SustainPineDB

Assembly Name: SustainPine v2.0

UniGene Name: sp_v2.0_unigene1229

Length: 4695 nt

Origin of reads: Biogeco1 v2 Biogeco2 v2 Biogeco3 v1 Uagpf v2

UniGene Fasta

>sp_v2.0_unigene1229
CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAACGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTTATTTTACTCTGAGTTCCCTCACTTTTGGTTTCCCCTCCTCGATTCAGCAGGAGCAGCTCACGAAGTTGGCGGTCGGATCGCGGCTGGAGCACGGGCTCAAAACCTCCGCCGGTTTTGGAGAGGTATTTATCCTACATTTTGCACAATTCCCCAATTTTATCGCCTATTCTGGCTCACTGAGGTTTACTGTAAAAAGGTTGTGAATGGTGCTTGTATCTATATGTACGATATCCATTCCCGGCAGACTTATCATACATTATTTCTTGGAAACCCTGAGGATTTCTTTGTCGGGGCATTTATGGCCGTGTAACGGTTGAGAGGAGGTTCAAGGGCTTGTACTGCTTACAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGACGGGGTGGGGTATGAACGCTCTTGGAAACCCTGAGAATTTCTTTGTCGGGGCATTTATAGCCGTGTAACGGTTGAGAAGAGGTTCGAGGGCTTGTAATGCTTGCAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGATGGGGTGGGGTATGAACGCGTGTATGGTTGCAGAGGAGGTTAGGGTTCGGAGCGATGATCCCGCGCAAATGTCGCGTTTCATGTTCAGATCAGCCAGAGAGCTTGAATGCAGGCAGTGGAACCCTAATATCGATTCCGGGGTTTTGAATTATTCAAAGTTATACGAAAATGATGGTTTTGCTGCCGGGCCAGTTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCGGTTTTGCGGAATTTGATGGGCGGCTTGTCGGGCCCAGTCAGGAACGGCAGAGCTCGGATGGTGCATCGAATTGTGTTGAGGCAGCCACTCGTTTGTCCCACAGCGCTTCTGATTTTGATTTTGCGACCCGTGATGGCTTTAACATTGAAAGTAGTGTCGAAGGGAGTAGCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGAGAATGAATTTCGAAGTATGCCTTCTGGGGCTAGCAGTTCTGGGAGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGATGGTTTGCTTCAAGGGATATCGACAATGGACTATTGGCATACTCCATTGCAGTTTCAGTTTTTGTACTCACACTAGATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGGAACTGGATACTCCGCCTGTACATTCGCGAATGGGGGATGCATATGAGTGCGCAGAACCTTTAACGGAGGCTGAAATAGGTAGTTTTGCTTATAACACACAGATCCGGCTTGAAGAATCATCATCCACTTCATCTAGGATGGCAATGCCACATGTCAATGTTCCCGATATGATACAACACAAGCGAGCTAAGGTGCACTGGTCAGGTCATGTTGCTGCAACTGCTCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCCACTTTCATGTCAAAAATTTTCAAACAGAGGAAACAGTCAAATGACACCTTCAAATTCATCAGCTGGTGACAATAATGGTGGAGAAACTAATGACTCTAGCAGTGGGGATGATGATGATGATGAAGATGGAGATGAAGGTAACTTGGAAAACAAGGAAGATCATGAAGTTAAAATGGACCTCACAGATGATTTACTGCATATGGTATTTACCTTCCTAGACCATTCAGATTTGTGTCGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCTAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATTACCCGGCAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCTGTGGAGTTAAATGTTCGTGGTACTCCCCGTGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAGTGCACTCTCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCCGAGGGCCTTTAAGTGAAAGTTTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTAAGCATTGCTGAAGCATCTCTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCAAACATGATTCGTTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATCTCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTTTGTCCCTTAGACGCTCATGCATGGCTTCTGCCACTTTGCAATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCAGATGCAGGCGTCCGCGTGACCGCAACTGCAACCCAATTATTAACATCTTTGGACATGTCTAATTGCTCTTATGTTAGTGACGAAACACTTCGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTCTGCCCAAATATCTCTCTGGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACGGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCACACTGTTTTATGCTTGAGGCACTACAGCTTGATTGTTGCTGGCTACTGACATCGGTTAATTTGGAGCTGCCCCGCCTCCAAAATATAAGTCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGTCCAGTTCTGTCTTCAATTAATGTCTCAAACTGTGCTATACTTAACAGGATTGATATTACTTCAAGTGCACTACAGAAGTTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACAATGGCTCTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACTCTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTCACATCTGTTGAACTTATCAGTACATCTTTGCGCACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAATCTTCAATTAGCATGTCCAAATCTTCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGATCATCTTGAGGGAGCATCTTTTTGCCCTGTTGGACTTCAATCACTTAATCTCGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCACCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCAACAATAAATTGCCCTCGGCTGTTGTCCCTGGATGCATCTTTTTGCAGCCAACTTCAGGATGATTGCTTGGTAGCTACAACAGCTTCCTGCCCCATGATTCAGTCATTAATTTTGATGTCTTGCCCGTCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTGGATTTATCGTACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTACGCGATTAAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGATACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGAAGTCTCAGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCACGTGAGTTTAAATGGCTGTACGAATATGCATGATCTTGATTGGGGGTTGGAGACTGCTGAGCTTTACAACCATATGGGCATGGGCAATGCTGTTACTGTGCAAATGGAACACACAGAAATACATGGCAAAAAAGAATTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAATCCCAGACCGTTTACTTCAGAACCTCAACTGTGTGGGCTGCCCTAATATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGATTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCGCTCAACCTTTCTCTGTCATCCAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCGTTGAATTTGAGTAATTGCTCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAGGAAGTTGAATCTGCCATTCAGTCTTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTTTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTGCTAAGTTGCGTACGATATCTCCAGTGCTCAAACGCCTTTTCAGCAGTGTGTCAGTCTAGATTCTGGGCTATGACTGTGAACCATATGAACTTTCTATTGTGAGAGTTTATCTACTATTTTGATGGTACCATATTTCGATAGTACAGTAGGAGATTTGAATCATCCATTTGTAATAGATTCCGTGTTAATTCCCTGATATATCACTCTCATAACCATGCCATTATGCACTGTCGTTGGATTTGCAAATACCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCAGATTGCATCTAACTTACAAGACTGGTATAATTATTTTATTGTTTTGAGTCTGCCCTTTTCGCTGGACACCCATGTCTAGATTAGTAGGGTTCTTTAATTGGTTTTCTCACAAAACGATTGTATTAAGTTTAGTGCCTTGTCCTTGTAATATTTTATGACAACATAGATGTGATTTTAGGTTGTTACTTCTAGAGAGCATTTCCGTTACGCATTTCAGTTTCATATATAATTTGGGTATGAGCCCAACCTTGTAAAGAAAGTCGCATTTAAAGGTTTTGGATGAAGAATTGAGAGGTTATGTTACGCCTCTACATACACTGAAGCACTGATTGCACTCGAAACACATTTTTCTTAGTTATCTCTGTATCTTTCTAGCGGTAAATAATTTTGAACAACTTGATTATCTGATAAAATAATGGATTATCGATATATATATTTCCTGTTATAACTAAAAAAA

Ace file of the UniGene sp_v2.0_unigene1229

Annotations

Source	Descriptions	Term	Type	e value	Identity
AutoFact	F-box/LRR-repeat protein 15 [Arabidopsis thaliana] sp\|Q9SMY8.2\|FBL15_ARATH RecName: Full=F-box/LRR-repeat protein 15 gb\|AEE86191.1\| F-box/LRR-repeat protein 15 [Arabidopsis thaliana]	-	-	0.0	57%
FL-Next	tr=Putative uncharacterized protein; Picea sitchensis (Sitka spruce) (Pinus sitchensis).	-	-	0.0	65%

Source	InterPros	Term	Type	Identity
Sma3	Leucine-rich repeat	IPR001611	-	-
Sma3	F-box domain, cyclin-like	IPR001810	-	-
Sma3	Mob1/phocein	IPR005301	-	-
Sma3	Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype	IPR006553	-	-
Sma3	Glycoside hydrolase, family 5, conserved site	IPR018087	-	-

Full-Lengther Next Prediction

Fln status: Complete

Fln database: coniferopsida.fasta

Fln subject: D5A877

Fln msg: your sequence is longer than subject: 423 - 274

Fln protein: MLNTLILDSCESLTSVELISTSLRTLSLVGCRAMTNLQLACPNLQHVYLDGCDHLEGASFCPVGLQSLNLGICPHLSKLDIEAPQMTVLELKGCGILSQATINCPRLLSLDASFCSQLQDDCLVATTASCPMIQSLILMSCPSIGSNGLFALRLLSNLTLLDLSYTFLTNLQPVFESCTRLKVLKLQACKYLMDTSLDALHRGEALPDLCELDLSYGSLSQSAIEKLLARCPHLTHVSLNGCTNMHDLDWGLETAELYNHMGMGNAVTVQMEHTEIHGKKEFDWMDEERIPDRLLQNLNCVGCPNIKKVAIPDSALCFHLSSLNLSLSSNLKDVDLACSNLVSLNLSNCSALEILKLNCPRLTSLLLQACGIEEQEVESAIQSCNSLETLDVRFCPKISSTGIAKLRTISPVLKRLFSSVSV*

Protein Length: 424

Fln nts: CGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAACGTCGTGACCTTGGCTGTCACTCAATTTATTTTACTCTGAGTTCCCTCACTTTTGGTTTCCCCTCCTCGATTCAGCAGGAGCAGCTCACGAAGTTGGCGGTCGGATCGCGGCTGGAGCACGGGCTCAAAACCTCCGCCGGTTTTGGAGAGGTATTTATCCTACATTTTGCACAATTCCCCAATTTTATCGCCTATTCTGGCTCACTGAGGTTTACTGTAAAAAGGTTGTGAATGGTGCTTGTATCTATATGTACGATATCCATTCCCGGCAGACTTATCATACATTATTTCTTGGAAACCCTGAGGATTTCTTTGTCGGGGCATTTATGGCCGTGTAACGGTTGAGAGGAGGTTCAAGGGCTTGTACTGCTTACAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGACGGGGTGGGGTATGAACGCTCTTGGAAACCCTGAGAATTTCTTTGTCGGGGCATTTATAGCCGTGTAACGGTTGAGAAGAGGTTCGAGGGCTTGTAATGCTTGCAATGGCGGATGAGAATTCTCAGCGGATGGGGTGGGGTATGAACGCGTGTATGGTTGCAGAGGAGGTTAGGGTTCGGAGCGATGATCCCGCGCAAATGTCGCGTTTCATGTTCAGATCAGCCAGAGAGCTTGAATGCAGGCAGTGGAACCCTAATATCGATTCCGGGGTTTTGAATTATTCAAAGTTATACGAAAATGATGGTTTTGCTGCCGGGCCAGTTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCGGTTTTGCGGAATTTGATGGGCGGCTTGTCGGGCCCAGTCAGGAACGGCAGAGCTCGGATGGTGCATCGAATTGTGTTGAGGCAGCCACTCGTTTGTCCCACAGCGCTTCTGATTTTGATTTTGCGACCCGTGATGGCTTTAACATTGAAAGTAGTGTCGAAGGGAGTAGCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGAGAATGAATTTCGAAGTATGCCTTCTGGGGCTAGCAGTTCTGGGAGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGATGGTTTGCTTCAAGGGATATCGACAATGGACTATTGGCATACTCCATTGCAGTTTCAGTTTTTGTACTCACACTAGATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGGAACTGGATACTCCGCCTGTACATTCGCGAATGGGGGATGCATATGAGTGCGCAGAACCTTTAACGGAGGCTGAAATAGGTAGTTTTGCTTATAACACACAGATCCGGCTTGAAGAATCATCATCCACTTCATCTAGGATGGCAATGCCACATGTCAATGTTCCCGATATGATACAACACAAGCGAGCTAAGGTGCACTGGTCAGGTCATGTTGCTGCAACTGCTCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCCACTTTCATGTCAAAAATTTTCAAACAGAGGAAACAGTCAAATGACACCTTCAAATTCATCAGCTGGTGACAATAATGGTGGAGAAACTAATGACTCTAGCAGTGGGGATGATGATGATGATGAAGATGGAGATGAAGGTAACTTGGAAAACAAGGAAGATCATGAAGTTAAAATGGACCTCACAGATGATTTACTGCATATGGTATTTACCTTCCTAGACCATTCAGATTTGTGTCGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCTAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATTACCCGGCAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCTGTGGAGTTAAATGTTCGTGGTACTCCCCGTGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAGTGCACTCTCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCCGAGGGCCTTTAAGTGAAAGTTTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTAAGCATTGCTGAAGCATCTCTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCAAACATGATTCGTTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATCTCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTTTGTCCCTTAGACGCTCATGCATGGCTTCTGCCACTTTGCAATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCAGATGCAGGCGTCCGCGTGACCGCAACTGCAACCCAATTATTAACATCTTTGGACATGTCTAATTGCTCTTATGTTAGTGACGAAACACTTCGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTCTGCCCAAATATCTCTCTGGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACGGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCACACTGTTTTATGCTTGAGGCACTACAGCTTGATTGTTGCTGGCTACTGACATCGGTTAATTTGGAGCTGCCCCGCCTCCAAAATATAAGTCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGTCCAGTTCTGTCTTCAATTAATGTCTCAAACTGTGCTATACTTAACAGGATTGATATTACTTCAAGTGCACTACAGAAGTTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACAATGGCTCTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGAGGCTGCCCA_-_ATGCTCAACACTCTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTCACATCTGTTGAACTTATCAGTACATCTTTGCGCACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAATCTTCAATTAGCATGTCCAAATCTTCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGATCATCTTGAGGGAGCATCTTTTTGCCCTGTTGGACTTCAATCACTTAATCTCGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCACCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCAACAATAAATTGCCCTCGGCTGTTGTCCCTGGATGCATCTTTTTGCAGCCAACTTCAGGATGATTGCTTGGTAGCTACAACAGCTTCCTGCCCCATGATTCAGTCATTAATTTTGATGTCTTGCCCGTCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTGGATTTATCGTACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTACGCGATTAAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGATACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGAAGTCTCAGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCACGTGAGTTTAAATGGCTGTACGAATATGCATGATCTTGATTGGGGGTTGGAGACTGCTGAGCTTTACAACCATATGGGCATGGGCAATGCTGTTACTGTGCAAATGGAACACACAGAAATACATGGCAAAAAAGAATTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAATCCCAGACCGTTTACTTCAGAACCTCAACTGTGTGGGCTGCCCTAATATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGATTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCGCTCAACCTTTCTCTGTCATCCAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCGTTGAATTTGAGTAATTGCTCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAGGAAGTTGAATCTGCCATTCAGTCTTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTTTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTGCTAAGTTGCGTACGATATCTCCAGTGCTCAAACGCCTTTTCAGCAGTGTGTCAGTCTAG___ATTCTGGGCTATGACTGTGAACCATATGAACTTTCTATTGTGAGAGTTTATCTACTATTTTGATGGTACCATATTTCGATAGTACAGTAGGAGATTTGAATCATCCATTTGTAATAGATTCCGTGTTAATTCCCTGATATATCACTCTCATAACCATGCCATTATGCACTGTCGTTGGATTTGCAAATACCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCAGATTGCATCTAACTTACAAGACTGGTATAATTATTTTATTGTTTTGAGTCTGCCCTTTTCGCTGGACACCCATGTCTAGATTAGTAGGGTTCTTTAATTGGTTTTCTCACAAAACGATTGTATTAAGTTTAGTGCCTTGTCCTTGTAATATTTTATGACAACATAGATGTGATTTTAGGTTGTTACTTCTAGAGAGCATTTCCGTTACGCATTTCAGTTTCATATATAATTTGGGTATGAGCCCAACCTTGTAAAGAAAGTCGCATTTAAAGGTTTTGGATGAAGAATTGAGAGGTTATGTTACGCCTCTACATACACTGAAGCACTGATTGCACTCGAAACACATTTTTCTTAGTTATCTCTGTATCTTTCTAGCGGTAAATAATTTTGAACAACTTGATTATCTGATAAAATAATGGATTATCGATATATATATTTCCTGTTATAACTAAAAAAA

Fln Alignment:

Contig1229___MSCPSIGSNGXXXXXXXXXXXXXXXSYTFLTNLQPVFESCTRLKVLKLQACKYLMDTSLDALHRGEALPDLCELDLSYGSLSQSAIEKLLARCPHLTHVSLNGCTNMHDLDWGLETAELYNHMGMGNAVTVQMEHTEIHGKKEFDWMDEERI-----PDRLLQNLNCVGCPNIKKVAIPDSALCFHXXXXXXXXXXXXKDVDXXXXXXXXXXXXXXXXXEILKLNCPRLTSLLLQACGIEEQEVESAIQSCNSLETLDVRFCPKISSTGIAKLRTISPVLKRLFSS
D5A877______________MSCTSIGPEGLLALQRLSNLTLLDMSYTYMTNLQPFIDSCPQLKVLKLQACKYLENTALIPLHKGRALPNLCELDLSYGTLSQSAIEELLAWCPHLTHLSLNGCVNMHDLDW---------IFGAGNSYV----DSEPHRKQNKSDLRDDKINVKGNPSRSLQHLNCVGCANIKRVVIPASAQCMNLSSLNLSLSANIQEVNLVCFNLITLNLSNCTSLEILKLDCPHLTSLLLQACGIKEQELERIIQSCKLLETLDVRLCSKISSTSIAKLRSISPVLKRTFSS

SNPs (tot: 12)

Position	A %	C %	G %	T %	Probability
3462		90		10	0.90298
3464			10	90	0.90298
3684	14		85		0.993533
4281			6	93	0.999364
4283			6	93	0.999364
4376		12		87	1.0
4654	10		90		0.90298
4655	83		16		0.994512
4675	20			80	0.995493
4677	25			75	0.996473
4679	25			75	0.996473
4681	25			75	0.996473

SSRs (tot: 1)

Start position	End position	Sequence	Length
1528	1544	GAT GAT GAT GAT GAT GA	17

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Biología Molecular y Biotecnología de Plantas, Facultad de Ciencias y Plataforma Andaluza de Bioinformática, Universidad de Málaga, E-29071 Málaga, Spain