SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v2.0

UniGene Name: sp_v2.0_unigene21366

Length: 2716 nt

Origin of reads: Biogeco1 v2 Biogeco3 v1 Uagpf v2

UniGene Fasta

>sp_v2.0_unigene21366
CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTCCATGTTATCGTATTTGTCAACTGGTAAGCATTCTGTATTATAATCTACCAGTCTCCTCGGCAAAAGCATTGTCCTTGTAACTAACCACACCAATCAATCAGTCCTGGGATCTTATACCTTTCTTGCTTGGAATGGTATAATTAATTTTTATTTTTCAACTCCATTATTCGACAGCCACAGGAGAACCAGATTTCACGGTTTCTTAAAACAATTTTAGAATCGGATCTGAAGATTTCTGTGTTCAGATCGGTGATCGAAAGTAGAGAATTGGGTTGGTCTGAATCCATTTAATTTATCTGAATTATGTTTTTGATGGTTTAATTTGTCTGAAGAATTTGTAATGGAGAAAAGCCCTGGACCCAAAATGGAGATGCACGATTTGGCAGACGATGCCGATTACGCGGCCTCGCAACAGGAGGTGAATAGGTCTCCTGGATTCTCCCTACGAAAGTTATCAAGAAACAAGCAGCAAAGGAAGGATTCGGTGAAAGACCCAGGTAACTGTTCTGGGCCTGATGGGTCTGAGGTTGTATTTGTGAAAGACAATGTAACAATTCATCCTACACAATATGCGTTTGAACGCATTAATGGGCGTCTGCGTCTTATCAAACAAGGCTCTTCATTGTTCATGACATGGATTCCTTATAAACAAAACAATACTGTGAGGGATGGCATGGCTCGTATATTAAGTAAGACTTCTGAGAAAGATCGAAACTTGTATACGATACGTGCTGTACCATTGTCAGAAGTTAAATCTATTCGCCGGCACACGCCACCTCTGGGATGGCAGTTTGTCATTGTTGTTCTCACATCTGGCCTTGCTTTTCCACCATTGTACTTCTATAATGGAGGTGTTCGTGATTTTCTTGCCCACTTTGAAGGAGCATGTTTTTCTTGTCAGGTCTGCTGATGATGCCAATGTATTCCTTGTAAATGACATTCAAGATCCGCTTCAGAGAAGTCTAACATCTTTGGAACTACCTGGAGCACTTCCAGTTGCAAACATCAGATCTTCTCTTCATATAGAAGGACCAGCTCCTTCTATTCAGAACACAGCGGGCACTTCCAATCAAAACTACCAAGATAAAATTTATGGTGGTTTGAAAAATGGTGGGGGTCAACATGAGCGCTTGAGGGATCCTGCTCGTGAGATTTTGATTCATGGTTTGGAAAAATTCTCCATGGTGACAAAATTTGCTCGTGAGACTACTGCCCAAATCTTTGGTGAAAATCGTTTAGTGAGCGGCATAGACAGTCCAGAAGAGAATTATTTACATACAGATAATGGCCAGCATGGTAGTGATCAAGCAATAAAACCAGAAAAAGAAATGGACAACTCAGTAGAAAGTCAACCAGCTGTTTCTCTGGATGCTTTACAGTGTATTGATCATACGAATGGAAAACTTGAAGAAGAAGCAGCCACTAATGTAGGAATTTTTGAGCTTGTCAATGGGACACAGCTCGATCAACCGACTTTAATATGGGGAAAGCCTCGACAGCCTCCACTCGGAAGTCATGACTGGGCAACACTCATAGATTTGGAAGGACGGGTAGTTGATTCAAAGGCTCTAAAGGAAAGGATATTTCATGGAGGAATGGAGCACGGCCTACGCCAAGAGGTTTGGAAGTTCTTACTGGGCTATTATAAGTTTGATTCAACCTATGCAGAACGCCAATATCTTTCATTGATAAAGAAAGAAGAGTACCAAATTCTGAAATCTCAGTGGCAGAGTATATCACAGACACAGGCAAAAAAGTTTTCCAAGTTCAGAGAGCGTAAAAGCCGTATCGAAAAGGATGTGGTGAGGACAGATCGATCCTTGCCTTACTATGCTGGGGATGACAACCCAAATCTGGATCGACTTAGGGACATATTGTTGACTTACTCCTTTTATAATTTTGATCTTGGATACTGCCAGGGTATGAGTGATCTACTGTCTCCTATACTCTTTGTTATGGAGGATGAATCAGAGGCTTTCTGGTGTTTTGTTGCTTTAATGGAGCGCTTAGGCCCAAATTTTGACCGGGATCAAAATGGAATGCATTCACAGCTTTTGGCTCTTTCAAAGCTAGTAGAGATATTGGACAGCCCTTTACATAACTACTTTAAGCAGGCTGATTGCCTCAACTATTTCTTTTGCTTCCGATGGATTCTTATACAGTTTAAAAGAGAATTTGAGTATGATAAGGTGATGCGACTATGGGAGGTTTTATGGACACACTACTTATCAGAGCACTTCCATCTTTACATGTGTGTTGCACTTCTCAAGCGCCATCGGAAAAAAATAATAGAGGAGCAAATGGACTTCGACACTCTATTAAAGTTCATTAATGAACTCAGTTGTCATATTGATCTCGAAGCAACATTGCGAGATACAGAGGCACTTTGTGTCTGTGCTGGTGATGCGGGCTCTGCATGTATACCCCCAGGAACACCACCTTCTTTGCCTATTGACAGTGATGCATATTGAAAATTTATGCACAGTACCTTTTTTTTCAAGTAATTATATTCTGGGCAATTATTTACATTGGGAGATACATCTACTATCAAGGAAGCGCCCTTAACCTTTTGGATTTAGCACTCGACCATGTTTGGTAAACATGTCAACTAAATATTTGTACATTATGATTGTAGATTGTAACACTGTTTTCATTTATTAAATTCATATCTAAGTTTGAACAAAGGTT

Ace file of the UniGene sp_v2.0_unigene21366

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	Identity
AutoFact	[R] COG5210 GTPase-activating protein	-	-	39%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	34%
Blast2go	tbc domain-containing protein	-	-	74%

Source	InterPros	Term	Type	e value	Identity
Sma3	Rab-GTPase-TBC domain	IPR000195	-	0.0	-

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: B8LR92

Fln msg: your sequence is longer than subject: 542 - 455

Fln protein: MEVFVIFLPTLKEHVFLVRSADDANVFLVNDIQDPLQRSLTSLELPGALPVANIRSSLHIEGPAPSIQNTAGTSNQNYQDKIYGGLKNGGGQHERLRDPAREILIHGLEKFSMVTKFARETTAQIFGENRLVSGIDSPEENYLHTDNGQHGSDQAIKPEKEMDNSVESQPAVSLDALQCIDHTNGKLEEEAATNVGIFELVNGTQLDQPTLIWGKPRQPPLGSHDWATLIDLEGRVVDSKALKERIFHGGMEHGLRQEVWKFLLGYYKFDSTYAERQYLSLIKKEEYQILKSQWQSISQTQAKKFSKFRERKSRIEKDVVRTDRSLPYYAGDDNPNLDRLRDILLTYSFYNFDLGYCQGMSDLLSPILFVMEDESEAFWCFVALMERLGPNFDRDQNGMHSQLLALSKLVEILDSPLHNYFKQADCLNYFFCFRWILIQFKREFEYDKVMRLWEVLWTHYLSEHFHLYMCVALLKRHRKKIIEEQMDFDTLLKFINELSCHIDLEATLRDTEALCVCAGDAGSACIPPGTPPSLPIDSDAY*

Protein Length: 543

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTCCATGTTATCGTATTTGTCAACTGGTAAGCATTCTGTATTATAATCTACCAGTCTCCTCGGCAAAAGCATTGTCCTTGTAACTAACCACACCAATCAATCAGTCCTGGGATCTTATACCTTTCTTGCTTGGAATGGTATAATTAATTTTTATTTTTCAACTCCATTATTCGACAGCCACAGGAGAACCAGATTTCACGGTTTCTTAAAACAATTTTAGAATCGGATCTGAAGATTTCTGTGTTCAGATCGGTGATCGAAAGTAGAGAATTGGGTTGGTCTGAATCCATTTAATTTATCTGAATTATGTTTTTGATGGTTTAATTTGTCTGAAGAATTTGTAATGGAGAAAAGCCCTGGACCCAAAATGGAGATGCACGATTTGGCAGACGATGCCGATTACGCGGCCTCGCAACAGGAGGTGAATAGGTCTCCTGGATTCTCCCTACGAAAGTTATCAAGAAACAAGCAGCAAAGGAAGGATTCGGTGAAAGACCCAGGTAACTGTTCTGGGCCTGATGGGTCTGAGGTTGTATTTGTGAAAGACAATGTAACAATTCATCCTACACAATATGCGTTTGAACGCATTAATGGGCGTCTGCGTCTTATCAAACAAGGCTCTTCATTGTTCATGACATGGATTCCTTATAAACAAAACAATACTGTGAGGGATGGCATGGCTCGTATATTAAGTAAGACTTCTGAGAAAGATCGAAACTTGTATACGATACGTGCTGTACCATTGTCAGAAGTTAAATCTATTCGCCGGCACACGCCACCTCTGGGATGGCAGTTTGTCATTGTTGTTCTCACATCTGGCCTTGCTTTTCCACCATTGTACTTCTATA_-_ATGGAGGTGTTCGTGATTTTCTTGCCCACTTTGAAGGAGCATGTTTTTCTTGTCAGGTCTGCTGATGATGCCAATGTATTCCTTGTAAATGACATTCAAGATCCGCTTCAGAGAAGTCTAACATCTTTGGAACTACCTGGAGCACTTCCAGTTGCAAACATCAGATCTTCTCTTCATATAGAAGGACCAGCTCCTTCTATTCAGAACACAGCGGGCACTTCCAATCAAAACTACCAAGATAAAATTTATGGTGGTTTGAAAAATGGTGGGGGTCAACATGAGCGCTTGAGGGATCCTGCTCGTGAGATTTTGATTCATGGTTTGGAAAAATTCTCCATGGTGACAAAATTTGCTCGTGAGACTACTGCCCAAATCTTTGGTGAAAATCGTTTAGTGAGCGGCATAGACAGTCCAGAAGAGAATTATTTACATACAGATAATGGCCAGCATGGTAGTGATCAAGCAATAAAACCAGAAAAAGAAATGGACAACTCAGTAGAAAGTCAACCAGCTGTTTCTCTGGATGCTTTACAGTGTATTGATCATACGAATGGAAAACTTGAAGAAGAAGCAGCCACTAATGTAGGAATTTTTGAGCTTGTCAATGGGACACAGCTCGATCAACCGACTTTAATATGGGGAAAGCCTCGACAGCCTCCACTCGGAAGTCATGACTGGGCAACACTCATAGATTTGGAAGGACGGGTAGTTGATTCAAAGGCTCTAAAGGAAAGGATATTTCATGGAGGAATGGAGCACGGCCTACGCCAAGAGGTTTGGAAGTTCTTACTGGGCTATTATAAGTTTGATTCAACCTATGCAGAACGCCAATATCTTTCATTGATAAAGAAAGAAGAGTACCAAATTCTGAAATCTCAGTGGCAGAGTATATCACAGACACAGGCAAAAAAGTTTTCCAAGTTCAGAGAGCGTAAAAGCCGTATCGAAAAGGATGTGGTGAGGACAGATCGATCCTTGCCTTACTATGCTGGGGATGACAACCCAAATCTGGATCGACTTAGGGACATATTGTTGACTTACTCCTTTTATAATTTTGATCTTGGATACTGCCAGGGTATGAGTGATCTACTGTCTCCTATACTCTTTGTTATGGAGGATGAATCAGAGGCTTTCTGGTGTTTTGTTGCTTTAATGGAGCGCTTAGGCCCAAATTTTGACCGGGATCAAAATGGAATGCATTCACAGCTTTTGGCTCTTTCAAAGCTAGTAGAGATATTGGACAGCCCTTTACATAACTACTTTAAGCAGGCTGATTGCCTCAACTATTTCTTTTGCTTCCGATGGATTCTTATACAGTTTAAAAGAGAATTTGAGTATGATAAGGTGATGCGACTATGGGAGGTTTTATGGACACACTACTTATCAGAGCACTTCCATCTTTACATGTGTGTTGCACTTCTCAAGCGCCATCGGAAAAAAATAATAGAGGAGCAAATGGACTTCGACACTCTATTAAAGTTCATTAATGAACTCAGTTGTCATATTGATCTCGAAGCAACATTGCGAGATACAGAGGCACTTTGTGTCTGTGCTGGTGATGCGGGCTCTGCATGTATACCCCCAGGAACACCACCTTCTTTGCCTATTGACAGTGATGCATATTGA___AAATTTATGCACAGTACCTTTTTTTTCAAGTAATTATATTCTGGGCAATTATTTACATTGGGAGATACATCTACTATCAAGGAAGCGCCCTTAACCTTTTGGATTTAGCACTCGACCATGTTTGGTAAACATGTCAACTAAATATTTGTACATTATGATTGTAGATTGTAACACTGTTTTCATTTATTAAATTCATATCTAAGTTTGAACAAAGGTT

Fln Alignment:

Contig21366___RLRDILLTYSFYNFDLGYCQGMSDLLSPILFVMEDESEAFWCFVALMERLGPNFDRDQNGMHSQLLALSKLVEILDSPLHNYFKQADCLNYFFCFRWILIQFKREFEYDKVMRLWEVLWTHYL--------------------SEHFHLYMCVALLKRHRKKIIEEQMDFDTLLKFINELSCHIDLEATLRDTEAL
B8LR92_______________RLVAILETYALYDYDIGYCQGMSDLLSPFVALMDDDYEAFWCFVHFMRIARDNFRLDESGIRRQLDIVAKIIKAKDPQLYKHLQKLQAEDCFFVYRMVVVLFRRELTFEQTLCLWEVIWANQAAIRAGIGKAAWKKGKQRAPPTSDLLLYAIAASVLQKRKLIIEKYTGMDDILRECNNMAGHLDIWKLLDDAHAL

SNPs (tot: 49)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
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93	50		50		1.0
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95	50	25	25		0.995533
96	25		75		0.996473
97	25	75			0.996473
98	50			50	1.0
99		25		50	0.995533
100	25			75	0.996473
229		25		75	0.996473
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478	80	20			0.995493
503	80		20		0.995493
1544	50	50			1.0
1547		50	50		1.0
1548	50		50		1.0
1552		50	50		1.0
1555			50	50	1.0
1559	50			50	1.0
1560	50		50		1.0
1563	50			50	1.0
1564		50		50	1.0
1566		50		50	1.0
1567	50			50	1.0
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1742	71			28	1.0
1743	71			28	1.0
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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain