SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v3.0

UniGene Name: sp_v3.0_unigene132

Length: 2602 nt

UniGene Fasta

>sp_v3.0_unigene132
ATACCACTGCTTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGGGAGCGTAGATTGAGTGGAAGGTTAAAGTTTTGGTGATCGCAAGTCAGGTAATTCTTTTCTCTGGGCTGCATTTTGAAATGGGTTTACTTCAGAATCTGCAAGTTTTTGTTATAAAATTGGTTTGCTGGTTGGGATGGTTATCATCTTTTGCTTTAGCACAATTGGACATAAGTGAAGGTATGAGTGCATTTGTTAATATTTCTGTTCAAGGAATTACGTGCCTTGGTAATTTCGCTATTTTTGTTACAAGTCTCATAAGAGGAAGGCTGGATCTAGAGATAGGTGCCAGGGATGCCCTGGACATTTTAGTAAGTGCCAAACTCGAGACCATAAATGGGATCAAAGATGGAAATGGACTGATTACATGTACAGAAGGTCGACAGACTGCTTCCACACAAGAAGTTCGTCTCCTGAAGATGGTCGAGTTCTTCAGACGGCTTCGAAATCGACTGGGCATCGAGAAGATGGTCGAGTTCTTCAGACGGCTTCGACATCGACTGGGCATCAGCATACCTTGTTTTAGAGGAGAAGATGATCTTCACATTTGTATAGAAGAAGGTCGTCCACCCACAGCTTCTAATGAAATTGGAAGTGTACAGACTGCTTCTGTCATATTGTTGTGTAACAGCAAACCCAATTCGTCCATCAGAGATTTCATGAAAACCAATGCCCCTATTGTGGACTCCATTTTAGTGCGATTCCTTCCATTACAAATTGCAATCAATGACGGTGGGGTAGTCACTCCAGAAGTCACTATAGAGACCTGTCCATGCAATTCCTGCCACTGCATTGTATTCTGGACACTGGAAGAGCTTACCATCATGCTTGCTCTTCGGATGCCTGGAACATTGAAACCACTCTCTAATTCCCTCTGTCTTCTCCCCTGTCTTACCTGCCTCAGAAATGGCTGCCCTNATGGCTGCAACTCGGACAGTCTGTTGCGTGTGGAGGGCCCGTTGCCCTTGGAGCAGGCTGATGAAGGGCACAGAGTGAGAGTGAGTGAGTCCAAGGTGGTATCTGAAATTCTTGATGATATCCGTGCCGGGTCTATCAACGGAAAAGGGCATATTTGCATATGCATTCCAATGCATGGTGCCAGCTCTGATGTGTGGACAGAGCTACTGGTAAGATCTCTGAGGTCTAAAGATGCTGAAGGCAGAGGAGTTAGAGTTATGGCTTCCGAAGCTCTGGAAGGCTACCTGGGTGGACGTGGAAGAGGCTCAAGCGAATATGTAGAATACAACATTGTGTCATTTATAATGCCAAGGTTTACTGAAGTATTAATAAACCTTTTATTAACTTTATGGTTCGGAGTGGATGGTTTCTCCAGCGCTCTGGTAGCGAGAAGGACGATCAGGGATTACGTTGCAGACAGTAAAGGGAGTGGATTCGCTGCCAATGCCTTTCTAACCAAAGCTGTGGTCAAGTCTGATTTCAATAACACTCAGGTTTGCCAAGTGCTGAGTTTTAGGGGTGATCTTCTGGGCATCAAAACCTTATCATTTATAGCGTGTTGCGTTAATTTGATTTGCTCTATTGTTTGGGTTGTTCATACTGTTTTGCGTCCTTATCCCACTGCCAATGCCCTCTCACAGCGTGAGCATCTAGCAGTAACGGTAGCCGTTGGTATGGCCTTGTTCATGGACTCTGCCATCATTTTAACTCGGCTTACTTCTATTGGTCATCGTTTACTCTATATCTGTTTCATCATTTCGTTTACTGTAACTATATTCGTCAAGCTTTTTACACATAACTATCTTCCATTAGCCCTGTTTGGTTTGGCCATTGCGTGGCCATCTTCTAATCTGAAGGATAAAATATTCCTCCTGACCTTATTTTTATTTCCATGTTCGTTGATCATGCTTGAACTATTACCGATTGGCACCACTCTTCCATCTCTTCCATTCTTAATTTTGATTGTTCTATGCTTCTTGTGTTTGGTCATTTGGTGGAAATTTTTTAACTCGATGGAGAGGATATTTCTTTTAGTTATAGCCTCCGAGATAGCGTACCTTGATCTCCTCTCGCCTATCTTGGTGGATTTCGGAGATGCGGATTTCGTGTGGACATACGGAGTTGTTCAAATACTGGCGTGGGTGAAATGGGCAGCTGGCAGTTATATCCTGAGTAAGAAGAATTCGCTAGAATTTTTCGGGAAAAGCCCTCACGGCTGGGGACTTCTTCTGTACTCTTCTGCATTCTTTCTCAACGCTGTCAACGCTGGAGTTATGAGCAATTGGGGAAAGCCATGGATATATCACTGAAGGCTGCTTATCCGCCTTATTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTCTGTACCGTACCGTTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTTTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTCTGTACCGTACCGTTTGTTTGTAGTTGTACAACCCACATCAAATATACAGCAAGTACAGCACCACGTTGATCAGATGCAGGGGTTAAATTTGACGGGTGACCTTACTCGTCAAGGAATTTTTTTAGGAAGTTTTTATTTGTACAAGTTTCATCTAATTTCAAATTGTATTCATAATTATTTA

Ace file of the UniGene sp_v3.0_unigene132

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	e value	Identity
AutoFact	7TMR-DISM_7TM multi-domain protein	-	-	1.0e-05	21%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	0.0	49%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5ACC7

Fln msg: your sequence is longer than subject: 729 - 335

Fln protein: MGLLQNLQVFVIKLVCWLGWLSSFALAQLDISEGMSAFVNISVQGITCLGNFAIFVTSLIRGRLDLEIGARDALDILVSAKLETINGIKDGNGLITCTEGRQTASTQEVRLLKMVEFFRRLRNRLGIEKMVEFFRRLRHRLGISIPCFRGEDDLHICIEEGRPPTASNEIGSVQTASVILLCNSKPNSSIRDFMKTNAPIVDSILVRFLPLQIAINDGGVVTPEVTIETCPCNSCHCIVFWTLEELTIMLALRMPGTLKPLSNSLCLLPCLTCLRNGCPNGCNSDSLLRVEGPLPLEQADEGHRVRVSESKVVSEILDDIRAGSINGKGHICICIPMHGASSDVWTELLVRSLRSKDAEGRGVRVMASEALEGYLGGRGRGSSEYVEYNIVSFIMPRFTEVLINLLLTLWFGVDGFSSALVARRTIRDYVADSKGSGFAANAFLTKAVVKSDFNNTQVCQVLSFRGDLLGIKTLSFIACCVNLICSIVWVVHTVLRPYPTANALSQREHLAVTVAVGMALFMDSAIILTRLTSIGHRLLYICFIISFTVTIFVKLFTHNYLPLALFGLAIAWPSSNLKDKIFLLTLFLFPCSLIMLELLPIGTTLPSLPFLILIVLCFLCLVIWWKFFNSMERIFLLVIASEIAYLDLLSPILVDFGDADFVWTYGVVQILAWVKWAAGSYILSKKNSLEFFGKSPHGWGLLLYSSAFFLNAVNAGVMSNWGKPWIYH*

Protein Length: 730

Fln nts: ATACCACTGCTTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGGGAGCGTAGATTGAGTGGAAGGTTAAAGTTTTGGTGATCGCAAGTCAGGTAATTCTTTTCTCTGGGCTGCATTTTGAA_-_ATGGGTTTACTTCAGAATCTGCAAGTTTTTGTTATAAAATTGGTTTGCTGGTTGGGATGGTTATCATCTTTTGCTTTAGCACAATTGGACATAAGTGAAGGTATGAGTGCATTTGTTAATATTTCTGTTCAAGGAATTACGTGCCTTGGTAATTTCGCTATTTTTGTTACAAGTCTCATAAGAGGAAGGCTGGATCTAGAGATAGGTGCCAGGGATGCCCTGGACATTTTAGTAAGTGCCAAACTCGAGACCATAAATGGGATCAAAGATGGAAATGGACTGATTACATGTACAGAAGGTCGACAGACTGCTTCCACACAAGAAGTTCGTCTCCTGAAGATGGTCGAGTTCTTCAGACGGCTTCGAAATCGACTGGGCATCGAGAAGATGGTCGAGTTCTTCAGACGGCTTCGACATCGACTGGGCATCAGCATACCTTGTTTTAGAGGAGAAGATGATCTTCACATTTGTATAGAAGAAGGTCGTCCACCCACAGCTTCTAATGAAATTGGAAGTGTACAGACTGCTTCTGTCATATTGTTGTGTAACAGCAAACCCAATTCGTCCATCAGAGATTTCATGAAAACCAATGCCCCTATTGTGGACTCCATTTTAGTGCGATTCCTTCCATTACAAATTGCAATCAATGACGGTGGGGTAGTCACTCCAGAAGTCACTATAGAGACCTGTCCATGCAATTCCTGCCACTGCATTGTATTCTGGACACTGGAAGAGCTTACCATCATGCTTGCTCTTCGGATGCCTGGAACATTGAAACCACTCTCTAATTCCCTCTGTCTTCTCCCCTGTCTTACCTGCCTCAGAAATGGCTGCCCTaATGGCTGCAACTCGGACAGTCTGTTGCGTGTGGAGGGCCCGTTGCCCTTGGAGCAGGCTGATGAAGGGCACAGAGTGAGAGTGAGTGAGTCCAAGGTGGTATCTGAAATTCTTGATGATATCCGTGCCGGGTCTATCAACGGAAAAGGGCATATTTGCATATGCATTCCAATGCATGGTGCCAGCTCTGATGTGTGGACAGAGCTACTGGTAAGATCTCTGAGGTCTAAAGATGCTGAAGGCAGAGGAGTTAGAGTTATGGCTTCCGAAGCTCTGGAAGGCTACCTGGGTGGACGTGGAAGAGGCTCAAGCGAATATGTAGAATACAACATTGTGTCATTTATAATGCCAAGGTTTACTGAAGTATTAATAAACCTTTTATTAACTTTATGGTTCGGAGTGGATGGTTTCTCCAGCGCTCTGGTAGCGAGAAGGACGATCAGGGATTACGTTGCAGACAGTAAAGGGAGTGGATTCGCTGCCAATGCCTTTCTAACCAAAGCTGTGGTCAAGTCTGATTTCAATAACACTCAGGTTTGCCAAGTGCTGAGTTTTAGGGGTGATCTTCTGGGCATCAAAACCTTATCATTTATAGCGTGTTGCGTTAATTTGATTTGCTCTATTGTTTGGGTTGTTCATACTGTTTTGCGTCCTTATCCCACTGCCAATGCCCTCTCACAGCGTGAGCATCTAGCAGTAACGGTAGCCGTTGGTATGGCCTTGTTCATGGACTCTGCCATCATTTTAACTCGGCTTACTTCTATTGGTCATCGTTTACTCTATATCTGTTTCATCATTTCGTTTACTGTAACTATATTCGTCAAGCTTTTTACACATAACTATCTTCCATTAGCCCTGTTTGGTTTGGCCATTGCGTGGCCATCTTCTAATCTGAAGGATAAAATATTCCTCCTGACCTTATTTTTATTTCCATGTTCGTTGATCATGCTTGAACTATTACCGATTGGCACCACTCTTCCATCTCTTCCATTCTTAATTTTGATTGTTCTATGCTTCTTGTGTTTGGTCATTTGGTGGAAATTTTTTAACTCGATGGAGAGGATATTTCTTTTAGTTATAGCCTCCGAGATAGCGTACCTTGATCTCCTCTCGCCTATCTTGGTGGATTTCGGAGATGCGGATTTCGTGTGGACATACGGAGTTGTTCAAATACTGGCGTGGGTGAAATGGGCAGCTGGCAGTTATATCCTGAGTAAGAAGAATTCGCTAGAATTTTTCGGGAAAAGCCCTCACGGCTGGGGACTTCTTCTGTACTCTTCTGCATTCTTTCTCAACGCTGTCAACGCTGGAGTTATGAGCAATTGGGGAAAGCCATGGATATATCACTGA___AGGCTGCTTATCCGCCTTATTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTCTGTACCGTACCGTTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTTTGAATTTGAAGAGTAATACTCTAAGTCTGTACCGTACCGTTTGTTTGTAGTTGTACAACCCACATCAAATATACAGCAAGTACAGCACCACGTTGATCAGATGCAGGGGTTAAATTTGACGGGTGACCTTACTCGTCAAGGAATTTTTTTAGGAAGTTTTTATTTGTACAAGTTTCATCTAATTTCAAATTGTATTCATAATTATTTA

Fln Alignment:

Contig132___SINGKGHICICIPMHGASSDVWTELLVRSLRSKDAEGRGVRVMASEALEGYLGGRGRGSSEYVEYNIVSFIMPRFTEVLINLLLTLWFGVDGFSSALVARRTIRDYVADSKGSGFAANAFLTKAVVKSDFNNTQVCQVLSFRGDLLGIKTLSFIACCVNLICSIVWVVHTVLRP-----YPTANALSQREHLAVTV-AVGMALFMD
D5ACC7_____________SIYQEERMCICIPLHPACDDEWTKMLIRSFRCKDKAGRRIRVMTSDALENYMDKSGICSA-LEKYNPATLLVPRLAEVFINLKLTLYFGVDGFSSSLVARRAMRDYLVDSTGTGFVANVFVTKALVKSNADNTNVCQVLNFTSSFLSLRSLSFMIGCVNLICSIGWGLLVAFEEDGGKWYEIHSMPPSKLRVVVIVTAIGIALGMD

SNPs (tot: 2)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
2284	25		75		0.996473
2366	20	80			0.995493

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain