SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v3.0

UniGene Name: sp_v3.0_unigene96

Length: 2019 nt

UniGene Fasta

>sp_v3.0_unigene96
ATCCTAACTATCATCTATGCTGACGGAAACATAATGAAATGTAATTGGCATGAAACAATTAAAACTAAAAAAAAAAAATCTAATCGAATTCAAAACCTAAGCTAACCTACGACTATAGCTACGGATTATGCATATACGANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTAACGCTATACAATGTAAAATATACAAAGCATAAACTATATGAAATATATATATTACAGCGTAAACCTAAACTAAGGCTAAAAAAATAAAAGGGATCCGCCTATACAAAGTCAAAACCACGCCTGCTATTAGCATTTTAAACAGGAGATAGACGTGAGCCGTAAGCGAGGTAAGAGTTGCACGTTTGGACGGAGGTGGAAATCGAAATGATGCTGCGTAAAAACTAAACAGAGCCCAAAACAAGAACCTAGGACCTCACATAAATAAAGGATGGAGTAACGGCCATTCCGCAGATTCGAACCTGCGATTCCAGTATTCATTCTTCTTCTCCTCTATTTAAATCTTCGCAGATTTGATAGATATTCATTTGCCCGAACGTTGCTAGGGCCCTGACCATCAATGGCTAAGTTATATCTTTTCGTTGCGGCTTTGCTCCTACTTTCGGCTTCATCAGCTGCTTCCCAGTCGTTGAATACCTCCAGTGATTCGATCCCGGGCAAAGATTTCAGTACAGTCGGTAAACAAAGTGTCGAGTACTTGCGATTGTTCGCGGAAGATATCAGCTGGTCCAACAACCTGGTGCTTGGGCTGCTAGTGCCCCGAAGCATTTGGTCGCCTCTGCCTAGGGTTTTGCAGACATGGCTTCGTAACTATATTGCTGGAATTGTTGTGTATTTTGTATCCGGAAGCCTTTGGTCCTTTTATATTTATTACTGGAAGCGCAATGTCTACATCCCGGCAGATAGTACACCTTCAAAGGAACCGATCTTCTTGCAAATAATGGTGACTATGAAAGCCATGCCTTTGTATTGTGCTCTTCCTACGCTTTCAGAATATATGATTGAGAATGGTTGGACAAAGTGTTATGCCGCTATAAATGAAGTTGGGTGGCCTTCTTATATTTTATTAACTATTCTATACTTACTGCTGGTCGAGTTTGGGATATACTGGATGCACAGAGAGTTACATGACATAAAGGTTCTATATAAGTATCTCCATGCAACTCATCACATATACAACAAACAGAATACACTATCTCCTTTTGCAGGATTGGCTTTCAATCCACTGGATGGCATATTACAGGCGATTCCCCATGTTATTGCTTTATTTATCATACCAACACATTTTTTAACGCATGAGCTGCTTCTATTTTGTGAGGGAATTTGGACAACCAACATTCATGATTGCATACATGGCAAAGTTTGGCCTATTATGGGAGCTGGGTATCATACTATCCATCACACAACATATCGACACAATTATGGCCATTATACAATTTGGATGGACTGGATGTTTGGAACACTTCGTGATCCAACAGCTGAAGCAAAGAGCGTGAAAAATATGTGATTTCCAGCTTTCCTATGCAGCCGTTTCTCAAAAGATCTTTTAACTGGTTGTGCTGTTTACTTGCCAAAGAAACTTTTTCCTACATTTAGGGCCATAGAATAATCTTTATTGTATATTCCGTGTAGGCAGATGTTGTACTTCTCGAAGTTTATTTATTTGGGAGCAATCGGCTTTTTATCTGTAAGTTGTAATTTGTGATATCAAGCTTTGGTTTAATGTTGTAAAGACTTGGTGAGACGGGCTGTGGAATTATTTTTATCAACATAATTAGGTGTACTTTCATATTTCATTTTAAATATTGGTTCAAATTATTGTGAAGGCATTTCGGTTCTGCTTTCTTTGTAACATTTGTAATAGGCGAAGTCTGTCTGCTTTTTCGATGTATTTGAACTTATGACATAACACATGTTTGCCATGTGTTTAAGATTTCCGCATGTTTGCAGCTGTCATGTATGCAGGCACTATTAACAGATGCAAGTATTCATTTGAGGGTTTTTACCACTATA

Ace file of the UniGene sp_v3.0_unigene96

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	Delta7 sterol C-5 desaturase n=1 Tax=Zinnia violacea RepID=Q4ACU1_ZINEL	-	-	69%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	91%
Sma3	Putative uncharacterized protein	-	-	-

Source	InterPros	Term	Type	e value	Identity
Sma3	Fatty acid hydroxylase	IPR006694	-	0.0	-

Source	Species	ID	Description	Identity
ATG	Arabidoptis thaliana	AT3G02580.1	STE1, DWF7, BUL1 sterol 1 chr3:547048-548615 FORWARD LENGTH=281	68%
RefSeq	Arabidopsis thaliana	NP_186907.1	delta(7)-sterol-C5(6)-desaturase 1 [Arabidopsis thaliana]	68%
RefSeq	Populus trichocarpa	XP_002305173.1	predicted protein [Populus trichocarpa]	71%

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: B8LRI4

Fln msg:

Fln protein: MAKLYLFVAALLLLSASSAASQSLNTSSDSIPGKDFSTVGKQSVEYLRLFAEDISWSNNLVLGLLVPRSIWSPLPRVLQTWLRNYIAGIVVYFVSGSLWSFYIYYWKRNVYIPADSTPSKEPIFLQIMVTMKAMPLYCALPTLSEYMIENGWTKCYAAINEVGWPSYILLTILYLLLVEFGIYWMHRELHDIKVLYKYLHATHHIYNKQNTLSPFAGLAFNPLDGILQAIPHVIALFIIPTHFLTHELLLFCEGIWTTNIHDCIHGKVWPIMGAGYHTIHHTTYRHNYGHYTIWMDWMFGTLRDPTAEAKSVKNM*

Protein Length: 317

Fln nts: ATCCTAACTATCATCTATGCTGACGGAAACATAATGAAATGTAATTGGCATGAAACAATTAAAACTAAAAAAAAAAAATCTAATCGAATTCAAAACCTAAGCTAACCTACGACTATAGCTACGGATTATGCATATACGAaAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTAACGCTATACAATGTAAAATATACAAAGCATAAACTATATGAAATATATATATTACAGCGTAAACCTAAACTAAGGCTAAAAAAATAAAAGGGATCCGCCTATACAAAGTCAAAACCACGCCTGCTATTAGCATTTTAAACAGGAGATAGACGTGAGCCGTAAGCGAGGTAAGAGTTGCACGTTTGGACGGAGGTGGAAATCGAAATGATGCTGCGTAAAAACTAAACAGAGCCCAAAACAAGAACCTAGGACCTCACATAAATAAAGGATGGAGTAACGGCCATTCCGCAGATTCGAACCTGCGATTCCAGTATTCATTCTTCTTCTCCTCTATTTAAATCTTCGCAGATTTGATAGATATTCATTTGCCCGAACGTTGCTAGGGCCCTGACCATCA_-_ATGGCTAAGTTATATCTTTTCGTTGCGGCTTTGCTCCTACTTTCGGCTTCATCAGCTGCTTCCCAGTCGTTGAATACCTCCAGTGATTCGATCCCGGGCAAAGATTTCAGTACAGTCGGTAAACAAAGTGTCGAGTACTTGCGATTGTTCGCGGAAGATATCAGCTGGTCCAACAACCTGGTGCTTGGGCTGCTAGTGCCCCGAAGCATTTGGTCGCCTCTGCCTAGGGTTTTGCAGACATGGCTTCGTAACTATATTGCTGGAATTGTTGTGTATTTTGTATCCGGAAGCCTTTGGTCCTTTTATATTTATTACTGGAAGCGCAATGTCTACATCCCGGCAGATAGTACACCTTCAAAGGAACCGATCTTCTTGCAAATAATGGTGACTATGAAAGCCATGCCTTTGTATTGTGCTCTTCCTACGCTTTCAGAATATATGATTGAGAATGGTTGGACAAAGTGTTATGCCGCTATAAATGAAGTTGGGTGGCCTTCTTATATTTTATTAACTATTCTATACTTACTGCTGGTCGAGTTTGGGATATACTGGATGCACAGAGAGTTACATGACATAAAGGTTCTATATAAGTATCTCCATGCAACTCATCACATATACAACAAACAGAATACACTATCTCCTTTTGCAGGATTGGCTTTCAATCCACTGGATGGCATATTACAGGCGATTCCCCATGTTATTGCTTTATTTATCATACCAACACATTTTTTAACGCATGAGCTGCTTCTATTTTGTGAGGGAATTTGGACAACCAACATTCATGATTGCATACATGGCAAAGTTTGGCCTATTATGGGAGCTGGGTATCATACTATCCATCACACAACATATCGACACAATTATGGCCATTATACAATTTGGATGGACTGGATGTTTGGAACACTTCGTGATCCAACAGCTGAAGCAAAGAGCGTGAAAAATATGTGA___TTTCCAGCTTTCCTATGCAGCCGTTTCTCAAAAGATCTTTTAACTGGTTGTGCTGTTTACTTGCCAAAGAAACTTTTTCCTACATTTAGGGCCATAGAATAATCTTTATTGTATATTCCGTGTAGGCAGATGTTGTACTTCTCGAAGTTTATTTATTTGGGAGCAATCGGCTTTTTATCTGTAAGTTGTAATTTGTGATATCAAGCTTTGGTTTAATGTTGTAAAGACTTGGTGAGACGGGCTGTGGAATTATTTTTATCAACATAATTAGGTGTACTTTCATATTTCATTTTAAATATTGGTTCAAATTATTGTGAAGGCATTTCGGTTCTGCTTTCTTTGTAACATTTGTAATAGGCGAAGTCTGTCTGCTTTTTCGATGTATTTGAACTTATGACATAACACATGTTTGCCATGTGTTTAAGATTTCCGCATGTTTGCAGCTGTCATGTATGCAGGCACTATTAACAGATGCAAGTATTCATTTGAGGGTTTTTACCACTATA

Fln Alignment:

Contig96___IPGKDFSTVGKQSVEYLRLFAEDISWSNNLVLGLLVPRSIWSPLPRVLQTWLRNYIAGIVVYFVSGSLWSFYIYYWKRNVYIPADSTPSKEPIFLQIMVTMKAMPLYCALPTLSEYMIENGWTKCYAAINEVGWPSXXXXXXXXXXXVEFGIYWMHRELHDIKVLYKYLHATHHIYNKQNTLSPFAGLAFNPLDGILQAIPHVIALFIIPTHFLTHELLLFCEGIWTTNIHDCIHGKVWPIMGAGYHTIHHTTYRHNYGHYTIWMDWMFGTLRDPTAEAKSVKNM
B8LRI4____________IPGKDFSTGGKQSGEYLQLFAEDISRSNNLVLGVLLPRSIWSPLPRVLQIWLRNYIAGIIVYFVSGGLWSFYIYYWKRDVYIPADSTPSKEPIFLQIMVTMKAMPLYSALPTLSEYMIENGWTKCFANINEVGWPSYILLSILYLVLVEFGIYWMHRELHDIKVLYKYLHATHHIYNKQNTLSPFAGLAFHPLDGILQAIPHVAVLFIIPTHFLTHEMLLFCEGIWTTNIHDCIHGKVWPVMGAGYHTIHHTTYRHNYGHYTIWMDWMFGTLRDPIAEAKNMKDM

SNPs (tot: 15)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
610		88		11	0.999937
652	88		11		0.999937
685	9		90		0.999842
710	86			13	1.0
716		85		15	1.0
762			90	10	0.999898
772	10		89		0.999919
785	11			88	0.999937
789		88		11	0.999952
1528		2		86	1.0
1622	61			33	1.0
1721			12	87	1.0
1757	11			88	1.0
1910			33	66	0.997452
1915		33		66	0.997452

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain