTAGGTTGTTACTTCTAGAGAGCATTTCCGTTACGCATTTCAGTTTCATATATAATTTGGGTATGAGCCCAACCTTGTAAAGAAAGTCGCATTTAAAGGTTTTGGATGAAGAATTGAGAGGTTATGTTACGCCTCTACATACACTGAAGCACTGATTGCACTCGAAACACATTTTTCTTAGTTATCTCTGTATCTTTCTAGCGGTAAATAATTTTGAACAACTTGATTATCTGATAAAATAATGGATTATCGATATATATATTTCCTGTTAAAACTAAAAAAA

Ace file of the UniGene sp_v1.1_unigene509

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	e value	Identity
AutoFact	F-box family protein	-	-	0.0	65%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	0.0	65%

Source	InterPros	Term	Type	e value	Identity
Blast2go	F-box domain, cyclin-like	IPR001810	-	0.0	-
Blast2go	Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype	IPR006553	-	0.0	-

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5A877

Fln msg: your sequence is longer than subject: 390 - 274

Fln protein: MTNLQLACPNLQHVYLDGCDHLEGASFCPVGLQSLNLGICPHLSKLDIEAPQMTVLELKGCGILSQATINCPRLLSLDASFCSQLQDDCLVATTASCPMIQSLILMSCPSIGSNGLFALRLLSNLTLLDLSYTFLTNLQPVFESCTRLKVLKLQACKYLMDTSLDALHRGEALPDLCELDLSYGSLSQSAIEKLLARCPHLTHVSLNGCTNMHDLDWGLETAELYNHMGMGNAVTVQMEHTEIHGKKEFDWMDEERIPDRLLQNLNCVGCPNIKKVAIPDSALCFHLSSLNLSLSSNLKDVDLACSNLVSLNLSNCSALEILKLNCPRLTSLLLQACGIEEQEVESAIQSCNSLETLDVRFCPKISSTGIAKLRTISPVLKRLFSSVSV*

Protein Length: 391

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAACGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTTATTTTACTCTGAGTTCCCTCACTTTTGGTTTCCCCTCCTCGATTCAGCAGGAGCAGCTCACGAAGTTGGCGGTCGGATCGCGGCTGGAGCACGGGCTCAAAACCTCCGCCGGTTTTGGAGAGGTATTTATCCTACATTTTGCACAATTCCCCAATTTTATCGCCTATTCTGGCTCACTGAGGTTTACTGTAAAAAGGTTGTGAATGGTGCTTGTATCTATATGTACGATATCCATTCCCGGCAGACTTATCATACATTATTTCTTGGAAACCCTGAGGATTTCTTTGTCGGGGCATTTATGGCCGTGTAACGGTTGAGAGGAGGTTCAAGGGCTTGTACTGCTTACAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGACGGGGTGGGGTATGAACGCTCTTGGAAACCCTGAGAATTTCTTTGTCGGGGCATTTATAGCCGTGTAACGGTTGAGAAGAGGTTCGAGGGCTTGTAATGCTTGCAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGATGGGGTGGGGTATGAACGCGTGTATGGTTGCAGAGGAGGTTAGGGTTCGGAGCGATGATCCCGCGCAAATGTCGCGTTTCATGTTCAGATCAGCCAGAGAGCTTGAATGCAGGCAGTGGAACCCTAATATCGATTCCGGGGTTTTGAATTATTCAAAGTTATACGAAAATGATGGTTTTGCTGCCGGGCCAGTTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCGGTTTTGCGGAATTTGATGGGCGGCTTGTCGGGCCCAGTCAGGAACGGCAGAGCTCGGATGGTGCATCGAATTGTGTTGAGGCAGCCACTCGTTTGTCCCACAGCGCTTCTGATTTTGATTTTGCGACCCGTGATGGCTTTAACATTGAAAGTAGTGTCGAAGGGAGTAGCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGAGAATGAATTTCGAAGTATGCCTTCTGGGGCTAGCAGTTCTGGGAGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGATGGTTTGCTTCAAGGGATATCGACAATGGACTATTGGCATACTCCATTGCAGTTTCAGTTTTTGTCTCACACTAGATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGGAACTGGATACTCCGCCTGTACATTCGCGAATGGGGGATGCATATGAGTGCGCAGAACCTTTAACGGAGGCTGAAATAGGTAGTTTTGCTTATAACACACAGATCCGGCTTGAAGAATCATCATCCACTTCATCTAGGATGGCAATGCCACATGTCAATGTTCCCGATATGATACAACACAAGCGAGCTAAGGTGCACTGGTCAGGTCATGTTGCTGCAACTGCTCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCCACTTTCATGTCAAAAATTTTCAAACAGAGGAAACAGTCAAATGACACCTTCAAATTCATCAGCTGGTGACAATAATGGTGGAGAAACTAATGACTCTAGCAGTGGGGATGATGATGATGATGAAGATGGAGATGAAGGTAACTTGGAAAACAAGGAAGATCATGAAGTTAAAATGGACCTCACAGATGATTTACTGCATATGGTATTTACCTTCCTAGACCATTCAGATTTGTGTCGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCTAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATTACCCGGCAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCTGTGGAGTTAAATGTTCGTGGTACTCCCCGTGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAGTGCACTCTCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCCGAGGGCCTTTAAGTGAAAGTTTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTAAGCATTGCTGAAGCATCTCTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCAAACATGATTCGTTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATCTCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTTTGTCCCTTAGACGCTCATGCATGGCTTCTGCCACTTTGCAATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCAGATGCAGGCGTTCGTGTTGTGGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGGACATGTCTAATTGCTCTTATGTTAGTGACGAAACACTTCGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTCTGCCCAAATATCTCTCTGGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACGGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCACACTGTTTTATGCTTGAGGCACTACAGCTTGATTGTTGCTGGCTACTGACATCGGTTAATTTGGAGCTGCCCCGCCTCCAAAATATAAGTCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGTCCAGTTCTGTCTTCAATTAATGTCTCAAACTGTGCTATACTTAACAGGATTGATATTACTTCAAGTGCACTACAGAAGTTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACAATGGCTCTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACTCTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTCACATCTGTTGAACTTTATCAGTACATCTTTGCGCACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCA_-_ATGACTAATCTTCAATTAGCATGTCCAAATCTTCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGATCATCTTGAGGGAGCATCTTTTTGCCCTGTTGGACTTCAATCACTTAATCTCGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCACCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCAACAATAAATTGCCCTCGGCTGTTGTCCCTGGATGCATCTTTTTGCAGCCAACTTCAGGATGATTGCTTGGTAGCTACAACAGCTTCCTGCCCCATGATTCAGTCATTAATTTTGATGTCTTGCCCGTCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTGGATTTATCGTACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTACGCGATTAAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGATACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGAAGTCTCAGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCACGTGAGTTTAAATGGCTGTACGAATATGCATGATCTTGATTGGGGGTTGGAGACTGCTGAGCTTTACAACCATATGGGCATGGGCAATGCTGTTACTGTGCAAATGGAACACACAGAAATACATGGCAAAAAAGAATTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAATCCCAGACCGTTTACTTCAGAACCTCAACTGTGTGGGCTGCCCTAATATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGATTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCGCTCAACCTTTCTCTGTCATCCAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCGTTGAATTTGAGTAATTGCTCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAGGAAGTTGAATCTGCCATTCAGTCTTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTTTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTGCTAAGTTGCGTACGATATCTCCAGTGCTCAAACGCCTTTTCAGCAGTGTGTCAGTCTAG___ATTCTGGGCTATGACTGTGAACCATATGAACTTTCTATTGTGAGAGTTTATCTACTATTTTGATGGTACCATATTTCGATAGTACAGTAGGAGATTTGAATCATCCATTTGTAATAGATTCCGTGTTAATTCCCTGATATATCACTCTCATAACCATGCCATTATGCACTGTCGTTGGATTTGCAAATACCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCAGATTGCATCTAACTTACAAGACTGGTATAATTATTTTATTGTTTTGAGTCTGCCCTTTTCGCTGGACACCCATGTCTAGATTAGTAGGGTTCTTTAATTGGTTTTCTCACAAAACGATTGTATTAAGTTTAGTGCCTTGTCCTTGTAATATTTTATGACAACATAGATGTGATTTTAGGTTGTTACTTCTAGAGAGCATTTCCGTTACGCATTTCAGTTTCATATATAATTTGGGTATGAGCCCAACCTTGTAAAGAAAGTCGCATTTAAAGGTTTTGGATGAAGAATTGAGAGGTTATGTTACGCCTCTACATACACTGAAGCACTGATTGCACTCGAAACACATTTTTCTTAGTTATCTCTGTATCTTTCTAGCGGTAAATAATTTTGAACAACTTGATTATCTGATAAAATAATGGATTATCGATATATATATTTCCTGTTAAAACTAAAAAAA

Fln Alignment:

sp_v1.1_unigene509___MSCPSIGSNGXXXXXXXXXXXXXXXSYTFLTNLQPVFESCTRLKVLKLQACKYLMDTSLDALHRGEALPDLCELDLSYGSLSQSAIEKLLARCPHLTHVSLNGCTNMHDLDWGLETAELYNHMGMGNAVTVQMEHTEIHGKKEFDWMDEERI-----PDRLLQNLNCVGCPNIKKVAIPDSALCFHXXXXXXXXXXXXKDVDXXXXXXXXXXXXXXXXXEILKLNCPRLTSLLLQACGIEEQEVESAIQSCNSLETLDVRFCPKISSTGIAKLRTISPVLKRLFSS
D5A877_____________MSCTSIGPEGLLALQRLSNLTLLDMSYTYMTNLQPFIDSCPQLKVLKLQACKYLENTALIPLHKGRALPNLCELDLSYGTLSQSAIEELLAWCPHLTHLSLNGCVNMHDLDW---------IFGAGNSYV----DSEPHRKQNKSDLRDDKINVKGNPSRSLQHLNCVGCANIKRVVIPASAQCMNLSSLNLSLSANIQEVNLVCFNLITLNLSNCTSLEILKLDCPHLTSLLLQACGIKEQELERIIQSCKLLETLDVRLCSKISSTSIAKLRSISPVLKRTFSS

SNPs (tot: 19)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
3468		90		10	0.90298
3470			10	90	0.90298
3514		10		90	0.90298
3518	90			10	0.90298
3520	90			10	0.90298
3521		90		10	0.90298
3522		10		90	0.90298
3580	90		10		0.90298
3583		10	90		0.90298
4287	93		6		0.999453
4290			6	93	0.999453
4383		13		86	1.0
4661	10		90		0.90298
4662	83		16		0.994512
4663	16			83	0.994512
4682	20			80	0.995493
4684	25			75	0.996473
4686	25			75	0.996473
4688	25			75	0.996473

SSRs (tot: 1)

Start position	End position	Sequence	Length
1527	1543	GAT GAT GAT GAT GAT GA	17

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain